Đổi mới phương thức hoạt động của Công đoàn được thể hiện ở hình thức, phương pháp hoạt động, lề lối làm việc, mô hình tổ chức và bố trí cán bộ theo hướng chuyển từ lối chỉ đạo theo kiểu hành chính sang lối hoạt động sát cơ sở, sát quần chúng, coi trọng điều tra, khảo sát tìm hiểu tâm lý, nguyện vọng của từng đoàn viên, gắn với quần chúng, với thực tế ở cơ sở, lấy hiệu quả phục vụ quần chúng làm mục tiêu phấn đấu; lấy việc phục vụ đoàn viên và tổ chức cơ sở làm điểm xuất phát cho mọi chủ trương, chương trình công tác.
Thứ nhất, về mô hình tổ chức bộ máy: việc thay đổi mô hình tổ chức bộ máy theo hướng giao quyền tự chủ cho Công đoàn cơ sở, coi trọng lợi ích đoàn viên, đa dạng hoá mô hình Công đoàn cơ sở và các hình thức tập hợp quần chúng giảm nhẹ cấp trên, giảm nhẹ bộ máy là điều kiện cơ bản để thực hiện phương thức sát cơ sở, sát đoàn viên.
Về phương thức hoạt động Công đoàn cần chống quan liêu, mệnh lệnh, hành chính bằng cách xác định rõ:
Mọi nhiệm vụ của Công đoàn phải xuất phát từ nguyện vọng chính đáng của đông đảo người lao động.
Công đoàn cấp trên chỉ là cấp đại diện, giúp đỡ, hướng dẫn cho cấp dưới, chủ yếu là theo nhu cầu nguyện vọng của cấp dưới.
Mỗi cấp làm việc theo chương trình mục tiêu, đúng chức trách bớt hội họp không cần thiết, khi triển khai kế hoạch hoạt động có thể thông qua hệ thống thông tin nội bộ. Tăng cường mối quan hệ thông tin nhiều chiều.
Các kỳ họp của Ban Chấp hành Công đoàn các cấp nên giành thời gian đi sâu thảo luận ra các chuyên đề cụ thể liên quan đến việc nâng cao hiệu quả hoạt động Công đoàn.
Tăng cường động viên các hoạt động của cộng tác viên, mạng lưới quần chúng của Công đoàn.
Từng bước sử dụng các phương tiện làm việc hiện đại trong các tổ chức Công đoàn các cấp.
Cán bộ lãnh đạo do bầu kể cả chuyên trách và bán chuyên trách cần tăng cường tiếp xúc, đối thoại với quần chúng lao động để nắm bắt được nguyện vọng của quần chúng. Có chủ trương đúng đắn, có phương pháp công tác khoa học để điều hành bộ máy (chọn mục tiêu chương trình, cách thức hội họp, bố trí thời gian làm việc hợp lý …).
Đội ngũ chuyên gia trong các cơ quan Công đoàn phải có phương pháp công tác khoa học để thực hiện nhiệm vụ chuyên sâu của mình.
Thực hiện xã hội hoá nội dung hoạt động và đa dạng hoá hình thức tổ chức vận động quần chúng. Tích cực xây dựng và hoàn thiện hệ thống công cụ tác động đến đông đảo quần chúng (câu lạc bộ, nhà văn hoá, các trung tâm và hoá chính trị, các nhóm hội chuyên đề, các tuyên truyền viên, báo cáo viên, cộng tác viên …) nâng cao chất lượng của hệ thống báo chí, xuất bản thông tin đại chúng của Công đoàn. Căn bản nhất là đổi mới tổ chức và hoạt động ở tổ, ca kíp, buồng máy, khu dân cư và gia đình.
Tạo dựng cho được phong trào hoạt động tích cực, tự nguyện của quần chúng từ việc tìm tòi xác định các mục tiêu nội dung vừa đáp ứng yêu cầu của quần chúng vừa thống nhất với mục tiêu các chương trình dự án của Nhà nước, bồi dưỡng và nhận những điển hình tiên tiến, nhân tố mới. Kết hợp tác động vào các tập thể với việc tác động đến từng gia đình, từng nhóm và từng người.
Phát triển các trung tâm nghiên cứu khoa học, tổ chức điều tra khảo sát thăm dò nắm bắt được thực trạng tâm lý, nguyện vọng, dư luận quần chúng một cách khách quan làm cơ sở cho việc xây dựng nội dung biện pháp vận động quần chúng và đề xuất với Nhà nước điều chỉnh bổ sung chế độ, chính sách cần thiết.
Giảm bớt các cuộc họp dài ngày, giảm dần việc ra các Nghị quyết chung chung không rõ việc, không rõ trách nhiệm và không có khả năng thực hiện. Mở rộng việc tổ chức chỉ đạo hoạt động theo các chương trình dự án với những mục tiêu yêu cầu và các giải pháp cụ thể.
Một vấn đề hết sức quan trọng hiện nay là phải tăng cường tính pháp lý trong hoạt động công đoàn vì sự hình thành và hoàn thiện dần thể chế kinh tế thị trường yêu cầu hoạt động công đoàn cần phải thực hiện pháp chế hóa.
Bảo vệ lợi ích người lao động đòi hỏi thực hiện pháp chế hoá Công đoàn. Trong điều kiện thể chế kinh tế thị trường Việt Nam, quan hệ lao động do Nhà nước quản lý