Phần 5 Kết luận và đề nghị
4.17. Trình tự amino acid ở hốc gắn thụ thể tế bào vật chủ
Trong 56 trình tự HA1 lựa chọn nghiên cứu, chỉ giữ lại các trình tự đại diện (13 trình tự), với tần suất xuất hiện (số virus cùng đặc điểm trình tự amino acid ở hốc gắn thụ thể tế bào vật chủ) được thể hiện ở trước tên chủng virus. Về đột biến ở hốc gắn với thụ thể của vật chủ, 18/18 chủng thuộc clade 2.3.2.1c, 9/9 chủng thuộc clade 2.3.4.4a và 25/29 chủng thuộc clade 2.3.4.4b mang trình tự amino acid Q-222 và G-224 có ái lực cao, đặc hiệu với receptor ở gia cầm (Ha & cs., 2001; Bui & cs., 2014; Tzarum & cs., 2015). Tuy nhiên, có 4/29 chủng virus thuộc clade 2.3.4.4b mang đột biến G-224-E (hình 4.18). Đặc biệt, trong 4 chủng kể trên có 1 chủng (16H5-KT2-242) đột biến ở cả 2 vùng đặc hiệu với thụ thể của gia cầm là E-186-K và G-224-E (mũi tên hình 4.18). Ảnh hưởng của các đột biến này chưa được làm rõ trong phạm vi nghiên cứu.
4.2.1.3. Đặc điểm trình tự amino acid vùng kháng nguyên A-E
Tiểu phần HA1 của protein HA cấu tạo thành phần nhô lên trên bề mặt hạt virus và bộc lộ vị trí kháng nguyên với hệ miễn dịch, do đó có tốc độ thay đột biến cao (Kirkpatrick & cs., 2018). Trình tự amino acid ở 5 vùng kháng nguyên nằm trên tiểu phần HA1 tiếp tục được phân tích để làm rõ đặc điểm đột biến giữa các virus trong cùng clade hoặc giữa các clade (hình 4.18 - hình 4.20).
Ghi chú: 5 vùng kháng nguyên được ký hiệu bằng màu đỏ (A), xanh lá cây (B), đen (C), vàng (D) và tím (E). “X” và “.” lần lượt biểu thị vị trí chưa xác định chính xác amino acid và vị trí có amino acid giống
với trình tự ở trên cùng.