- Những nội dung không còn phù hợp cần được sửa đổi
Phạm vi điều chỉnh của Bộ luật hàng hải; phạm vi hoạt động của tàu biển tư nhân; khái niệm về chủ tàu, thuyền viên Việt Nam, khu vực hàng hải; giới hạn trách nhiệm dân sự của chủ
tàu; sử dụng đồng "France vàng" làm đơn vị tính toán trong giải quyết bồi thường tổn thất; quyền cầm giữ hàng hải; bắt giữ tàu biển và một số quy định khác.
- Những nội dung chưa rõ cần được quy định cụ thể
Đối tượng áp dụng; đăng ký tàu biển; quyền cầm giữ hàng hải; thế chấp tàu biển; bắt giữ tàu biển; quyền vận tải nội địa; chế độ lao động và quyền lợi của thuyền viên; trục vớt tài sản chìm đắm ở biển; cảng biển; hợp đồng vận chuyển hàng hóa, hành khách và hành lý; hợp đồng thuê tàu.
- Những nội dung còn chồng chéo cần được phân định rõ
Quyền cầm giữ hàng hải với bắt giữ tàu biển; vận chuyển hàng hóa theo chứng từ vận chuyển với vận chuyển hàng hóa theo hợp đồng thuê tàu chuyến; hợp đồng thuê tàu định hạn với hợp đồng thuê tàu trần.
Hiện tại còn 07 văn bản hướng dẫn thi hành Bộ luật 2005 chưa được ban hành nên không tránh khỏi sự thiếu đồng bộ trong tổ chức thực hiện; đặc biệt là các văn bản quy định về thủ tục bắt giữ tàu biển, tổ chức và hoạt động của hoa tiêu hàng hải, danh mục phân loại cảng biển Việt Nam, phân định vùng nước các cảng biển, tiêu chuẩn sức khỏe của thuyền viên, cơ chế cho thuê khai thác kết cấu hạ tầng cảng biển được đầu tư bằng vốn nhà nước. Hiện nay, Tòa án Nhân dân tối cao, Bộ Giao thông vận tải, Bộ Tài chính, Bộ Y tế đang tiến hành xây dựng để trình Ủy ban Thường vụ Quốc hội, Chính phủ ban hành hoặc ban hành theo thẩm quyền các văn bản hướng dẫn thi hành Bộ luật 2005 còn lại.
Ngoài sự thiếu đồng bộ nêu trên, có một số quy định trong các văn bản thuộc Ngành, lĩnh vực liên quan đến hoạt động hàng hải (hải quan, doanh nghiệp, đầu tư, xây dựng, đấu thầu, bảo vệ môi trường, giao thông đường thủy nội địa, biên giới quốc gia, thanh tra ...) chưa rõ hoặc điều chỉnh chưa sát với đặc thù hàng hải nên dẫn đến sự thiếu thống nhất với quy định của Bộ luật 2005: loại hình tổ chức và cơ chế hoạt động của hoa tiêu hàng hải (dịch vụ đặc thù cần có cơ chế quản lý thống nhất); dự án đầu tư mua hoặc đóng mới tàu biển cũng thực hiện đăng ký đầu tư như đối với các tài sản khác (pháp luật về hàng hải chỉ quy định tàu biển phải đăng ký trong Sổ đăng ký tàu biển quốc gia Việt Nam); mua, bán tàu biển thực hiện qua đấu thầu (thường là chào hàng cạnh tranh theo thông lệ hàng hải); phân định phạm vi, đối tượng quản lý trên các đoạn sông có cảng biển (theo quy định của pháp luật về hàng hải); quản lý tuyến vận tải từ bờ ra đảo trong nội thủy (pháp luật về hàng hải chỉ quy định cảng đi,
cảng đến); thanh tra chuyên ngành chỉ có thanh tra cấp bộ, không có thanh tra cấp cục (chủ yếu các cục chuyên ngành tổ chức thực hiện) và các chế định liên quan khác.
- Những nội dung cần bổ sung để phù hợp với hệ thống pháp luật Việt Nam và pháp luật hàng hải quốc tế:
Nguyên tắc hoạt động hàng hải; chính sách phát triển hàng hải; các hành vi bị nghiêm cấm trong hoạt động hàng hải; quản lý nhà nước về hàng hải; khiếu nại hàng hải; vận tải đa phương thức; mua, bán tàu biển; thế chấp tàu biển đang đóng.
- Một số thuật ngữ, khái niệm, từ ngữ cần được sửa đổi, bổ sung:
Khái niệm về các loại tàu biển, chủ tàu, người thuê tàu, người quản lý tàu, người khai thác tàu, người vận chuyển, người thuê vận chuyển, người vận chuyển thực tế, người gửi hàng, người giao hàng, người nhận hàng, quyền cầm giữ hàng hải, bắt giữ tàu biển, rủi ro hàng hải, tên gọi của một số cơ quan Nhà nước.
- Các hạn chế khác
Ngoài những bất cập nói trên về nội dung điều chỉnh, Bộ luật hàng hải 2005 còn có những hạn chế dưới đây:
+ Chưa quán triệt chiến lược mới về phát triển kinh tế - xã hội: Nội dung điều chỉnh của Bộ luật hàng hải 2005 chưa quán triệt định hướng mới về chiến lược phát triển kinh tế - xã hội trong thời kỳ tới mà Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ IX đã thông qua. Đặc biệt là các mục tiêu về phát triển kết cấu hạ tầng, hệ thống cảng biển và đội tàu biển, tăng cường năng lực vận tải biển, nâng cao chất lượng dịch vụ hàng hải, hội nhập kinh tế quốc tế, nhằm đưa ngành Hàng hải phát triển nhanh, bền vững trong thời kỳ tới;
+ Chưa bắt kịp xu thế phát triển của luật hàng hải quốc tế: Việc vận dụng điều ước và tập quán hàng hải quốc tế trong nội dung điều chỉnh của Bộ luật hàng hải 2005 còn có bất cập vì chưa toàn diện, vừa là những quy định cũ mà hiện nay đều đã được sửa đổi, bổ sung mới. Mặt khác, hiện tại ngoài 12 công ước còn có gần 60 công ước quốc tế về hàng hải khác mà Việt Nam phải là thành viên. Do đó, việc vận dụng các quy định tiến bộ của điều ước và tập quán hàng hải quốc tế vào Dự án luật là yêu cầu rất cần thiết, nhằm bắt kịp xu thế phát triển của luật hàng hải quốc tế.