Trong thời gian qua, mặc dù hoạt động của Tòa hành chính đã đạt được một số kết quả đáng ghi nhận nhưng cũng có thể thấy rằng hiệu quả hoạt động của Tòa hành chính vẫn còn chưa cao, Tòa hành chính vẫn còn thực hiện chưa tốt nhiệm vụ của một thiết chế bảo vệ quyền công dân trong nhà nước pháp quyền. Báo cáo của Tòa án nhân dân tối cao cho thấy năm 2011, tuy tăng so với cùng kỳ 392 vụ, nhưng Tòa án nhân dân cả nước xét xử 1.790 vụ án hành chính (đạt 77%). Tỷ lệ xét xử vụ án hành chính thấp nhất trong các loại án nhưng hủy sửa lại cao nhất, chiếm đến 13%. Chưa có địa phương nào thống kê số lượng án hành chính đưa ra xét xử phần thắng thuộc về người dân chiếm số lượng bao nhiêu nhưng trao đổi với nhiều luật sư, kiểm sát viên và ngay cả một số thẩm phán, cho thấy số vụ kiện người dân thắng chỉ là con số nhỏ so với hành trình nhọc nhằn kiện tụng.
Ví dụ: Vụ cưỡng chế ở Tiên Lãng gây ồn ào gần đây cũng xuất phát từ việc thu hồi đất và vụ án hành chính. Gia đình ông Đoàn Văn Vươn đổ không biết bao nhiêu mồ hôi, công sức mới có được 38 ha đầm tôm. Trong khi đó, Ủy ban nhân dân huyện Tiên Lãng đòi thu hồi ngay lập tức. Quyết định thu hồi của huyện bị khởi kiện. Tòa sơ thẩm đã xử cho dân thua, quan thắng. Đến phiên xử phúc thẩm, đuối lý, biết mình sai, đại diện Ủy ban nhân dân huyện Tiên Lãng - ông Phạm Văn Hoa, Trưởng phòng Tài nguyên - Môi trường đã hứa nếu ông Vươn rút đơn huyện sẽ tiếp tục cho thuê đất. Tin quan, ông Vươn đã rút đơn. Nhưng vừa rút đơn thì chủ tịch huyện lại ra quyết định cưỡng chế thu hồi đất gây bức xúc cho người dân…Nếu Tòa án nhân dân huyện Tiên Lãng và Thành phố Hải Phòng khi xét xử về hành chính vụ ông Đoàn Văn
Vươn khởi kiện quyết định thu hồi đất trái pháp luật của Chủ tịch Ủy ban nhân dân huyện Lê Văn Hiền tỏ ra khách quan, công tâm thì đã không xảy ra hậu quả đặc biệt nghiêm trọng làm 6 người bị thương, 5 người bị khởi tố và bắt giam. Ai cũng biết Tòa hành chính được lập ra để các thẩm phán nhân danh nhà nước đưa ra những phán quyết bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của công dân trước những hành vi hành chính và quyết định hành chính trái pháp luật của người đứng đầu cơ quan nhà nước. Thế nhưng từ vụ việc ở Tiên Lãng, rõ ràng người dân đã bị phớt lờ những tiếng kêu oan ức ngay tại chốn công đường.
Thực tế cho thấy số lượng vụ án hành chính mà án giải quyết vẫn còn rất ít so với hàng ngàn vụ khiếu nại phát sinh. Điều này thể hiện sự thiếu tin tưởng của người khiếu nại về tính khách quan, vô tư của cơ quan hành chính khi "vừa là người bị kiện, vừa là người xử kiện". Số lượng quyết định giải quyết khiếu nại của cơ quan hành chính phải sửa đổi, bổ sung, hủy bỏ chiếm tỷ lệ khá lớn, nhất là đối với quyết định giải quyết khiếu nại cuối cùng. Vì vậy, mặc dù về khoa học pháp lý đây là một giải pháp hữu hiệu để người dân bảo vệ quyền lợi của mình nhưng vẫn chưa được họ sử dụng nhiều.
Trong quá trình thụ lý, giải quyết vụ án, một số tòa án còn có một số hạn chế, thiếu sót như:
+ Vi phạm điều kiện quyền khởi kiện vụ án hành chính + Vi phạm xác định thẩm quyền giải quyết vụ án hành chính + Phần Quyết định của bản án tuyên vượt quá thẩm quyền
+ Thụ lý, giải quyết vụ án không đúng nguyên tắc khởi kiện và yêu cầu kháng cáo của đương sự;
+ Xác định không đúng đối tượng khởi kiện;
+ Đình chỉ việc giải quyết khiếu kiện không đúng…
Các khiếu kiện hành chính xảy ra rất nhiều trong cuộc sống, nhiều khi trở thành vấn đề thời sự sôi động trong cả nước, nhưng các đơn khởi kiện tại Tòa án không nhiều và số vụ án hành chính Tòa án đã thụ lý cũng còn rất ít
trên thực tế. Giải quyết vụ án hành chính là một vấn đề hết sức phức tạp vì đụng chạm đến các cơ quan hành chính nhà nước, đặc biệt cơ quan hành chính cùng cấp với Tòa án địa phương. Chính vì vậy, một số tòa án rất dè dặt và phát sinh tư tưởng ngại giải quyết các vụ án hành chính. Muốn giải quyết tốt các vụ án hành chính, các tòa án cần hết sức thận trọng và có phương pháp làm việc thích hợp để chính quyền địa phương thông cảm, tạo điều kiện giúp đỡ tòa án hoàn thành nhiệm vụ