Cơ quan xác lập quyền SHCN là cơ quan có trách nhiệm, thẩm quyền tiếp nhận và tiến hành các thủ tục đăng ký xác lập quyền SHCN. ở hầu như tất cả các quốc gia trên thế giới, cơ quan xác lập quyền SHCN là một cơ quan thuộc Chính phủ với sự độc lập tương đối về mặt cơ cấu tổ chức và trách nhiệm pháp lý nhằm đảm bảo các quyết định của cơ quan về cấp, từ chối, đình chỉ, hủy bỏ hiệu lực một đối tượng SHCN hoặc quyết định giải quyết tranh chấp giữa các bên được đưa ra một cách độc lập, không bị can thiệp bởi mệnh lệnh hành chính của cơ quan cấp trên mà chỉ có thể bị khiếu nại theo thủ tục khiếu nại, tố cáo hoặc khởi kiện theo thủ tục tố tụng tại tòa án.
Việc tổ chức hệ thống cơ quan xác lập quyền SHCN phụ thuộc vào điều kiện, đặc điểm của từng quốc gia. Vị trí, chức năng, phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan xác lập quyền cũng phụ thuộc vào quy định của từng nước: Cơ quan có thể được quyền yêu cầu lưu giữ và theo dõi hoạt động kinh doanh của chủ sở hữu quyền SHCN (Pháp); một số có thể giải quyết vấn đề liên quan đến việc bảo vệ cạnh tranh (như ở Pê-ru); một
số có thể chịu trách nhiệm đối với toàn bộ hệ thống SHTT (như ở In-đô-nê-xi-a), hoặc có thể chỉ giới hạn ở việc quản lý bằng độc quyền sáng chế. Nhìn chung, ở hầu hết các quốc gia, cơ quan có chức năng xác lập quyền SHCN là cơ quan SHTT quốc gia, có trách nhiệm quản lý nhà nước đối với hệ thống SHTT.
Bên cạnh việc xây dựng và tổ chức hệ thống cơ quan xác lập quyền quốc gia, các nước đã và đang nỗ lực xây dựng hệ thống các cơ quan xác lập quyền SHCN mang tính khu vực và quốc tế nhằm đơn giản hóa thủ tục xác lập quyền SHCN, tạo điều kiện thuận lợi cho các chủ thể trong việc tiến hành các thủ tục xác lập quyền sở hữu đối với các đối tượng SHCN của mình.
ở Việt Nam, như đã trình bày trong phần trên, cơ quan xác lập quyền SHCN được thành lập đầu tiên năm 1982 với tên gọi là Cục Sáng chế đặt tại ủy ban Khoa học và Kỹ thuật Nhà nước có chức năng quản lý nhà nước đối với hoạt động SHCN. Các đối tượng thuộc quyền tác giả do Hãng bảo hộ quyền tác giả đặt tại Bộ Văn hóa Thông tin quản lý.
Theo quy định của Nghị định 22/CP ngày 22/5/1993 của Chính phủ quy định nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ máy của Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường, Cục Sáng chế được đổi tên thành Cục Sở hữu công nghiệp. Thi hành Nghị định này, ngày 08/6/1993 Bộ trưởng Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường ra Quyết định số 259/TCCB ban hành Điều lệ tổ chức và hoạt động của Cục Sở hữu công nghiệp trong đó nhiệm vụ và quyền hạn của Cục Sở hữu công nghiệp được mở rộng để thực hiện chức năng quản lý nhà nước đối với hoạt động SHCN và trực tiếp thực hiện các thủ tục xác lập quyền SHCN đối với sáng chế, giải pháp hữu ích, KDCN, nhãn hiệu hàng hóa, TGXX và thiết kế bố trí mạch tích hợp bán dẫn theo quy định của Pháp lệnh bảo hộ quyền sở hữu công nghiệp ngày 11-2-1989.
Ngày 19/05/2003 Chính phủ ban hành Nghị định số 54/2003/NĐ-CP quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Khoa học và Công nghệ, Nghị định này đã được sửa đổi bổ sung theo Nghị định số 28/2004/NĐ-CP ngày 16.01.2004, theo đó, Cục Sở hữu công nghiệp được đổi tên thành Cục Sở hữu trí tuệ với phạm vi
thẩm quyền được mở rộng hơn. Cục được xác định là cơ quan thực hiện chức năng quản lý nhà nước và đảm bảo các hoạt động sự nghiệp về sở hữu trí tuệ với chức năng: (i) tổ chức thực hiện xác lập quyền sở hữu trí tuệ (không bao gồm quyền tác giả về văn học và nghệ thuật), (ii) thực hiện các biện pháp bảo vệ quyền lợi hợp pháp của Nhà nước, tổ chức, cá nhân trong lĩnh vực sở hữu trí tuệ và (iii) quy định và chỉ đạo hoạt động của hệ thống tổ chức quản lý hoạt động sở hữu trí tuệ; chỉ đạo về nghiệp vụ sở hữu trí tuệ đối với các ngành, địa phương, doanh nghiệp và cơ sở. Như vậy, Cục SHTT vừa đảm nhiệm chức năng của một cơ quan quản lý nhà nước, vừa là một đơn vị sự nghiệp trực tiếp thực hiện các thủ tục xác lập quyền đối với các đối tượng SHCN phải đăng ký.
Cơ cấu tổ chức của Cục SHTT hiện được chia thành hai nhóm: nhóm các đơn vị, bộ phận thực hiện chức năng quản lý nhà nước và nhóm các đơn vị, bộ phận đảm bảo các hoạt động sự nghiệp về SHTT.
Trong bối cảnh khoa học - công nghệ đang có sự thay đổi, phát triển nhanh chóng, cơ quan xác lập quyền SHCN đang ngày càng chịu áp lực trong việc đẩy nhanh tốc độ thực hiện các thủ tục cấp Văn bằng bảo hộ. Cơ quan xác lập quyền SHCN ngoài việc tiến hành các biện pháp nhằm đảm bảo tính hiệu quả và chính xác trong hoạt động còn phải chú trọng nâng cao vai trò của mình nhằm khuyến khích, thúc đẩy hoạt động sáng tạo, tăng cường khả năng khai thác các đối tượng SHTT và phát triển hệ thống SHTT quốc gia.