Xung đột bên trong là những mâu thuẫn diễn trong tâm lí, tính cách của nhân vật, là sự dằn vặt, day dứt, những đấu tranh kịch liệt bên trong tâm hồn. Với việc xây dựng những xung đột bên trong, nhà văn đã đi sâu vào tìm tòi những tính cách cũng như chiều sâu tâm lý của nhân vật, từ đó lí giải những nguyên nhân tự thân dẫn đến số phận bi kịch của họ.
Việc xây dựng xung đột bên trong xuất phát từ cái nhìn thấu đáo về con người của các nhà văn, họ hiểu rõ con người chính là những tập hợp những màu sắc khác nhau, mỗi cá thể là một tính cách không lẫn lộn. Nhà văn quan sát, soi chiếu nhân vật từ nhiều góc nhìn khác nhau để từ đó phát hiện ra bản chất đa chiều bên trong con người. Trong các tác phẩm tự sự hiện đại, nhà văn
có xu hướng phát triển ngòi bút của mình vào bên trong nhân vật, chú trọng miêu tả những diễn biến phức tạp của đời sống nội tâm, hay nói cách khác “nhân vật còn được thể hiện qua mâu thuẫn xung đột, sự kiện. Các mâu thuẫn xung đột bao giờ cũng có tác dụng làm nhân vật bộc lộ cái phần bản chất sâu kín nhất của nó” (Nguyễn Thị Thu, 2013). Trong hệ thống các nhân vật trong các truyện ngắn của Trần Nhã Thụy, ngoài việc miêu tả nhân vật thông qua những biểu hiện xung đột bên ngoài, ta thấy nhà văn rất cố gắng luồn lách, đào sâu bên trong nhân vật nhằm phơi bày những xung đột nằm ẩn sâu bên trong nhân vật.
Đó có thể là xung đột thể chất hoặc xung đột về tinh thần. Trong truyện ngắn Những bông lúa chín phạt tôi câu chuyện của nhân vật “tôi” cũng bắt đầu từ những xung đột trong chính nhân vật, xung đột giữa suy nghĩ và hành động, nhân vật tôi thương đứa em đã mất của mình nhiều, gần như mọi điều đứa em quá cố của mình muốn, nhân vật tôi đều cố gắng làm cho được, nhưng không bao giờ thể hiện bằng lời nói, đến nỗi khi ngẫm lại nhân vật tôi còn chẳng nhớ nổi một câu nào đã nói cùng với em. Chính bản thân nhân vật cũng đã thừa nhận một điều rằng “tôi câm lặng trong âm u, tù mù quê chốn; người nhà quê chẳng dạy trẻ con biết nói năng; ngôn ngữ là kho tàng mà tôi phải tìm kiếm; tìm kiếm cả một đời người mà vẫn ú ớ; rồi quên hết thảy” (Trần Nhã Thụy, 2008). Cả đời nhân vật tôi phải dằn vặt mãi về điều đó, dằn vặt vì sao không thể khóc khi đứa em qua đời mà rất lại dễ khóc trước những chuyện bên ngoài, có thể khóc vì một con cá chết, một con chó chết, khóc vì thất tình, vì bị mất việc, thậm chí bật khóc khi bị kẹt xe, đó là sự mâu thuẫn giữa điều con người muốn và điều con người có thể làm.
Nhân vật tôi ở cuối truyện ngắn Chợ chiều đã bật khóc “khóc vì buồn, khóc vì xấu hổ cho sự hư hỏng của mình” (Trần Nhã Thụy, 2000). Truyện ngắn Chợ chiều là những mảnh ghép cảm xúc đối lập nhau giữa một con người với những dục vọng bản năng. Nhân vật tôi là con người xã hội, thích
giao du với anh Huy vì anh là một người tử tế, nhân vật tôi sống chuẩn mực, giữ được những nét chân phương thuần hậu, hiền lành của một người nhà quê. Nhân vật tôi cảm thấy khó chịu trước sự quá quắt của đám bồ câu vì chúng không còn sợ người, có phần hụt hẫng khi thấy sự dạn dĩ quá mức của Hằng, một cô gái quê, cũng như ước muốn lên phố học may của cô, vì “trong ký ức của tôi gái quê là em gái gánh lúa dưới đêm trăng. Đôi chân thon thả và vạt áo nâu đẫm ướt, hào hển một sức sống mãnh liệt tinh khôi. Em tan vào trăng, trăng tan vào em, hư ảo mộng mị. Tôi là chú dế cất tiếng tỉ tê nơi cầu ao em ngồi giặt áo” (Trần Nhã Thụy, 2000). Nhân vật tôi đang ra sức giữ gìn những gì mà nhân vật cho là tốt đẹp nhất, thiện lương nhất đến khi nhân vật phát hiện ra sự hư hỏng của mình, khi cơ thể bắt đầu có những phản ứng với thân xác phụ nữ, mà còn là người phụ nữ đã có chồng như chị Hà. Sự xấu hổ của nhân vật đến đỉnh điểm khi cố chui vào hậu trường của đoàn xiếc để nhìn ngắm cô diễn viên, bị bảo vệ phát hiện, nhân vật phải chịu sự dò xét từ mọi người xung quanh. Thất vọng và sợ hãi là những gì nhân vật cảm nhận về bản thân mình. Phát hiện và lột tả chân thật các xung đột xung quanh cuộc sống con người, Trần Nhã Thụy đã cho thấy cảm quan nghệ thuật độc đáo của người nghệ sĩ. Từ đó người đọc cũng sẽ có cái nhìn chân thật về những số phận con người, không chỉ giới hạn trong tác phẩm của Trần Nhã Thụy mà còn trong cuộc sống hằng ngày bởi văn của tác giả là văn của cuộc đời, viết về cuộc đời và vì cuộc đời.