Quy định của BLTTHS năm 2003 (sửa đổi, bổ sung) về trình tự, thủ tục thay đổi, bổ sung, rút kháng nghị có tác dụng tạo điều kiện cho Viện kiểm sát nghiên cứu, cân nhắc để có được bản kháng nghị đúng pháp luật, có chất lượng. Vì vậy, mặc dù Viện kiểm sát đã kháng nghị và gửi cho Toà án cấp phúc thẩm, nhưng rõ ràng trong thời gian chờ mở phiên toà phúc thẩm là 60 ngày hoặc 90 ngày tương ứng với cấp phúc thẩm tại Toà án cấp tỉnh, Toà phúc thẩm Toà án nhân dân tối cao, Viện kiểm sát vẫn có quyền xem xét hồn thiện bản kháng nghị của mình.
* Đối với việc bổ sung, thay đổi kháng nghị thì cần phải phân biệt rõ các trường hợp
sau
Nếu việc bổ sung, thay đổi kháng nghị đối với một phần hoặc toàn bộ bản án được thực hiện trong thời điểm mà thời hạn kháng nghị vẫn cịn thì theo ngun tắc có thể bổ sung, thay đổi kháng nghị theo cả hướng có lợi hoặc khơng có lợi cho bị cáo; kể cả trường hợp Viện kiểm sát đã rút một phần hoặc toàn bộ bản kháng nghị nhưng sau đó lại kháng nghị lại thì vẫn được chấp nhận để xét xử phúc thẩm. Nói khác đi, trong thời hạn kháng nghị cịn thì Viện kiểm sát có quyền bổ sung, thay đổi kháng nghị theo bất kỳ hướng nào.
Trong trường hợp đã hết thời hạn kháng nghị, thì trước khi bắt đầu hoặc tại phiên toà phúc thẩm, Viện kiểm sát có quyền bổ sung, thay đổi kháng nghị nhưng chỉ theo hướng khơng làm xấu đi tình trạng của bị cáo. Quy định như vậy là nhằm bảo đảm quyền và lợi ích của bị cáo. Bởi vì, nếu thay đổi, bổ sung theo hướng khơng có lợi cho bị cáo trong trường hợp thời hạn kháng nghị đã hết thì bị cáo khơng thể thực hiện quyền bào chữa của mình vì khơng được thơng báo trước.
* Đối với trường hợp rút kháng nghị
Đối với việc rút kháng nghị, theo quy định của Thông tư số 19-TATC ngày 2 tháng 10 năm 1974 của Toà án nhân dân Tối cao, khi phiên toà phúc thẩm đã mở, việc rút kháng nghị vẫn có thể đề ra nhưng chấp nhận hay khơng là do Toà án xét và quyết định. Đây là một quy định không đúng, bởi lẽ, Viện kiểm sát là cơ quan duy nhất có quyền truy tố hay khơng truy tố một người ra trước Toà án để xét xử, thể hiện rõ chức năng công tố của ngành nên khi Viện kiểm sát đã rút kháng nghị phúc thẩm trong bất kỳ trường hợp nào thì Tồ án phải đình chỉ xét xử phúc thẩm. Chính vì vậy quy định này đã được sửa đổi trong BLTTHS năm 1988, 2003 là Viện kiểm sát rút kháng nghị thì Tồ án ra quyết định đình chỉ xét xử phúc thẩm.
Theo quy định của BLTTHS năm 2003 thì chỉ khi bản án sơ thẩm chưa có hiệu lực pháp luật mà bị kháng nghị, kháng cáo thì Tồ cấp trên phải mở phiên tồ phúc thẩm để xem xét lại. Vì thế, khi Viện kiểm sát đã kháng nghị mà rút tồn bộ kháng nghị thì việc xét xử phúc thẩm phải được đình chỉ. Nếu việc rút kháng nghị trước khi mở phiên tồ thì
thẩm phán chủ toạ phiên tồ ra quyết định đình chỉ xét xử phúc thẩm, cịn rút tại phiên tồ thì Hội đồng xét xử phúc thẩm ra quyết định đình chỉ xét xử.
Theo hướng dẫn của hội đồng thẩm phán tại Nghị quyết số 05/NQ-HĐTP thì xác định bản án sơ thẩm có hiệu lực pháp luật từ khi thẩm phán được phân công làm chủ toạ phiên tồ ra quyết định đình chỉ xét xử phúc thẩm. Hướng dẫn như vậy là đúng nhưng chưa thật đầy đủ và chính xác. Nó chỉ đúng khi việc ra quyết định của thẩm phán trong thời điểm mà thời hạn kháng nghị đã hết. Vấn đề đặt ra ở đây là mặc dù Viện kiểm sát đã rút một phần hay toàn bộ kháng nghị trước khi mở phiên toà phúc thẩm nhưng thời hạn kháng nghị vẫn còn, Viện kiểm sát vẫn có quyền kháng nghị lại. Vì thế, trong trường hợp này, nếu thẩm phán chủ toạ phiên tồ ra quyết định đình chỉ xét xử phúc thẩm ngay sau khi Viện kiểm sát rút toàn bộ kháng nghị mà trong khi thời hạn vẫn cịn, thì khơng thể ra quyết định đình chỉ xét xử được vì theo nguyên tắc vẫn còn thời hạn kháng nghị thì bản án chưa có hiệu lực pháp luật, vẫn cịn có thể bị kháng nghị.
Đối với trường hợp rút một phần kháng nghị trước khi hoặc bắt đầu phiên toà phúc thẩm thì Hội đồng xét xử phúc thẩm chỉ xem xét phần kháng nghị không được rút, trừ những trường hợp cần thiết có thể xem xét những phần khác của bản án không bị kháng nghị (kể cả những phần Viện kiểm sát đã rút).