Kháng nghị ở một số nơi còn chưa thực hiện theo đúng quy định. Kháng nghị là văn bản áp dụng pháp luật trong tố tụng hình sự tuy mang tính cá biệt chỉ áp dụng một lần nhưng nó cũng địi hỏi phải tn theo trình tự, thủ tục, quy định chặt chẽ. Về hình thức kháng nghị của các viện kiểm sát tỉnh, thành về cơ bản đã theo mẫu nhưng vẫn còn một số tồn tại:
Một số kháng nghị không bảo đảm đúng theo mẫu quy định của Viện kiểm sát nhân dân tối cao (mẫu 138) ban hành kèm theo Quy chế tạm thời về công tác thực hành quyền công tố và kiểm sát xét xử các vụ án hình sự ngày 16/9/2004, đặc biệt là về tiêu đề kháng nghị;
Về căn cứ để quyết định kháng nghị các bản án, quyết định sơ thẩm quy định tại Điều 36, Điều 232 Bộ luật tố tụng hình sự nhưng nhiều kháng nghị lại áp dụng thêm Điều 233 Bộ
luật tố tụng hình sự để làm căn cứ kháng nghị. Một số đơn vị còn căn cứ Điều 206 (Bộ luật tố tụng hình sự năm 1988) để làm căn cứ kháng nghị mặc dù Bộ luật tố tụng hình sự năm 2003 đã có hiệu lực pháp luật;
Theo Quy chế, kháng nghị phúc thẩm cùng cấp của Viện kiểm sát nhân dân tỉnh ngoài việc gửi cho tồ án cấp sơ thẩm cịn đồng thời phải gửi cho Vụ 3 và Viện phúc thẩm nhưng khơng ít địa phương, kháng nghị phúc thẩm không gửi cho Viện phúc thẩm; Có địa phương chưa nắm rõ thẩm quyền xét xử phúc thẩm các vụ án có kháng cáo, kháng nghị của các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương phân theo khu vực là Toà Phúc thẩm toà án nhân dân tối cao tại Hà Nội, Toà Phúc thẩm toà án nhân dân tối cao tại Đà Nẵng, Toà Phúc thẩm toà án nhân dân tối cao tại Thành phố Hồ Chí Minh nên trong kháng nghị lại ghi “đề nghị Tồ hình sự tồ án nhân dân Tối cao” hoặc chỉ đề “ơTồ án nhân dân Tối cao".
Việc thay đổi, bổ sung kháng nghị phúc thẩm đã có mẫu ban hành kèm theo Quy chế tạm thời về công tác thực hành quyền công tố và kiểm sát xét xử các vụ án hình sự (mẫu 140). Theo đó khi bổ sung, thay đổi kháng nghị Viện kiểm sát phải ra Quyết định bổ sung, thay đổi kháng nghị nhưng có viện kiểm sát lại ban hành một kháng nghị mới thay thế kháng nghị phúc thẩm trước đó là khơng đúng thủ tục quy định;
Việc kiểm tra bản thảo kháng nghị trước khi ban hành chính thức cịn những sơ xuất khơng đáng có như nhầm tên địa phương nơi xét xử sơ thẩm, ngày ban hành kháng nghị trước ngày ra bản án sơ thẩm, số liệu sai sót, có nhiều lỗi chính tả…;
Về từ ngữ sử dụng trong kháng nghị có một số trường hợp còn thiếu chặt chẽ hoặc không đúng về mặt pháp lý như “xét xử theo trình tự phúc thẩm” mà lẽ ra phải là “xét xử theo thủ tục phúc thẩm” hoặc sử dụng cụm từ sai “từ khung 2 xuống khung 1 Điều..” mà lẽ ra phải sử dụng “từ khoản 2 xuống khoản 1 Điều…”;
Một số kháng nghị lại quá thời hạn luật tố tụng hình sự quy định nên phải rút kháng nghị.
- Về nội dung, kháng nghị có những thiếu sót chủ yếu sau
Kháng nghị chưa bám vào các căn cứ để kháng nghị như Tồ án cấp sơ thẩm có những vi phạm trong việc áp dụng Bộ luật hình sự về định tội danh, áp dụng điều khoản bộ
luật, định khung hình phạt, áp dụng biện pháp tư pháp, án phí…, vi phạm về thủ tục tố tụng hình sự trong giai đoạn xét xử sơ thẩm, bản án hoặc quyết định sơ thẩm khơng phù hợp với tình tiết khách quan của vụ án, việc điều tra xét hỏi tại phiên tồ khơng đầy đủ, chưa rõ ràng. Nội dung kháng nghị chưa xác định chính xác những vi phạm pháp luật của bản án hoặc quyết định sơ thẩm để làm căn cứ kháng nghị, chỉ đề cập một cách chung chung như án sơ thẩm chưa đánh giá đúng tính chất, mức độ, hậu quả của hành vi phạm tội hoặc hình phạt áp dụng đối với bị cáo là không tương xứng với hành vi phạm tội do bị cáo gây ra, hay mức án sơ thẩm là chưa thoả đáng, án xử quá nặng hay quá nhẹ mà chưa phân tích nêu rõ căn cứ kháng nghị.
Một số kháng nghị do chưa nghiên cứu đầy đủ các quy định của Bộ luật hình sự và các
văn bản hướng dẫn thi hành nên nội dung kháng nghị nhận định án sơ thẩm áp dụng sai luật, khơng có căn cứ, tuy nhiên qua nghiên cứu thấy án sơ thẩm áp dụng đúng luật. Hoặc có khơng ít trường hợp tuy án sơ thẩm áp dụng khoản, điều luật sai nhưng kháng nghị nhận định cũng khơng chính xác về sai sót của án sơ thẩm mà đề nghị cấp phúc thẩm sửa án nhưng cũng lại đề nghị việc áp dụng pháp luật khơng chính xác.
Trong một số trường hợp do chưa nghiên cứu đầy đủ những chính sách hình sự đối với
người chưa thành niên phạm tội, đặc biệt là lứa tuổi học sinh cần có chính sách phù hợp để giáo dục phòng ngừa trong những trường hợp phạm tội lần đầu, ít nghiêm trọng có thể áp dụng chế định án treo nên một số kháng nghị không cho bị cáo hưởng án treo là không phù hợp.