Phần 5 Kết luận và đề nghị
4.20. Trình tự amino acid vùng kháng nguyên A-E của clade 2.3.4.4a
Về đột biến ở các vùng kháng nguyên (A- E), so với 2 chủng virus vacxin được dùng trong nghiên cứu này (clade 1, clade 2.3.4), hầu hết các chủng virus thuộc 3 clade 2.3.2.1c và 2.3.4.4a/b đều có thay đổi amino acid tại 5 vùng kháng nguyên. Trong 5 vùng đó, vùng kháng nguyên A và D có nhiều đột biến nhất, đặc biệt là ở các vị trí amino acid 123, 127, 134- 137 (vùng kháng nguyên A) và 192, 198-199 (vùng kháng nguyên D). Sự thay đổi amino acid ở các vùng kháng nguyên là tương đối phổ biến đối với virus cúm nói chung và subtype H5Nx nói riêng (Liu & cs., 2016). Ngược lại, có một số vị trí trong mỗi vùng kháng ngun ít/ khơng có thay đổi, ví dụ như vị trí 112 (vùng kháng nguyên A); 177, 179-180 (vùng kháng nguyên B); 43-44 (vùng kháng nguyên C); 165, 196, 208, 211 (vùng kháng nguyên D); 63, 83 (vùng kháng nguyên E). Kết quả trình bày ở hình 4.19- hình 4.21 cịn cho biết đột biến điểm ở tiểu phần HA1 cịn xuất hiện ở các vị trí kề bên những vùng kháng nguyên. Đặc điểm này cũng đã được mô tả trong nhiều
nghiên cứu về virus cúm gia cầm (Bui & cs., 2014; Nguyen & cs., 2017; Ohkawara & cs., 2017).
4.2.1.4. Đặc điểm glycosyl hóa ở tiểu phần HA1
Kết quả dự đoán khả năng gắn kết một gốc đường (oligosaccharide) vào amino acid asparagin (N) ở tiểu phần HA1 được trình bày ở hình 4.22.
Ghi chú: Phần mềm NetNGlyc 1.0 dự đốn có 10 vị trí có hiện tượng glycosyl hóa (số thứ tự ở trên trình tự). Dấu “.” biểu thị amino acid giống với trình tự ở trên cùng. Dấu “-“ biểu thị khơng có amino acid ở vị trí tương ứng. Trong 56 trình tự HA1 của virus cúm H5Nx, chỉ giữ lại các trình tự đại diện, với tần suất
xuất hiện được thể hiện trong dấu [] ở trước tên chủng virus.