Tổ chức và bộ máy có mối quan hệ chặt chẽ đến việc xây dựng đội ngũ cán bộ cách mạng nói chung, đến việc xây dựng đội ngũ cán bộ Hội nói riêng. Tuy nhiên, mối quan hệ giữa tổ chức và bộ máy của Hội với việc xây dựng đội ngũ cán bộ Hội cũng có sự khác nhau qua mỗi giai đoạn cách mạng.
Trong giai đoạn đấu tranh cách mạng và các cuộc kháng chiến trước đây, hoàn cảnh hoạt động bí mật, rất nguy hiểm và điều kiện chiến tranh khốc liệt đã quy định tổ chức và bộ máy của Hội phải gọn nhẹ và hiệu quả cao. Thực tiễn
lịch sử cho thấy, với tổ chức rất gọn nhẹ, Hội Nông dân cứu quốc đã vận động, tuyên truyền, tổ chức nông dân tham gia vào các tổ vần công, đổi công và tham gia thực hiện nghĩa vụ lương thực cho kháng chiến luôn đầy đủ…
Trong thời kỳ trước đổi mới, do Hội Nông dân tập thể chỉ tồn tại trên danh nghĩa, thực chất là bị đồng nhất với một số tổ chức như HTX, khối nông nghiệp huyện và Ban Nông nghiệp của Đảng ở tỉnh và TW, nên tổ chức, bộ máy của Hội đã không được xác định rõ, mà chỉ có tính hình thức thực tế cơ sở Hội đã bị đồng nhất với các tập đoàn sản xuất và HTX. Còn ở những cấp Hội cao hơn, tổ chức, bộ máy của Hội đã không có sự ổn định, lúc bị sáp nhập vào các tổ chức khác, khi lại có bộ máy, tổ chức độc lập.
Giờ đây, từ khi nước ta tiến hành sự nghiệp đổi mới, mở của và hội nhập, thực hiện sự nghiệp CNH, HĐH nông nghiệp, nông thôn, dưới tác động của sự biến đổi về cơ cấu giai cấp xã hội, về vị trí, vai trò, chức năng và nhiệm vụ, về
tổ chức và phương thức hoạt động của Hội, Hội cần phải có tổ chức và bộ máy
phù hợp với điều kiện mới.
Có thể thấy rằng, từ khi Hội Nông dân tiến hành đại hội lần thứ nhất, tổ chức và bộ máy của Hội mới thực sự được hoàn thiện từ cấp TW đến cấp cơ sở. Trước đó, sau 58 năm tồn tại và trưởng thành, Hội chưa tiến hành được đại hội toàn quốc. Do vậy, trên thực tế, Hội chưa có ban chấp hình TW chính thức. Thực tiễn công tác Hội cho thấy, ban trù bị đại hội lần thứ nhất của Hội đã tồn tại 13 năm, có lẽ đây là ban trù bị đại hội của một tổ chức có thời gian tồn tại lâu nhất ở nước ta. Trong khi đó, các tổ chức chính trị – xã hội khác ngay từ khi ra đời đã hoàn thiện tổ chức và bộ máy từ cấp TW đến cấp cơ sở, đây là nét đặc thù của Hội. Việc chậm trễ hoàn thiện tổ chức và bộ máy đã để lại những tác động rất tiêu cực đến không chỉ việc thực hiện vị trí, vai trò, chức năng và nhiệm vụ, mà còn đến tổ chức và phương thức hoạt động của Hội Nông dân.
Từ kinh nghiệm trong quá khứ của tổ chức mình, Hội Nông dân đã nhận thức rõ được tầm quan trọng của việc hoàn thiện tổ chức và bộ máy đối với quá trình tồn tại và phát triển của Hội nói chung, đến việc xây dựng đội ngũ cán bộ Hội nói riêng. Vì thế, Hội Nông dân đã tiến hành củng cố cơ sở Hội, phát triển hội viên, nâng cao chất lượng của ban chấp hành các cấp, chú trọng xây dựng cấp TW và cấp cơ sở Hội theo hướng gọn nhẹ và hiệu quả, tránh chồng chéo, xây dựng các ban, đơn vị tham mưu, giúp việc hợp lý, có sự phân công, phân cấp rõ ràng giữa các cấp Hội, tăng cường sự phối hợp giữa các cấp Hội…