+ Kiểm soỏt nội bộ của Ngõn hàng Nhà nước mới chỉ tập trung vào kiểm soỏt tuõn thủ và kiểm toỏn bỏo cỏo tài chớnh, chưa thực hiện kiểm toỏn trờn cơ sở phõn tớch rủi ro.
+ Việc kiểm soỏt mới chỉ tập trung vào một số lĩnh vực nghiệp vụ như: Kiểm soỏt việc lập kế hoạch in tiền; chấp hành lệnh điều chuyển, định mức tồn quỹ .... mà chưa tiến hành đỏnh giỏ tổng thể cỏc mặt nghiệp vụ của cụng tỏc phỏt hành, kho quỹ.
+ Chưa xõy dựng một cỏch cú hệ thống cỏc tiờu chớ, chỉ tiờu định lượn g đỏnh giỏ tớnh tuõn thủ, chất lượng, hiệu quả sử dụng nguồn lực trong việc cung ứng điều hũa tiền mặt và tổ chức kiểm đếm, phõn loại, vận chuyển tiền.
+ Kiểm soỏt tuõn thủ về an toàn kho quỹ chưa chỳ trọng đến nõng cao tiờu chuẩn kho tiền, diện tớch, trang thiết bị và cỏc chế độ liờn quan để nghiờn cứu chỉnh sửa, bổ sung cho phự hợp.
+ Quy trỡnh kiểm toỏn, kiểm soỏt nội bộ được xõy dựng trờn cơ sở hệ thống văn bản quy phạm phỏp luật hiện hành đó bộc lộ những bất cập nhưng chưa được chỉnh sửa kịp thời.
+ Cơ chế kiểm soỏt vẫn là đảm bảo tớnh chất tuõn thủ cỏc quy trỡnh nghiệp vụ, cỏc quy định nội bộ của đơn vị. Hiệu lực và hiệu quả thực thi cơ chế kiểm soỏt cũn hạn chế, cỏc kiến nghị kiểm toỏn chưa thật sự đủ mạnh để thay đổi.
+ Chất lượng đội ngũ kiểm toỏn viờn cũn cú mặt bất cập, kỹ năng, kinh nghiệm kiểm toỏn theo cỏc phương phỏp kiểm toỏn nội bộ hiện đại cũn yếu, nhất là trong kiểm toỏn tuõn thủ, kiểm toỏn hoạt động và kiểm toỏn một số kĩnh vực cú tớnh rủi ro cao.
+ Kỹ thuật kiểm soỏt cũn thực hiện hầu hết bằng thủ cụng, chủ yếu bằng con người, chưa thiết lập cơ chế kiểm soỏt hiện đại, kiểm soỏt tự động cỏc nghiệp vụ. Phương phỏp tiến hành kiểm toỏn cũn mang tớnh kiểm tra truyền thống, vận dụng chưa đầy đủ hệ thống cỏc chuẩn mực kiểm toỏn nội bộ hiện đại.