Năm 1996 là năm các quy định về Tòa hành chính và thủ tục tố tụng hành chính có hiệu lực pháp luật, đánh dấu bước thành lập và đi vào hoạt động của Tòa án hành chính Việt Nam. Xuất phát từ yêu cầu xây dựng nhà nước pháp quyền xã hô ̣i chủ nghĩa của dân , do dân, vì dân, có kỷ cương , kỷ luâ ̣t, có nền dân chủ rộng mở và thực sự , pháp luật là công cụ chủ yếu để nhà nước quản lý xã hô ̣i , mọi quyền và lợi ích hợp pháp của công dân phải được pháp luật ghi nhận, phải được tôn trọng và bảo đảm thực hiện trên thực tế, nhà nước quản lý xã hô ̣i bằng pháp luâ ̣t và chính các cơ quan , nhân viên nhà nước cũng phải tuân thủ pháp luâ ̣t. Đề cao tính tối cao của Hiến pháp và Luâ ̣t, có sự phân công và phối hợp giữa các cơ quan nhà nước trong viê ̣c thực hiê ̣n các quyền lâ ̣p pháp , hành pháp và tư pháp , mọi hoạt động trong quá trình điều hành, quản lý xã hội của các cơ quan , nhân viên nhà nước phải được kiểm soát nhằm khắc phục mọi biểu hiện lạm quyền , lô ̣ng quyền hoă ̣c trốn tránh thẩm quyền, trách nhiệm trước nhân dân , tôn tro ̣ng và bảo đảm các quyền , lợi ích hợp pháp của công dân.
Trong thời gian này , hoạt động giải quyết khiếu nại hành chính của các cơ quan hành chính nhà nước , thanh tra nhà nước đã mang la ̣i những kết quả to lớn, nhưng đây mới chỉ là viê ̣c giải quyết theo lối hành chính, cơ quan
hành chính vừa là người bị kiện vừa là người phán quyết nên việc giải quyết chưa thực sự dân chủ , khách quan. Đất nước bước vào thời kỳ đổi mới , nền dân chủ ngày càng được rô ̣ng mở và tăng cường, vai trò quản lý của nhà nước đối với các lĩnh vực của đời sống xã hô ̣i ngày càng tăng , mă ̣t khác chúng ta còn thiếu những chính sách cụ thể và đồng bộ cho việc giải quyết khiếu nại , trình độ dân trí và sự hiểu biết ph áp luật của cán bộ và nhân dân còn hạn chế dẫn đến tình tra ̣ng khiếu na ̣i tràn lan, vượt cấp, vòng quanh, các cơ quan thanh tra và cơ quan quản lý hành chính các cấp tuy đã hết sức cố gắng , song về cơ bản vẫn chưa đáp ứng được yêu cầu.
Tình hình trên đã đặt ra một cách bức xúc , đòi hỏi Đảng và Nhà nước phải có các chính sách và ban hành pháp luật làm cơ sở pháp lý cho việc giải quyết tranh chấp hành chính ta ̣i Toà án.
Ngày 28/10/1995, Quốc hô ̣i nước cô ̣ng hoà xã hô ̣i chủ nghĩa Viê ̣t Nam khoá IX , kỳ họp thứ VIII đã thông qua Luật sửa đổi , bổ sung mô ̣t số điều của Luâ ̣t tổ chức Toà án nhân dân năm 1992, trong đó trao cho Toà án nhân dân chức năng xét xử các vụ án hành chính và thiết lập Toà hành chính trong Toà án nhân dân. Theo luâ ̣t này, Toà hành chính được tổ chức thành các toà chuyên trách bên cạnh các toà hình sự , dân sự, kinh tế, lao đô ̣ng ở Toà án nhân dân tối cao và các Toà án nhân dân cấp tỉnh. Ở các Toà án nhân dân cấp huyê ̣n không tổ chức ra các toà hành chính mà chỉ có các thẩm phán được phân công chuyên làm nhiê ̣m vu ̣ xét xử các vụ án hành chính. Tiếp theo, ngày 21/5/1996 Uỷ ban thườ ng vụ Quốc hô ̣i đã thông qua Pháp lê ̣nh Thủ tu ̣c giải quyết các vu ̣ án hành chính (có hiệu lực từ ngày 1/7/1996) và ngày 25/12/1998 là Pháp lệnh sửa đổi , bổ sung một số điều của Pháp lê ̣nh thủ tu ̣c giải quyết các vụ án hà nh chính ngày 21/5/1996. Theo các văn bản pháp luâ ̣t này thì các loại tranh chấp hành chính được xét xử tại toà án được mở rộng hơn rất nhiều (gồm 10 loại vụ việc), chủ thể giải quyết là các toà hành chính thuô ̣c Toà án nhân dân, hình thức tố tụng là tố tụng hành chính - tuy có nhiều nét tương đồng với tố tụng dân sự , nhưng trong các quy đi ̣nh cu ̣ thể la ̣i có nhiều nét khác biê ̣t lớn , phù hợp với các tranh chấp phát sinh từ các quan hệ
pháp luật hành chính . Kể từ khi ban hành các văn bản pháp luâ ̣t này các cơ quan nhà nước có thẩm quyền đã ban hành nhiều văn bản pháp luâ ̣t về tố tu ̣ng hành chính khác như:
- Thông tư số 1118 - TT/TTNN ngày 20/7/1996 của Thanh tra Nhà nước hướng dẫn mô ̣t số vấn đề giải quyết khiếu kiê ̣n hành chính hiê ̣n nay;
- Công văn số 39 - KHXX ngày 6/7/1996 của Toà án nhân dân tối cao về viê ̣c hướng dẫn thi hành mô ̣t số quy đi ̣nh của Pháp lê ̣nh Thủ tu ̣c giải quyết các vụ án hành chính;
- Công văn số 07- HC ngày 9/8/1996 của Toà án nhân dân tối cao hướng dẫn mô ̣t số vấn đề về giải quyết khiếu na ̣i hành chính;
- Nghị quyết số 03/2003/NQ-HĐTP ngày 18/4/2003 của Hội đồng thẩm phán Toà á n nhân dân tối cao hướng dẫn thi hành mô ̣t số quy đi ̣nh của Pháp lệnh thủ tục giải quyết các vụ án hành chính.
Ngoài ra trong quá trình phát triển của đất nước , Quốc hội và các cơ nhà nước có thẩm quyền còn ban hành mô ̣t số văn bả n quy phạm pháp luâ ̣t có liên quan đến tố tu ̣ng hành chính như : Luâ ̣t tổ chức Toà án nhân dân năm 2002, Luật tổ chức Viê ̣n kiểm sát nhân dân năm 2002, Luâ ̣t khiếu na ̣i, tố cáo năm 1998 (đã được sửa đổi , bổ sung năm 2004), các văn bản pháp luật về quản lý nhà, đất, các văn bản về quản lý cán bộ, công chức, các văn bản về xử lý vi phạm hành chính...quy định về các loại quyết định hành chính, hành vi hành chính trong từng lĩnh vực quản lý nhà nước thuộc thẩm quyền xét xử của Toà án. Vì vậy, có thể nói đây là giai đoạn Tòa hành chính được thành lập và bước đầu đạt được hiệu quả tích cực, từng bước khẳng định vai trò to lớn trong việc giải quyết khiếu kiện hành chính, bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của công dân.