Thuật ngữ "chỉ dẫn địa lý" lần đầu tiên được quy định trong Hiệp định TRIPS, theo đó chỉ dẫn địa lý là "Những chỉ dẫn về hàng hóa bắt nguồn từ lãnh thổ của một thành viên hoặc từ khu vực hay địa phương thuộc lãnh thổ đó, có chất lượng, uy tín hoặc
đặc tính nhất định chủ yếu do xuất xứ địa lý quyết định" (khoản 1 Điều 22).
Bên cạnh khái niệm chỉ dẫn địa lý còn tồn tại khái niệm TGXX - một dạng chỉ dẫn địa lý đặc biệt có điều kiện bảo hộ cao hơn so với chỉ dẫn địa lý, cụ thể là: sản phẩm mang TGXX có chất lượng đặc thù phải "chủ yếu hoặc hoàn toàn do các yếu tố địa lý độc đáo và ưu việt tạo nên", trong khi đối với chỉ dẫn địa lý chỉ là "chất lượng đặc thù, danh tiếng do xuất xứ địa lý mang lại"; mọi công đoạn sản xuất sản phẩm mang TGXX phải được tiến hành trong phạm vi khu vực địa lý mang TGXX trong khi một số công đoạn của sản phẩm mang chỉ dẫn địa lý có thể được thực hiện ở khu vực khác.
Các nước có truyền thống lâu đời trong lĩnh vực bảo hộ chỉ dẫn địa lý, đặc biệt là các nước châu Âu, áp dụng nguyên tắc đăng ký xác lập quyền đối với chỉ dẫn địa lý dưới hình thức PGI (Protected Geographical Indication) hoặc PDO (Protected Designation of Origin); một số nước khác bảo hộ chỉ dẫn địa lý theo hình thức đăng ký nhãn hiệu tập thể hoặc nhãn hiệu chứng nhận (Mỹ, úc). Một số nước lại bảo hộ đối tượng này theo phương
thức bảo hộ quyền chống cạnh tranh không lành mạnh: hành vi sử dụng chỉ dẫn sai lệch về xuất xứ địa lý của hàng hóa bị coi là hành vi cạnh tranh không lành mạnh và bị xử lý theo quy định của pháp luật về cạnh tranh. Kinh nghiệm thực tế của các nước trên thế giới cho thấy việc bảo hộ chỉ dẫn địa lý theo nguyên tắc đăng ký mang lại hiệu quả bảo hộ cao và đáp ứng các yêu cầu mang tính đặc thù của đối tượng này.
ở Việt Nam, quyền SHCN đối với chỉ dẫn địa lý theo quy định tại Nghị định 54/2000/NĐ-CP được xác lập theo nguyên tắc tự động, theo đó, thông tin về nguồn gốc của hàng hóa được bảo hộ là chỉ dẫn địa lý nếu thỏa mãn các điều kiện cụ thể theo quy định và phải đảm bảo đặc trưng về chất lượng, uy tín, danh tiếng hoặc các đặc tính khác của hàng hóa có được chủ yếu do nguồn gốc địa lý tạo nên (Điều 10). Cơ sở xác lập quyền đối với chỉ dẫn địa lý là hoạt động sản xuất buôn bán hàng hóa và các điều kiện địa lý tồn tại khách quan.
Trước khi có Luật SHTT, pháp luật Việt Nam có sự phân biệt về phương thức bảo hộ và nguyên tắc xác lập quyền giữa chỉ dẫn địa lý và TGXX: Quyền SHCN đối với chỉ dẫn địa lý được xác lập theo nguyên tắc tự động theo Nghị định 54/2000/NĐ-CP; quyền SHCN đối với TGXX hàng hóa được xác lập theo nguyên tắc đăng ký với cơ sở pháp lý là Nghị định 63/CP. Việc quy định hai nguyên tắc bảo hộ khác nhau cho hai đối tượng có nội hàm là tập hợp con của nhau như vậy là không hợp lý cả về lý luận và thực tiễn.
Hiệu quả thi hành Nghị định 54/2000/NĐ-CP về vấn đề này cho thấy: nguyên tắc xác lập quyền SHCN một cách tự động đối với chỉ dẫn địa lý là không phù hợp, vì:
Thứ nhất, việc xác định và thuyết minh tính đặc thù của sản phẩm mang chỉ dẫn
địa lý cũng như đảm bảo sự công bằng trong việc công nhận quyền sử dụng chỉ dẫn địa lý của các tổ chức, cá nhân liên quan là vấn đề phức tạp, đòi hỏi nhiều thời gian, công sức, chi phí và cần có sự tham gia của nhiều cơ quan, tổ chức, cá nhân có chuyên môn, kinh nghiệm cũng như các điều kiện về phương tiện máy móc, thiết bị. Do đó, cần thiết phải có sự đánh giá, ghi nhận của cơ quan nhà nước về xác lập quyền SHCN đối với chỉ dẫn
địa lý nhằm tạo cơ sở cho việc giải quyết các tranh chấp phát sinh cũng như quản lý việc sử dụng chỉ dẫn địa lý được bảo hộ.
Thứ hai, một chỉ dẫn địa lý khi được bảo hộ có khả năng đem lại những giá trị
kinh tế, xã hội to lớn: nâng cao giá trị sản phẩm, thúc đẩy phát triển ngành công nghiệp địa phương, tạo việc làm…, bên cạnh đó, quyền SHCN đối với chỉ dẫn địa lý về bản chất là một loại quyền mang tính tập thể, chính vì thế, cần có một cơ chế pháp lý chặt chẽ để quản lý việc sử dụng chỉ dẫn địa lý đồng thời bảo đảm quyền lợi cho những người thực sự có quyền sử dụng chỉ dẫn địa lý. Việc xác lập và bảo hộ quyền SHCN đối với chỉ dẫn địa lý theo nguyên tắc tự động không đáp ứng yêu cầu về quản lý quyền.
Các quy định của Nghị định 54/2000/NĐ-CP hầu như không được thực thi do không phù hợp với yêu cầu của thực tế; trong khi đó, quy định về trình tự, thủ tục đăng bạ TGXX theo Nghị định 63/CP và Thông tư 3055/TT-SHCN không rõ ràng, đầy đủ để có thể áp dụng. Hậu quả của bất cập này là cho đến nay, Cục SHTT mới đăng bạ được 4 TGXX là nước mắm Phú Quốc, chè Shan tuyết Mộc châu, cà phê Buôn Ma Thuột và bưởi Đoan Hùng; trong khi đó, theo điều tra mới nhất của nhóm điều tra MALICA (Nhóm nghiên cứu phát triển nông nghiệp của các thành phố Châu á - Pháp), Việt Nam có đến 265 loại đặc sản do người tiêu dùng bầu chọn [24].
Luật SHTT đã có thay đổi về nguyên tắc xác lập quyền đối với chỉ dẫn địa lý nhằm khắc phục bất cập nêu trên, theo đó, chỉ dẫn địa lý được bảo hộ theo nguyên tắc đăng ký. Việc quy định đăng ký chỉ dẫn địa lý như là một sự kiện pháp lý làm phát sinh quyền sử dụng đối với TGXX hoàn toàn đáp ứng các yêu cầu của thực tiễn bảo hộ đối tượng này trên thế giới. Yêu cầu này đã được đưa ra trong Hiệp ước Lisbon, Quy chế 2081/91, 2081/92 của ủy ban Châu Âu và quy định pháp luật của nhiều nước trên thế giới.