Mặc dù VRB đã đạt được những kết quả rất đáng ghi nhận nêu trên song việc phát triển dịch vụ ngân hàng điện tử tại VRB vẫn còn những bất cập, hạn chế tồn tại cần khắc phụ, cụ thể:
Một là, tỷ trọng khách hàng sử dụng dịch vụ ngân hàng điện tử so với khách hàng sử dụng dịch vụ truyền thống vẫn chiếm tỷ lệ thấp chứng tỏ VRB vẫn chưa khai thác và tận dụng hết những cơ hội sẵn có là lượng khách hàng truyền thống của mình để phát triển, mở rộng thêm các khách hàng sử dụng dịch vụ ngân hàng điện tử.
Hai là, mạng lưới máy ATM và POS phát triển chưa đồng bộ và nhỏ lẻ.
Nhìn chung tổng số lượng ATM, POS vẫn chiếm tỷ trọng rất thấp so với toàn hệ thống. Hiện nay mặc dù đã mở rộng thêm các đơn vị chấp nhận thẻ ở các lĩnh vực mới nhưng nhìn chung, các ĐVCNT của VRB vẫn tập trung ở một số loại hình cơ bản như nhà hàng, khách sạn, cửa hàng tiện lợi.. .nên dẫn đến tình trạng một đơn vị chấp nhận thẻ có nhiều POS kéo theo tỷ lệ sử dụng POS không cao, gây lãng phí nguồn lực đầu tư cho cả VRB và toàn hệ thống. Đó cũng chính là một trong những nhược điểm hạn chế mà VRB cần phải khắc phục ngay trong thời gian tới.
Mặt khác, nếu ra khỏi các thành phố nơi có Chi nhánh VRB chủ thẻ của khó có thể tìm thấy cây ATM của VRB. Điều này cũng gây khó khăn khi khách hàng đi du lịch, khi đó họ sẽ phải chuyển sang sử dụng thẻ của ngân hàng khác hoặc sẽ phải mất phí khi sử dụng dịch vụ trên máy ATM/POS của ngân hàng khác. VRB định hướng xây dựng là một ngân hàng bán lẻ với nhiều dịch vụ đa dạng phù hợp với các đối tượng khách hàng thì nên mở rộng mạng lưới máy ATM và POS đến những địa
bàn xa hơn để khai thác và tìm kiếm khách hàng tiềm năng.
Ba là, thu nhập từ dịch vụ NHĐT tuy có tăng nhưng nhưng mức tăng này vẫn chưa tương xứng với nguồn vốn đầu tư về tài chính và nhân lực của VRB vào dịch vụ NHĐT. Tỷ trọng thu nhập từ dịch vụ NHĐT chỉ chiếm một tỷ lệ nhỏ so với tổng thu nhập từ hoạt động dịch vụ của VRB.
Bốn là, dịch vụ NHĐT của VRB mới phát triển về mặt quy mô chứ chưa
phát triển về mặt chất lượng. Các dịch vụ của VRB đã phong phú hơn nhưng vẫn còn một số hạn chế như quy trình giao dịch còn rườm rà, giao dịch thanh toán hóa đơn cũng chỉ hạn chế trong một số đơn vị cung cấp nhất định, giao dịch nạp tiền di động trả trước chỉ cho phép nạp tiền theo mệnh giá có sẵn chứ không nạp một số tiền bất kỳ theo nhu cầu của khách hang.. .trong khi đó một số ngân hàng TMCP khác lại cung cấp các dịch vụ có tính năng mở và dễ sử dụng hơn. VRB hiện tại vẫn chỉ có 1 phương thức đăng nhập, với dịch vụ Mobile banking, khách hàng phải nhập thủ công bằng tay tên đăng nhập và mật khẩu mới có thể truy cập. Trong khi hầu hết các NHTM khác đều đã triển khai các phương thức đăng nhập bằng vân tay hoặc nhận diện khuôn mặt. Điều này cũng chính là một rào cản giữa khách hàng và dịch vụ NHĐT của VRB, tạo cho khách hàng có trải nghiệm chưa thực sự tốt và là điểm trừ rất lớn khi so sánh với các ngân hàng khác. Ngoài ra, với cơ chế lựa chọn mức bảo mật ở chế độ cao, VRB không cho phép khách hàng đăng ký lấy lại mật khẩu IBMB dưới các hình thức như gửi mật khẩu qua email hay qua sms như các ngân hàng TMCP khác mà yêu cầu khách hàng phải đến trực tiếp các điểm giao dịch của VRB để cấp lại mật khẩu mới. Đây cũng là một trong những hạn chế về dịch vụ của VRB vì dịch vụ ngân hàng điện tử nên hướng đến sự đơn giản, thuận tiện và thân thiện với người dùng. Hiện nay, có rất nhiều sản phẩm ứng dụng công nghệ, một người có thể có nhiều tài khoản ngân hàng thậm chí còn kể đến các ứng dụng tài chính khác nên khách hàng rất dễ nhầm lẫn dẫn đến tính trạng nhập sai mật khẩu. Tỷ lệ khách hàng đến yêu cầu cấp lại mật khẩu dịch vụ NHĐT hiện nay có xu hướng gia tăng nhiều hơn vì vậy VRB nên chú trọng đến việc cải tiến các quy trình nghiệp vụ sao cho đơn giản và thuận tiện cho người sử dụng.
Bên cạnh đó chất lượng hoạt động của hệ thống cơ sở hạ tầng chung về hạ tầng công nghệ thông tin của toàn ngành ngân hàng và viễn thông phục vụ thanh toán thẻ chưa đáp ứng được nhu cầu gia tăng về hoạt động thanh toán trong nền kinh tế; thiếu một hệ thống tiêu chuẩn kỹ thuật, thông tin thống nhất.
Năm là, các hoạt động Marketing cho dịch vụ ngân hàng điện tử vẫn chưa
thật đồng bộ và kịp thời và chưa mang lại hiệu quả tương xứng với nguồn vốn ngân sách đã đầu tư cho hoạt động Marketing. Việc bán hàng trực tiếp thông qua các nhân viên NH chưa được quan tâm. Chủ yếu khách hàng tìm đến các dịch vụ thông qua các chiến dịch và chương trình quảng cáo. Hơn nữa, kỹ năng bán hàng của nhân viên chưa thực sự chuyên nghiệp. Vì vậy để phát triển dịch vụ ngân hàng điện tử ngày một mở rộng hơn về mặt quy mô cần có sự hỗ trợ của các chiến lược Marketing trong đó nhấn mạnh bán hàng trực tiếp của các nhân viên NH.
Sáu là, đội ngũ cán bộ ngân hàng điện tử còn nhiều biến động. Rất nhiều các
cán bộ chủ chốt triển khai các dịch vụ NHĐT của VRB từ những ngày đầu tiên đã chuyển sang các ngân hàng khác để giữ một chức vụ mới cao hơn.