Nguồn: Neumann & cs. (2009) Sự thay đổi này ở polymerase dẫn đến sự gia tăng ái lực của PB1 đối với
đầu 3’ của RNA virus hình thành lên một kép hợp. Sau đó PB1 sử dụng hoạt động nội nhân của nó, bẻ gãy các mRNA, khởi động quá trính sao chép và kéo dài chuỗi. Sự tổng hợp mRNA của virus được hoàn thành với sự polyadenylation ở đầu 3’ của RNA mới tổng hợp. Các đoạn RNA của virus cúng được dùng làm khuôn mẫu để sản xuất cRNA mà không cần primer gắn nắp. Trong trường hợp này, một bản sao chính xác của bộ gen RNA virus được tạo ra. Khi cRNA dương cực được tạo ra, nó được sử dụng làm khuôn mẫu để tổng hợp các bản sao RNA âm cực của virus. Sau đó protein NP được cần đến để chặn men tổng hợp RNA của virus hình thành đuôi poly (A) giúp cho quá trình sao chép được hoàn chỉnh. Các enzyme tế bào được sử dụng để ghép nối mRNA cho M1 và M2 cũng như NS1 và NS2. Khi protein M1 tích tụ trong nhân, nó tương tác với RNA di truyền của virus và ức chế sự sao chép thêm. Bộ máy tế bào vật chủ được sử dụng để phiên mã protein từ mRNA trong bào tương. Khi sự nhân lên của virus xảy ra, các phức hợp RNP được vận chuyển ra khỏi nhân với sự hỗ trợ của M1, NEP/NS2 và một thụ thể xuất khẩu CRM1 cho sự lắp ráp của virus. Những cái đuôi của HA và NA trong bào tương có chức năng tương tác với M1 trong việc lắp ghép của virus và để đảm bảo hình dạng đúng và đóng gói nhân di truyền của virus. Các nghiên cứu cho thấy rằng RNP của virus được hợp nhất vào hạt virus bằng một quá trình có kiểm soát đòi hỏi những tín hiệu mã hóa cụ thể bên trong mỗi đoạn gen. Các virus cúm lắp ghép tại màng tương bào ngoài cùng, tại đây các virus đâm chồi và giải phóng (Knipe & Howley, 2007).
Theo nhiều tác giả sau khi vào cơ thể, virus cúm tiếp cận với các tế bào đích xâm nhập và giải phóng vật chất di truyền. Virus sử dụng các cơ quan trong tế bào và nguồn nguyên liệu của tế bào để tổng hợp nên protein và ARN đặc trưng. Các protein kết hợp với ARN virus tạo thành hạt virus và được giải phóng ra ngoài. Tế bào chủ không bị dung giải, nhưng sẽ chết đi do mất trạng thái cân bằng vốn có, đồng thời bị đầu độc bởi các sản phẩm sinh ra. Số lượng virus tăng lên ngày càng nhanh theo cấp số nhân. Tế bào đích bị phá huỷ hàng loạt. Sự suy giảm hô hấp khiến sức đề kháng của cơ thể giảm sút, làm kế phát các bệnh vi khuẩn, virus khác (Alexander, 1993).
2.2.5. Độc lực của virus
Độc lực của các chủng virus CGC có sự dao động lớn, phụ thuộc vào nhiều yếu tố, trước hết là protein HA. Các nghiên cứu ở mức độ phân tử cho thấy khả năng lây nhiễm của virus phụ thuộc vào tác động của enzym protease vật chủ đến sự phá vỡ của liên kết hóa học sau khi dịch mã của phân tử ngưng kết, thực chất là sự cắt rời protein HA thành 2 tiểu phần HA1 và HA2. Tính thụ cảm của ngưng kết tố và sự phá vỡ liên kết của enzym protease lại phụ thuộc vào số lượng các axit amin gốc bazơ tại điểm bắt đầu phá vỡ các liên kết. Các enzym giống trypsin có khả năng phá vỡ liên kết khi chỉ có một phân tử arginin, trong khi đó các enzym protease khác lại cần nhiều axit amin gốc bazơ, vì thế đánh giá độc lực của virus trên cơ sở gây nhiễm cho gia cầm và sau đó phân tích sự sắp xếp các axit amin của các virus (Trần Hữu Cổn & Bùi Quang Anh, 2004).
Để đánh giá độc lực của virus cúm một cách khoa học, các nhà nghiên cứu sử dụng phương pháp gây bệnh cho gà 3 - 6 tuần tuổi bằng cách tiêm tĩnh mạch 0,2 ml nước trứng đã được gây nhiễm virus với tỷ lệ pha loãng 1/10, sau đó đánh giá mức độ nhiễm bệnh của gà để cho điểm (chỉ số IVPI). Điểm tối đa là 3 điểm và đó là virus có độc lực cao nhất. Theo quy định của Tổ chức Thú y Thế giới (OIE), virus nào có chỉ số IVPI từ 1,2 trở lên thuộc loại có độc lực cao (OIE, 1992; Nguyễn Tiến Dũng, 2004).
Trong thực tế người ta chia virus CGC ra làm 2 loại:
+ Loại virus có độc lực thấp - LPAI (Low Pathogenic Avian Influenza). + Loại virus có độc lực cao - HPAI (Highly Pathgenic Avian Influenza). Cho đến nay người ta thừa nhận chỉ có 2 subtype virus có cấu trúc kháng nguyên H5 và H7 được coi là loại có độc lực cao gây bệnh ở gia cầm, nhưng không phải tất cả các chủng mang gen H5, H7 đều gây bệnh (Horimoto & Kawaka,1994).
2.2.6. Đặc tính các protein và khả năng biến chủng của virus
Hemagglutinin (HA)
HA là 1 glycoprotein bề mặt được tổng hợp trong tế bào nhiễm bệnh thành chuỗi polypeptide đơn (HA0) với độ dài xấp xỉ là 560 gốc axit amin và sau đó được phân cắt thành các tiểu phần HA1 và HA2 (Knipe & Howley, 2007). Những tiều phẩn này được liên kết với nhau bởi mối liên kết đồng hóa trị disulphide. Sự phân cắt HA0 là điều cần thiết cho phân tử này có thể hỗ trợ dung
hợp màng giữa vỏ virus và màng tế bào chủ (Knipe & Howley, 2007). Sự phân cắt HA0 thành HA1 và HA2 cần thiết cho sự lây nhiễm của virus, vì vậy nó quyết định đến độc lực và sự tấn công của virus sang các tế bào khác (Knipe & Howley, 2007). HA1, miền hình cầu ở đầu mút gai HA, chịu trách nhiệm cho việc gắn kết virus vào thụ thể axit sialic của tế bào, túi gắn thụ thể có vị trí gần với đầu mũi của phân tử HA (hình 2.5). HA1 cũng có những epitope kháng nguyên chính (hình 2.6).