Vai trò trên của Công đoàn được thể hiện qua các chức năng của nó. Chức năng của một tổ chức là sự phân công tất yếu, sự quy định chức trách tương đối ổn định và hợp lý trong điều kiện lịch sử xã hội nhất định của tổ chức để phân biệt với tổ chức khác. Chức năng của Công đoàn được biểu hiện bằng những phương hướng, những mặt hoạt động chủ yếu để thực hiện bản chất và vai trò của Công đoàn trong xã hội. Như vậy, chức năng của Công đoàn mang tính chất khách quan, nó tồn tại không phụ thuộc vào ý chí, nguyện vọng của cá nhân. Nó được xác định bởi tính chất, vị trí, vai trò của Công đoàn trong từng giai đoạn cách mạng.
ở từng thời kỳ lịch sử, chức năng của Công đoàn kế thừa, phát triển thêm nội dung mới có ý nghĩa hơn.
Dưới CNTB, Công đoàn tập hợp công nhân đấu tranh chống lại sự áp bức bóc lột của giai cấp tư sản, để bảo vệ lợi ích của công nhân lao động. Vì vậy, chức năng bảo vệ lợi ích cho công nhân lao động là chức năng bẩm sinh của Công đoàn, nghĩa là vì nó mà Công đoàn hình thành và khi ra đời Công đoàn sẽ làm chức năng đó. Song, muốn bảo vệ lợi ích cho người lao động, Công đoàn không thể không tập hợp, vận động, giáo dục để họ tiến hành đấu tranh bảo vệ lợi ích của mình. Và vì vậy giáo dục đã phát triển thành chức năng của Công đoàn. Hai chức năng đó của Công đoàn có mối quan hệ khăng khít, tác động qua lại thúc đẩy lẫn nhau
Dưới XHCN, vị trí của giai cấp công nhân đã thay đổi, từ người làm thuê trở thành người làm chủ. Vì vậy chức năng của Công đoàn khắc hẳn so với chức năng của Công đoàn dưới CNTB.
Một trong những chức năng chủ yếu của Công đoàn hiện nay là bảo vệ lợi ích. Đây luôn là chức năng quan trọng nhất của Công đoàn. Trong xã hội cũ, Công đoàn tập hợp, tổ chức công nhân đấu tranh chống lại bọn thực dân, phong kiến, đòi lợi ích chính đáng của mình. Trong thời kỳ quá độ lên CNXH, Công đoàn vẫn phải thực hiện chức năng bảo vệ lợi ích. Tuy nhiên, bảo vệ lợi ích cho công nhân trong giai đoạn hiện nay có những hình thức rất khác so với trong xã hội cũ. Nó không chống lại Nhà nước, không mang tính chất đối kháng giai cấp mà chỉ chống lại các thói hư, tật xấu, sự thoái hoá biến chất của một số người, yêu cầu họ thực hiện đúng chính sách, pháp luật của Nhà nước, để đảm bảo quyền lợi của công nhân. Việc bảo vệ lợi ích cho người lao động ở đây cũng chính là bảo vệ chính quyền nhà nước, xây dựng một Nhà nước trong sạch vững mạnh, Nhà nước thực sự của dân, do dân, vì dân. Bởi vì lợi ích của người lao động gắn liền với lợi ích của nhà nước, của tập thể. Sự tồn tại của nhà nước chuyên chính vô sản chính là sư đảm bảo quyền lợi cho người lao động, hơn nữa lợi ích người lao động không chỉ ở chỗ có đủ cơm ăn, áo mặc mà còn ở chỗ có lợi ích chính trị, kinh tế, lợi ích văn hoá tinh thần, lợi ích trước mắt và lợi ích lâu dài. Nhà nước là người đảm bảo lợi ích còn Công đoàn là người bảo vệ lợi ích. Đây là vấn đề quan trọng nói lên mối quan hệ khăng khít, biện chứng giữa quyền lợi và nghĩa vụ, đồng thời nó là cơ sở nhận thức về lợi ích của người lao động trong điều kiện mới.
Thực hiện chức năng này, Công đoàn phải tham gia một loạt các hoạt động như: tham gia cùng chính quyền để giải quyết việc làm cho công nhân; tham gia trong lĩnh vực tiền lương, phân phối phúc lợi, nhà ở, ký kết hợp đồng lao động, giải quyết tranh chấp lao động...
Bên cạnh chức năng bảo vệ lợi ích Công đoàn còn có chức năng tham gia quản lý.
Đây là chức năng mới của Công đoàn so với chức năng của Công đoàn trong xã hội cũ. Trong xã hội cũ Nhà nước là Nhà nước của giai cấp bóc lột, giai cấp công nhân phải chịu sự thống trị, sự áp bức của Nhà nước này, không được tham gia quản lý các công việc của Nhà nước. Trong giai đoạn hiện nay, giai cấp công nhân từ người làm thuê đã trở thành người chủ của xã hội, Công đoàn từ vị trí đối lập với Nhà nước của giai cấp bóc lột đã trở thành chỗ dựa, người cộng tác đắc lực của Nhà nước. Vì vậy, có quyền và nghĩa vụ
tham gia quản lý công việc của Nhà nước. Chức năng tham gia quản lý của Công đoàn chính là sự phối hợp hoạt động giữa Công đoàn với các cấp quản lý của Nhà nước trên tất cả các lĩnh vực kinh tế, kỹ thuật, chính trị, văn hóa - xã hội theo một mục tiêu thống nhất, vừa bảo vệ lợi ích của giai cấp công nhân, vừa để công tác quản lý đạt kết quả cao. Lênin đã nói: Sự tham gia của Công đoàn vào công tác quản lý kinh tế, và việc Công đoàn lôi cuốn quần chúng rộng rãi tham gia vào công tác đó đồng thời cũng là biện pháp chủ yếu để đấu tranh chống sự quan liêu hoá bộ máy kinh tế của chính quyền Xô Viết và tạo khả năng thực sự kiểm tra thực tế của nhân dân đối với kết quả sản xuất kinh doanh. Nội dung tham gia quản lý của Công đoàn rất đa dạng, phong phú, tùy doanhtheo tính chất của mỗi đơn vị mà có những nội dung tham gia quản lý khác nhau. Ngoài hai chức năng trên công
đoàn còn có chức năng thứ ba đó là chức năng giáo dục. Đây là chức năng đã có từ khi tổ
chức Công đoàn mới ra đời. Trong xã hội cũ Công đoàn giáo dục để công nhân thấy rõ bản chất và từ đó đấu tranh không khoan nhượng với giai cấp bóc lột. Trong giai đoạn hiện nay chức năng giáo dục của Công đoàn là giúp đỡ công nhân không ngừng nâng cao giác ngộ chính trị, tư tưởng, phẩm chất đạo đức, làm cho Công đoàn thực sự trở thành trường học CNCS của giai cấp công nhân. Nội dung giáo dục của Công đoàn rất đa dạng, gồm cả giáo dục chính trị, tư tưởng; giáo dục pháp luật, giáo dục thẩm mỹ; giáo dục truyền thống, giáo dục đạo đức. Tất cả những nội dung đó đều nhằm xây dựng một đội ngũ công nhân có lý tưởng, có văn hoá, có đạo đức và có kỷ luật nhằm thực hiện thành công sứ mệnh lịch sử của mình.
Chức năng của Công đoàn là một chỉnh thể thống nhất, đan xen tác động qua lại lẫn nhau, chức năng này làm tiền đề cho chức năng kia. Trong ba chức năng này thì chức năng bảo vệ lợi ích là trung tâm, thể hiện đầy đủ vai trò và mục tiêu hoạt động của Công đoàn, chức năng tham gia quản lý là phương tiện để đạt được mục tiêu, chức năng giáo dục là động lực tinh thần để đạt được mục tiêu. Nhưng hiện nay trong nền kinh tế thị trường định hướng XHCN, các nhà đầu tư vào nhiều, những khu công nghiệp, những khu chế xuất phát triển, giám đốc điều hành là người nước ngoài, vì vậy việc tranh chấp lao động ngày càng gay gắt, các cuộc đình công nổ ra liên tiếp, từ quy mô nhỏ đến quy mô lớn. Vì vậy, để bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho người lao động, Đại hội X Công
đoàn Việt Nam đã khẳng định, chức năng bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho người lao động trở thành chức năng trung tâm, xuyên suốt trong hoạt động của tổ chức Công đoàn Việt Nam.