Cần Thơ là nơi tập trung nhiều cơ sở đào tạo, đội ngũ cán bộ khoa học và quản lý có trình độ cao, tiềm lực khoa học kỹ thuật khá lớn so với các địa phương khác, các cơ sở nghiên cứu khoa học cấp vùng, quốc gia về lúa, cây ăn quả, công nghệ sinh học…Trên địa bàn Cần Thơ có: 5 trường đại học, 8 trường cao đẳng, 14 trường trung cấp chuyên nghiệp, 01 viện nghiên cứu quốc gia và các cơ sở dạy nghề.
TP. Cần Thơ hiện có đội ngũ cán bộ khoa học kĩ thuật đa dạng, đủ mọi trình độ và ngành nghề, có khả năng đáp ứng cho sự phát triển kinh tế của địa phương. Hàng năm, đào tạo hơn 20.000 cán bộ khoa học kĩ thuật cho vùng. Thành phố là đô thị trung tâm vùng ĐBSCL và có tiềm năng lớn về sản xuất nông nghiệp với nhiều loại cây trồng chủ lực. Bên cạnh đó, với vai trò là trung tâm khoa học, kỹ thuật của vùng, Thành phố đang đẩy mạnh phát triển các loại giống cây trồng, vật nuôi cung cấp cho toàn vùng. Đây là những lợi thế lớn để thành phố tiến tới việc xây dựng các khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao và thu hút các doanh nghiệp vào tham gia đầu tư cả chiều rộng lẫn chiều sâu.
Cần Thơ được xem là địa bàn thuận lợi cho phát triển nông nghiệp, đặc biệt là sản xuất lúa gạo, nuôi trồng, đánh bắt và chế biến thủy sản. Phát huy lợi thế của Thành phố hoạt động nghiên cứu, ứng dụng khoa học công nghệ vào nông nghiệp đã được Thành ủy, UBND TP. Cần Thơ quan tâm, chỉ đạo quyết liệt, qua đó đã góp phần quan trọng vào việc nâng cao chất lượng và hiệu quả sản xuất nông nghiệp trên địa bàn. Một số thành tựu đã đạt được bao gồm:
Đã nghiên cứu chọn tạo được 3 giống lúa mang thương hiệu Cần Thơ (Cần Thơ 1, 2, 3) và phục tráng một số giống lúa phục vụ sản xuất lúa hàng hóa; xây dựng các quy trình thanh lọc giống kháng 3 bệnh lùn lúa cỏ, lùn húng lá và tungro; xác định được 4 giống lúa có tính chống chịu cả 3 bệnh lùn lúa cỏ, lùn xoắn lá và tungro làm cơ sở khoa học cho công tác chỉ đạo sản xuất, quản lý dịch hại trên cây lúa.
Đã nghiên cứu ứng dụng công nghệ sinh học phục vụ trong sản xuất, tiêu biểu là việc chuyển giao công trình nuôi cấy nấm xanh tại nông hộ và xây dựng mô hình ứng dụng để phòng trừ rầy nâu hại lúa. Sau khi được tập huấn, nông dân đã tự nuôi cấy được chế phẩm sinh học nấm xanh, giúp quản lý rầy nâu hiệu quả, an toàn và bền vững; ruộng mô hình giảm được chi phí sản xuất, tăng năng xuất và gia tăng lợi nhuận khoảng 2,7 - 3,7 triệu đồng/ha so với ruộng phun thuốc hóa học. Mô hình đã được nhân rộng tại 6 xã của 3 quận/huyện nêu trên với diện tích 630 ha lúa chất lượng cao. Kết quả của mô hình này đã giúp việc đẩy mạnh việc chuyển giao các sản phẩm từ thành quả các đề tài/dự án nghiên cứu vào sản xuất, góp phần bảo về môi trường và tăng thu nhập cho người nông dân.
Nghiên cứu ứng dụng KH&CN góp phần xây dựng vùng sản xuất công nghệ cao: đã xây dựng được mô hình sản xuất lúa hàng hóa chất lượng cao theo hướng VietGAP với quy mô 50 ha và được cấp giấy chứng nhận sản phẩm lúa gạo đạt tiêu chuẩn VietGAP; xây dựng mô hình nông nghiệp dịch vụ công nghệ cao, thành lập HTX Tân Thới với quy mô 150 ha để cung cấp lúa giống nguyên chủng, lúa hàng hóa theo hướng GAP trên cơ sở những giống lúa đã được chọn lọc từ các bộ giống trình diễn tại địa phương có năng suất cao, phẩm chất tốt và khả năng chống chịu sâu bệnh; sản xuất phân hữu cơ vi sinh từ nguồn phế phụ phẩm sau sản xuất nấm; xây dựng mô hình ứng dụng khoa học công nghệ sản xuất, chế biến và tiêu thụ nấm ăn, nấm dược liệu quy mô công nghiệp tại TP. Cần Thơ với đầy đủ các khâu từ nhân giống, nuôi trồng, bảo quản đến chế biến và làm mô hình chuẩn theo địa phương và cung cấp meo nấm cho nông dân trồng theo hướng sản xuất công nghiệp.
Việc nghiên cứu, ứng dụng khoa học công nghệ trong ngành nông nghiệp TP. Cần Thơ vẫn còn gặp nhiều khó khăn. Đặc biệt, thời tiết diễn biến phức tạp là điều kiện thuận lợi phát sinh và lây lan dịch bệnh như: bệnh heo tai xanh, lở mồm long móng gia súc, cúm gia cầm, dịch rầy nâu,…đã gây thiệt hại lớn cho sản xuất. Đồng thời, nguồn vốn đầu tư cho phát triển nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao còn nhiều hạn chế; nguồn kinh phí thực hiện nghiên cứu ứng dụng khoa học công nghệ hàng năm chưa đáp ứng nhu cầu đẩy mạnh phát triển sản xuất nông nghiệp.
Mặt khác, nông sản địa phương đối mặt với sự cạnh tranh quyết liệt đối với hàng nông sản của nước ngoài trên thị trường trong và ngoài nước (đặc biệt là nông sản nhập khẩu chất lượng cao). Nếu không nâng cao chất lượng nông sản và nâng cao giá trị gia tăng của nông sản phẩm thông qua công nghệ chế biến thì nông sản địa phương chỉ xuất khẩu được ở dạng thô với giá trị thấp và nhập nông sản có hàm lượng chế biến cao.