Những năm qua Nhà nớc đã u tiên cho giáo dục đặc biệt là đối với cấp học phổ cập. Mức chi trung bình trên đầu một học sinh THCS đã tăng từ 235000đ năm 1994 lên 448000đ năm 2000. Tuy nhiên do số học sinh tăng nhanh, điều kiện phát triển kinh tế của các vùng khác nhau nên mức chi/ học sinh THCS ở các tỉnh, các vùng rất khác nhau. Đây cũng là yếu tố tạo ra sự chênh lệch về chất lợng giữa các vùng, các tỉnh. Việc phân bổ ngân sách giáo dục vẫn chủ yếu dựa trên dân số, cơ chế quản lý ngân sách giáo dục ở các tỉnh cha thống nhất, ngành giáo dục còn cha phát huy đợc quyền chủ động trọng việc tham gia phân bổ ngân sách cũng nh quản lý và sử dụng ngân sách hàng năm nên rất khó khăn trong việc đáp ứng các điều kiện cơ sở vật chất, thiết bị dạy học.
Công tác quản lý cấp THCS vẫn giữ đợc nền nếp quy định. Cũng nh các cấp học khác, đội ngũ cán bộ quản lý giáo dục THCS đa số xuất phát từ giáo viên, họ là những ngời có nhiều kinh nghiệm về chuyên môn và hầu hết đều qua các trờng đào tạo quản lý giáo dục của Trung ơng hoặc địa phơng. Song công tác quản lý giáo dục vẫn có những tồn tại nh: vai trò của kế hoạch và thống kê trong công tác quản lý cha đợc quan tâm đúng mức. Số liệu thống kê ở cơ sở thờng không đầy đủ và thiếu chính xác, việc sử dụng các thông tin giáo dục cũng nh kế hoạch trong quản lý ở các cấp đặc biệt là cấp phòng giáo dục và đào tạo và cấp trờng cha tốt. Đội ngũ này thờng thiếu, yếu và phơng tiện làm việc cũng khó khăn. Thêm vào đó việc áp dụng công nghệ thông tin
– truyền thông vào công tác quản lý hiện nay mới chỉ xuất hiện ở một số tỉnh, thành phố có điều kiện chứ cha đợc phổ biến rộng rãi cho cán bộ quản lý các cấp. Hiện nay, hệ thống các định mức hiệu quả giáo dục cũ đã quá lạc hậu và càng lạc hậu hơn khi áp dụng chơng trình, sách giáo khoa mới, phơng pháp dạy học mới, vì vậy cần phải xây dựng một hệ thống các chuẩn tối thiểu về cơ sở vật chất thiết bị, về quản lý và đội ngũ giáo viên, về môi trờng học tập và sự tham gia của cộng đồng, xã hội trong giáo dục đảm bảo chất lợng, hiệu quả của hệ thống giáo dục trong các trờng THCS.
Tuy đợc Đảng, Nhà nớc và các ban ngành quan tâm, song giáo dục THCS vẫn cha đạt đợc yêu cầu phát triển của nền kinh tế xã hội. Những hạn chế của ngành giáo dục đã bộc lộ thông qua các mâu thuẫn nh giữa quy mô lớn và chất lợng giáo dục cao, giữa yêu cầu quy mô chất lợng giáo dục hiện đại với khả năng cơ sở vật chất trờng lớp, mâu thuẫn giữa tốc độ phát triển giáo dục mạnh với tốc độ phát triển kinh tế và khả năng tăng thu ngân sách Nhà nớc có mức độ. Những hạn chế tồn tại này có thể bắt nguồn từ nhiều nguyên nhân chủ quan hay khách quan. Trong nhiều nguyên nhân tồn tại hiện nay phải đề cập đến những tồn tại thuộc lĩnh vực tài chính. Việc tăng ngân sách Nhà nớc cha bù đắp số tăng về học sinh cho nên cha đủ ngân sách để có thể kích thích nâng cao chất lợng giáo dục đào tạo. Cơ sở vật chất, cơ sở hạ tầng nh trờng lớp, phòng thí nghiệm, th viện,…còn nhiều khó khăn, chất lợng giảng dạy, học tập còn nhiều vấn đề cần phải bàn. Với số lợng học sinh THCS rất lớn nh hiện nay thì hệ thống cơ sở vật chất hiện có cha đủ để đáp ứng, dẫn tới hiệu quả đạt đợc sẽ thấp.
Trong việc bố trí ngân sách cho giáo dục THCS, Nhà nớc cha xây dựng những kế hoạch dài hạn và trung hạn cho khoảng thời gian dài 5-10 năm. Do vậy việc xác định nhiệm vụ và dự toán ngân sách Nhà nớc hàng năm cha theo định hớng, mục tiêu cụ thể dẫn đến việc ngân sách Nhà nớc bị bố trí dàn trải, không tập trung làm hiệu quả đầu t không cao. Ngân sách Nhà nớc đầu t cho giáo dục THCS hiện nay đợc phân phối theo năm, tỷ trọng chi cao hay thấp phụ thuộc vào khả năng thu và cơ cấu chi của ngân sách Nhà nớc. Chính vì vậy tuy số tiền tuyệt đối của ngân sách Nhà nớc chi cho giáo dục THCS tăng nhng số tuyệt đối còn thấp chỉ đáp ứng đợc 50% tổng nhu cầu của giáo dục THCS.
Công tác quản lý chi ngân sách Nhà nớc cho giáo dục THCS còn nhiều bất cập nhất là đối với công tác lập kế hoạch chi ngân sách Nhà nớc cho giáo dục THCS. Công tác lập kế hoạch chi ngân sách Nhà nớc cho giáo dục THCS
đợc dựa trên cơ sở là số lợng học sinh đợc Nhà nớc cấp kinh phí và định mức