Mặc dù quá trình bước chuyển sang kinh tế tri thức ở Trung Quốc đã gặt hái được nhiều thành công. Tuy nhiên, đây là giai đoạn đầu mới đang trong quá trình hình thành và phát triển do vậy quá trình đón bắt và xây dựng nền kinh tế tri thức ở Trung Quốc vẫn còn những vấn đề tồn tại.
- Sự hiểu biết về nền kinh tế tri thức còn nhiều hạn chế, có xu hướng nhấn mạnh hình thức coi nhẹ kết quả thực tiễn.
- Mức độ ngành nghề hoá kỹ thuật cao ở Trung Quốc tương đối thấp, kỹ thuật tại các khu công nghiệp khoa học kỹ thuật cao, năng lực quản lý bất cập. Nhiều khu "Vườn công nghiệp khoa học kỹ thuật" hay còn gọi là các “Thung lũng Silicon” ở Trung Quốc hoạt động trên nhiều lĩnh vực như: công nghệ thông tin, điện tử, truyền thông, y sinh học, vật liệu mới, bảo vệ môi trường và năng lượng mới, lại chưa dựa vào các trường đại học, còn thiếu rất nhiều hạng mục kỹ thuật cao được ngành nghề hoá, chưa có cơ chế đầu tư mạo hiểm, còn thiếu năng lực khai phá thị trường, quan hệ quốc tế còn hạn hẹp, làm cho năng lực ngành nghề hoá các hạng mục kinh tế cao rất yếu, không hấp dẫn được các nhà sáng nghiệp.
- Chính sách phát triển công nghiệp quá mạnh, không quan tâm đúng mức đến sự ảnh hưởng của nó đến môi trường, dẫn đến nạn ô nhiễm môi trường từ đó gây ảnh hưởng đến tăng trưởng kinh tế bền vững.
- Chưa thực sự coi trọng quyền sở hữu trí tuệ (IPR).
Mặc dù đã có cố gắng trong triển khai một hệ thống pháp luật về quyền sở hữu trí tuệ (IPR), với một hệ thống khung pháp luật về sở hữu trí tuệ bao gồm 3 bộ luật: Luật nhãn hiệu thương mại, Luật sáng chế và Luật bản quyền. Bên cạnh đó Trung Quốc cũng rất tích cực trong việc thực hiện các nghĩa vụ quốc tế về bảo hộ (IPR), gia nhập Tổ chức Sở hữu trí tuệ thế giới (WIPO) năm 1980, phê chuẩn Công ước Paris về Bảo hộ Sở hữu Trí tuệ năm 1985 và hiệp định Madrid
liên quan đến đăng ký quốc tế đến nhãn hiệu thương mại năm 1989. Trong những năm 1990 Trung Quốc đã trở thành một nước ký Công ước Berne về Bảo hộ bản quyền các tác phẩm văn học và công trình nghệ thuật, Công ước Geneva năm 2003, Hiệp ước hợp tác sáng chế (PCT) và Hiệp ước Budapest năm 1994. Kể từ năm 2001, khi trở thành thành viên của WTO, Trung Quốc đã chấp nhận thực hiện các nghĩa vụ gắn với Hiệp định Quyền Sở hữu Trí tuệ (TRIPS) của WTO. Vào năm 2003, Trung Quốc cũng nỗ lực áp dụng một số các quy định luật pháp và các biện pháp bảo hộ hành chính, như các quy định về bảo hộ thuế quan đối với IPR, các biện pháp về xâm phạm bản quyền, quy định về chuyển nhượng bằng sáng chế.
Với những nỗ lực trên nhằm từng bước hình thành các yếu tố cho việc tạo lập nền kinh tế tri thức ở Trung Quốc, nhưng việc thực thi bảo hộ IPR ở Trung Quốc vẫn còn yếu, đây cũng là nguyên nhân của việc xâm phạm IPR ngày càng gia tăng. Năm 2003, các vụ xâm phạm và giả mạo nhãn hiệu thương mại bị điều tra và khởi tố tăng so với năm 2002 là 13%. Số các trường hợp bằng sáng chế giả và làm giả bằng sáng chế do Tổ chức Sở hữu Trí tuệ Trung Quốc (SIPO) điều tra đã tăng tương ứng là 67% và 41% so với năm 2002.
- Sự gắn kết giữa sáng tạo R&D với doanh nghiệp còn kém hiệu quả. Số lượng các doanh nghiệp lớn và vừa của Trung Quốc xây dựng cơ sở nghiên cứu và phát triển chỉ chiếm 25%, các doanh nghiệp nhỏ thì hầu như không làm điều này, ngay cả các doanh nghiệp 100% vốn nước ngoài ở những khu vực xa trung tâm thành phố như vùng tam giác Châu Giang, từ thời kỳ đầu cải cách tới nay vẫn giữ lề lối sản xuất như trước đây, không có nghiên cứu và phát triển. Nếu muốn trở thành một “Nhà nước sáng tạo”, phát triển dựa vào chủ yếu là tri thức thì tỷ lệ dựa vào kỹ thuật nước ngoài phải giảm xuống 30% và ít nhất số lượng bản quyền phát minh, sáng chế cấp cho người Trung Quốc cũng phải đạt đến 60.000 bản.