Nguyên sinh động vật đất cĩ 4 nhĩm: những sinh vật khơng cĩ vỏ phát triển nhanh gồm cĩ trùng roi (Flagellata), trùng chân giả (Amoeba) và trùng cỏ (Ciliata); những sinh vật khác cĩ vỏ phát triển chậm là trùng giả túc cĩ vỏ (Testacea). Các lồi cĩ kích thước nhỏ, mềm dẻo thuộc hai nhĩm đầu, từ đĩ chúng cĩ thể len lỏi đi khắp nơi, chúng là nhĩm sinh vật chiếm số lượng cao nhất.
Nhĩm trùng cỏ và trùng cĩ vỏ lớn hơn và đa dạng hơn, chúng sống trong những hang hốc lớn hơn chịu ảnh hưởng của sự khơ hạn và các tác nhân bất lợi khác, thơng thường hai nhĩm này thể hiện sự phát tán rộng theo sự phân phối r/K và mức độ địa phương. Trùng cỏ được chia thành hai nhĩm tiên phong trong chọn lọc kiểu r Colpodida khi so sánh với kiểu chọn lọc K là Polyhymenophora và các thứ bậc phân loại trung gian khác. Sự phân chia số lồi trong nhĩm thứ nhất thơng qua kết quả nhĩm thứ hai tạo ra tỉ lệ C/P khi C/P >1.00 là đất cĩ vấn đề, năng suất thấp, nếu C/P < 1.0 đất giàu dinh dưỡng với sự tồn tại của giáp xác nhỏ và sinh vật cở lớn. Trong nhĩm cĩ vỏ, cĩ những lồi chỉ thị cho đất phèn và đất kiềm, vỏ của nĩ chuyển thơng tinh từ sự biến đổi độ ẩm. Dần dần hai nhĩm này cĩ thể coi như là sinh vật chỉ thị cho điều kiện đất.
Nghiên cứu về tính đa dạng sinh học phải xác định được thành phần lồi và số lượng cá thể trong từng lồi. Những động vật khơng vỏ, trong suốt rất khĩ xác định trong những phần tử đất, phương pháp định lượng cổ điển cho phép sử dụng tương đối chính xác (MPN) là kỹ thuật của Singh (1946) hay của Darbyshire và cộng sự (1974). Cả hai đều là phương pháp tiêu chuẩn, trong cách thứ hai phương pháp đếm trực tiếp được Griffiths và Ritz (1988) phát triển từ sự tách biệt nguyên sinh vật trong đất bằng cách ly tâm và nhuộm màu rồi xác định dưới kính hiển vi huỳnh quang. Phương pháp này được sử dụng đều đặn để xác định thành phần nguyên sinh động vật của khu hệ sinh vật đất trong việc nghiên cứu ruộng đồng ở Đại học Kỹ thuật Munich. Nhĩm trùng cỏ cở lớn và vận động được đếm bằng cách hịa đất với nước, từng giọt một cho đến khi ít nhất cĩ 0.4g đất
được xác định. Đối với nhĩm cĩ vỏ cĩ thể đếm trực tiếp các vỏ đĩ bằng phương pháp này hay nhuộm màu đất và cho từng chút nhỏ mẩu lên lame để đếm xuyên suốt. Kết hợp hai phương pháp tạm thời và lâu dài sẽ cho kết quả tốt hơn là dùng đơn độc một phương pháp.
Khi tính độ phong phú về thành phần lồi, cách tốt nhất là cho 10-50g mẩu vào đỉa petri rồi cho thêm nước vào 5-20 ml, sau đĩ làm cạn bằng cách ép nhẹ ngĩn tay. Đặt nhiều tấm kính lên, mỗi một tấm đặt thêm vào 1 tấp giấy film lên trên, kiểm tra mẩu sau 1 ngày, mỗi lồi trùng roi khác nhau sẽ được phát hiện. Nuơi các mẫu này trong khoảng 3-4 ngày trong những thời điểm khác nhau trong tháng để xác định lồi trùng cỏ và trùng cĩ vỏ phân bố chủ yếu trong mẫu đĩ. Hầu hết trùng chân giả được phát hiện bằng các vệt trong đất tiệt trùng (khơng cĩ dinh dưỡng) trong dĩa agar hay đặt mẩu đất vào giếng với dĩa như thế, trùng chân giả di chuyển ra khỏi mẩu đất đĩ.