Pháp lệnh thủ tục giải quyết các vụ án hành chính năm 1996 và pháp lệnh sửa đổi, bổ sung năm 1998 và năm 2006 đã góp phần đáng kể bảo vệ quyền và lợi ích của công dân; tăng cường pháp chế xã hội chủ nghĩa. Tuy nhiên, qua thực tiễn giải quyết các vụ án hành chính trong những năm qua cho thấy các quy định của Pháp lệnh thủ tục giải quyết các vụ án hành chính đã bộc lộ những bất cập; có những quy định mâu thuẫn với quy định của các văn bản pháp luật khác (như quy định tại điều 46 của Luật khiếu nại tố cáo có sự mâu thuẫn với Điều 138 Luật đất đai 2003 và quy định tại khoản 2 Điều 2 Pháp lệnh thủ tục giải quyết các vụ án hành chính); có những quy định chưa phù hợp, chưa đầy đủ, thiếu rõ ràng và và có những cách hiểu khác nhau, đặc biệt là những quy định về thẩm quyền giải quyết các khiếu kiện hành chính của Tòa án nhân dân, điều kiện khởi kiện, thời hiệu khởi kiện, nghĩa vụ chứng minh và cung cấp chứng cứ… Bên cạnh đó, Pháp lệnh thủ tục giải quyết các vụ án hành chính chưa có quy định cụ thể về thi hành bản án, quyết định hành chính của Tòa án dẫn đến thực trạng là bản án, quyết định hành chính của Tòa án không được thi hành, hoặc thi hành không đầy đủ. Những hạn chế, bất cập của Pháp lệnh thủ tục giải quyết các vụ án hành chính nêu trên đã làm giảm hiệu quả giải quyết các vụ án hành chính của Tòa án nhân dân, gây trở ngại cho người dân khởi kiện vụ án để bảo vệ quyền và lợi ích chính đáng của mình.
Ví dụ: Trước năm 1999, trong nhiều văn bản pháp luật của Nhà nước đã có các quy định về nghĩa vụ, trách nhiệm của người bị khiếu nại đối với việc giải quyết khiếu nại, trong đó có việc trả lời khiếu nại bằng hình thức văn bản, như tại các điểm a khoản 2 điều 9, điều 23, điều 25 Pháp lệnh Khiếu nại, tố cáo của công dân, điều 87 khoản 2 và khoản 1 điều 88 Pháp lệnh Xử lý vi phạm hành chính... Luật Khiếu nại, tố cáo được Quốc hội khóa X thông qua ngày 2/12/1998, có hiệu lực từ 1/1/1999, được sửa đổi bổ sung vào các năm 2004 và 2006, đều có quy định về nghĩa vụ của người bị khiếu nại phải giải quyết khiếu nại bằng văn bản (Điều 18 (điểm a khoản 2), Điều 34, 37, 53), tuy nhiên trong thực tiễn không hiếm trường hợp người khiếu nại không nhận được trả lời về việc giải quyết khiếu nại của người bị khiếu nại, dẫn đến tình trạng khi muốn khởi kiện vụ án hành chính tại tòa án có thẩm quyền thì tòa không thụ lý hoặc không thể thụ lý để giải quyết được. Pháp lệnh sửa đổi, bổ sung một số điều của Pháp lệnh Thủ tục giải quyết các vụ án hành chính do Ủy ban Thường vụ Quốc hội thông qua vào các năm 1998 (có hiệu lực từ ngày 5/1/1999) và lần gần đây nhất là năm 2006 (có hiệu lực từ 1/6/2006), đã khắc phục tình trạng này. Căn cứ các điều 2, 5, 13, 30, 31 của Pháp lệnh Thủ tục giải quyết các vụ án hành chính đã được sửa đổi, bổ sung, Luật tố tụng hành chính năm 2010 thì không bắt buộc mọi trường hợp khởi kiện đều phải có văn bản của cơ quan nhà nước hoặc của người đã ra quyết định hành chính hay có hành vi hành chính về việc giải quyết khiếu nại.
Như vậy, Việc ban hành Luật tố tụng hành chính 2010, thay thế cho Pháp lệnh thủ tục giải quyết các vụ án hành chính phần nào đã khắc phục được vấn đề nêu trên. Tuy nhiên, Luật tố tụng hành chính mới được ban hành nên có thực tiễn áp dụng để rút kinh nghiệm trong thời gian tới.