Một lĩnh vực hợp tác hoàn toàn mới mẻ giữa Australia và Việt Nam xuất hiện trong những năm gần đây là hợp tác trong lĩnh vực an ninh - quốc phòng. Tháng 2 năm 1999, Australia mở phòng Tuỳ viên quân sự tại Đại sứ quán Australia tại Hà Nội, vào tháng 9 năm 2000 Tuỳ viên quân sự Việt Nam bắt đầu nhận nhiệm vụ tại Canberra. Tháng 4 năm 1999, hai tầu hải quân Australia đến thăm thành phố Hồ Chí Minh, sau đó vào tháng 3 năm 2000 lực lợng quân đội Australia và Quân đội Nhân dân Việt Nam ký thỏa thuận hợp tác 5 năm trong lĩnh vực nghiên cứu phòng chống sốt rét. Đây là những mốc lịch sử đánh dấu b- ớc phát triển mới trong quan hệ hợp tác giữa hai nớc.
Quan hệ quốc phòng giữa hai nớc dần dần đợc mở rộng và nâng lên một tầm cao mới: Vào tháng 6 năm 2000, chỉ huy trởng Lực lợng quốc phòng và Đô đốc Hải quân Australia sang thăm Việt Nam. Năm 2003, phía Australia có T lệnh quân Trung tớng Cosgrove thăm Việt Nam và phía Việt Nam có Thợng t- ớng Phùng Quang Thanh, Thứ trởng Bộ Quốc phòng Việt Nam thăm Australia. Vào tháng 2 năm 2005, Trung tớng Allan Grant Houston, T lệnh Không quân Hoàng gia Australia thăm Việt Nam. Cũng trong chơng trình hợp tác về quốc phòng giữa hai nớc, hàng chục sĩ quan Việt Nam đợc gửi sang đào tạo và huấn luyện tại các học viện quân sự hoặc học tiếng Anh tại Australia. Nh vậy quan hệ
song phơng trong lĩnh vực quốc phòng tiếp tục phát triển có lợi cho cả hai bên và cho khu vực.
Tháng 9 năm 1998, Văn phòng cảnh sát của Australia cũng đợc đặt tại Đại sứ quán Australia tại Hà Nội nhằm xúc tiến và đẩy mạnh sự hợp tác của cảnh sát Australia và Việt Nam trong các hoạt động chống tội phạm. Văn phòng cảnh sát Australia giúp cho lực lợng cảnh sát Việt Nam về một số lĩnh vực, tiêu biểu nhất là đào tạo và thiết bị. Cảnh sát Liên bang Australia cũng tham gia vào chơng trình hợp tác củng cố luật pháp nhằm thúc đẩy hợp tác trong những hoạt động phòng chống ma tuý với các đối tác quốc tế, trong đó có cảnh sát Việt Nam. Các dự án trong chơng trình hợp tác Việt Nam bao gồm đào tạo tiếng Anh, thiết kế thực hiện các khoá đào tạo phòng chống ma tuý, xây dựng phần mềm dữ liệu và hệ thống thông tin lu động nhằm ngăn ngừa tệ nạn ma tuý… Quá trình hợp tác giữa cơ quan cảnh sát hai nớc chủ yếu thông qua Văn phòng sỹ quan liên lạc Cảnh sát Liên bang Australia tại Hà Nội và Interpol Canberra (Australia), Văn phòng Interpol Việt Nam và Văn phòng thờng trực chống ma tuý (VPU).
Mới đây trong chuyến thăm Việt Nam (tháng 4 năm 2005), Bộ trởng Quốc phòng Australia Robert Hill khẳng định Australia mong muốn tăng cờng hợp tác quân sự với Việt Nam, sẵn sàng giúp đỡ Việt Nam đào tạo các sỹ quan, học viên quốc phòng, giúp Việt Nam thông qua các dự án hợp tác về quân y, phòng chống dịch bệnh, khắc phục thiên tai và hợp tác chống khủng bố. Chính phủ Australia cũng đã dành nhiều suất học bổng cho sỹ quan, học viên quốc phòng Việt Nam sang học tập, nghiên cứu tại Australia.
Về phía chính phủ Việt Nam cũng đã phê duyệt dự án đào tạo về quản lý cho cảnh sát Việt Nam và cảnh sát các nớc trong khu vực do cảnh sát liên bang Australia tài trợ. Nội dung của dự án là cung cấp những kiến thức cơ bản về quản lý chung để các học viên có thể áp dụng trong công tác lãnh đạo, quản lý công tác nghiệp vụ. Dự án đợc thực hiện trong 3 năm (2005 - 2007), mỗi năm
có 3 khoá, trong đó có 1 khoá dành riêng cho cảnh sát Việt Nam và khoá học đầu tiên đã khai giảng vào ngày 21 tháng 3 năm 2005 tại Hà Nội.
Trong chính sách đối với nền an ninh ở khu vực, Australia và Việt Nam gặp nhau ở mục đích kiến tạo một môi trờng chính trị thuận lợi cho sự tồn tại và phát triển của mình. Quan tâm chung của cả hai nớc là loại bỏ những nguy cơ có thể phá vỡ môi trờng chính trị tơng đối ổn định mới kiến tạo đợc từ đầu thập niên 90 đến nay, do đó hai nớc đã có những nỗ lực chung để duy trì môi trờng phát triển tơng đối thuận lợi trong thời điểm hiện tại. Dự báo, đây cũng là một cơ sở cho sự phát triển quan hệ Australia - Việt Nam trong tơng lai.
Về hợp tác an ninh quốc phòng trên các diễn đàn khu vực: Việt Nam và Australia đều tham gia “Hội đồng hợp tác an ninh châu á - Thái Bình Dơng” và là quan sát viên của “Hội nghị hợp tác và xây dựng lòng tin của châu á”. Cả hai nớc đều muốn xây dựng Đông Nam á trở thành khu vực hoà bình, ổn định, hợp tác, phát triển và không có vũ khí hạt nhân.