Một nguyên nhân cũng không kém phần quan trọng đó là, hiện nay, số lượng thẩm phán và cán bộ Tòa án còn rất ít về số lượng và còn hạn chế về chất lượng. Đội ngũ thẩm phán, cán bộ, công chức của Tòa hành chính Tòa án nhân dân các cấp chưa được đào tạo, bồi dưỡng nhiều về nghiệp vụ giải quyết các vụ án hành chính cũng như kiến thức về quản lý hành chính nhà nước có liên quan đến lĩnh vực mà Tòa án có thẩm quyền giải quyết. Vẫn có cán bộ Tòa án chưa thực sự nắm vững các quy định của Luật khiếu nại, tố cáo, của Pháp lênh thủ tục giải quyết các vụ án hành chính; một số thẩm phán chưa quan tâm một cách đầy đủ các văn bản pháp luật về quản lý hành chính nhà nước liên quan đến quyết định hành chính, hành vi hành chính bị khiếu kiện mà mình đang thụ lý, giải quyết. Trong công tác chuyên môn còn vi phạm về điều kiện khởi kiện và điều kiện thụ lý, giải quyết các vụ án hành chính; có nhiều vụ việc chưa phân biệt thẩm quyền loại việc của cơ quan hành chính
nhà nước và cơ quan Tòa án; thời gian giải quyết các vụ án chưa đảm bảo theo đúng quy định của pháp luật. Đường lối giải quyết một số vụ án không đúng dẫn đến đã bị kháng nghị theo thủ tục giám đốc thẩm để xét xử phúc thẩm, sơ thẩm lại vụ án. Vì vậy có bộ phận công dân còn nghi ngại trước khi chọn con đường khởi kiện tại Tòa hành chính dẫn đến Tòa hành chính chưa thục sự phát huy vai trò là thiết chế bảo vệ quyền công dân.