Khởi kiện được coi là giai đoạn đầu tiên, và có ý nghĩa đặc biệt quan trọng đối với hoạt động tố tụng hành chính. Khởi kiện chính là một sự kiện pháp lý làm phát sinh quan hệ giữa người khởi kiện và toà hành chính thuộc Toà án nhân dân có thẩm quyền, là cơ sở để toà thụ lý và tiến hành việc giải quyết vụ án hành chính, tiến hành các giai đoạn tố tụng sau, bảo vệ quyền và nghĩa vụ của đương sự, cũng từ đó phát sinh quyền và nghĩa vụ của những người tham gia tố tụng, tiến hành tố tụng.
Xuất phát từ quyền khiếu nại, tố cáo được quy định từ Hiến pháp [Điều 74, Hiến pháp 1992], khởi kiện cũng được coi là một quyền chính đáng của công dân, tổ chức khi cho rằng, quyền và lợi ích hợp pháp của mình bị xâm phạm. Công dân đủ 18 tuổi và có đủ năng lực hành vi để thực hiện các quyền và nghĩa vụ tố tụng (khoản 5 Điều 4, khoản 1, khoản 4 Điều 30) bắt buộc phải tự mình khởi kiện ra toà, họ chỉ có thể uỷ quyền cho người khác tham gia tố tụng, chứ không được uỷ quyền khởi kiện. Việc uỷ quyền phải tuân thủ các quy định của pháp luật (Điều 22).Trong trường hợp cá nhân chưa đủ 18 tuổi hoặc có nhược điểm về thể chất hoặc tinh thần, thì quyền khởi kiện sẽ do người đại diện hoặc người được uỷ quyền thực hiện. Đối với các trường hợp này, Viện Kiểm sát nhân dân có quyền khởi tố nếu không có ai khởi kiện. Các cá nhân, tổ chức, cơ quan khởi kiện phải thể hiện bằng đơn (theo mẫu quy định) và phải đảm bảo những nội dung quy định, Viện Kiểm sát khởi tố vụ án phải có quyết định khởi tố.
Trình tự các bước tiến hành việc khởi kiện tại Toà án nhân dân được quy định như sau:
- Trước khi khởi kiện, người khởi kiện bắt buộc phải thực hiện thủ tục khiếu nại tại cơ quan nhà nước, cán bộ công chức nhà nước có quyết định hành chính, hành vi hành chính lần đầu mà họ cho rằng trái pháp luật. Nội dung, trình tự, thời hạn khiếu nại phải tuân thủ các quy định tại các Điều 30, Điều 31, Điều 33 Luật Khiếu nại, tố cáo. Sau khi hết thời hạn giải quyết khiếu nại lần đầu theo quy định tại Điều 36 Luật Khiếu nại, tố cáo mà không
nhận được quyết định giải quyết khiếu nại lần đầu, hoặc nhận được nhưng không đồng ý với quyết định đó thì trong thời hạn 30 ngày, cá nhân, tổ chức được quyền khởi kiện vụ án hành chính tại Toà án. Đối với vùng sâu, vùng xa, thời hạn là 45 ngày, nếu có lý do khác như ốm đau, thiên tai,.. không thể khởi kiện thì không tính thời gian trở ngại.
- Đối với việc khởi kiện quyết định buộc thôi việc, người khởi kiện trước toà bắt buộc phải gửi đơn khiếu nại đến cơ quan, người đã ra quyết định buộc thôi việc mà họ cho là trái pháp luật. Thời hạn khiếu nại theo Điều 49 Luật khiếu nại, tố cáo là 15 ngày. Kể từ ngày nhận được quyết định giải quyết khiếu nại lần đầu mà người này không đồng ý với quyết định đó thì mới được khởi kiện ra Toà án, thời hạn khởi kiện là 30 ngày. Nếu người khởi kiện đã khiếu nại nhưng không được cơ quan nhà nước thụ lý giải quyết theo Điều 32 Luật Khiếu nại, tố cáo hoặc hết thời hạn khiếu nại theo Điều 31 Luật Khiếu nại, tố cáo mà không khiếu nại thì cán bộ, công chức cũng không có quyền khởi kiện vụ án hành chính tại Toà án.
Vụ án hành chính được Toà án thụ lý vào ngày người khởi kiện xuất trình biên lai nộp tiền tạm ứng án phí. Trường hợp người khởi kiện được miễn nộp tiền tạm ứng án phí, thì vụ kiện được thụ lý vào ngày Tòa án nhận được đơn kiện.
Trong thời hạn 7 ngày, kể từ ngày thụ lý vụ án, Toà án phải thông báo cho người bị kiện và người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan nội dung đơn kiện. Trong thời hạn 15 ngày, kể từ ngày nhận thông báo, người bị kiện và người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan gửi cho Toà án ý kiến của mình bằng văn bản về đơn kiện và các tài liệu khác có liên quan đến việc giải quyết vụ án. Hết thời hạn này mà không nhận được ý kiến bằng văn bản thì Toà án tiếp tục giải quyết vụ án theo thủ tục chung.
Trong thời hạn 60 ngày, kể từ ngày thụ lý vụ án, thẩm phán được phân công làm chủ tọa phiên toà phải ra một trong các quyết định sau:
- Đưa vụ án ra xét xử : khi thấy việc thu thập chứng cứ đã đầy đủ cơ sở để giải quyết vụ án hành chính;
- Đình chỉ việc giải quyết vụ án.
Đối với vụ án phức tạp, thời hạn nói trên là không quá 90 ngày. Trong trường hợp quyết định đưa vụ án ra xét xử, thì Toà án phải mở phiên toà trong thời hạn 20 ngày, nếu có lý do chính đáng thì thời hạn không quá 30 ngày, đồng thời Toà án phải gửi hồ sơ cho Viện kiểm sát cùng cấp trong thời hạn 15 ngày.
Chuẩn bị xét xử vụ án hành chính là một trong những giai đoạn phức tạp, khó khăn. Trong thực tiễn hoạt động quản lý, quyết định hành chính, hành vi hành chính có số lượng rất lớn, vì vậy quyết định hành chính, hành vi hành chính bị khởi kiện cũng rất mới mẻ, đa dạng với các thẩm phán. Thẩm phán được giao quản lý vụ việc phải làm quen với những quy định mới của quyết định hành chính, phải tìm hiểu căn cứ, cơ sở pháp lý mà các cơ quan quản lý đã sử dụng để ban hành ra quyết định đó và hành vi đó để bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của người khởi kiện. Chính vì vậy, thẩm phán phải nắm vững pháp luật không chỉ liên quan đến nội dung quyết định hành chính mà còn phải nắm vững hình thức xây dựng văn bản pháp luật để có cơ sở xác định tính đúng sai, hợp pháp hay không hợp pháp của quyết định hành chính, hành vi hành chính bị kiện.
Trên thực tế giải quyết các vụ án hành chính vẫn thường gặp không ít trường hợp Toà án thụ lý đơn kiện thuộc các trường hợp mà pháp luật không quy định thuộc thẩm quyền giải quyết của toá án hành chính. Khi phát hiện việc thụ lý đơn kiện không đúng quy định của pháp luật thì các Toà án đều ra quyết định đình chỉ việc giải quyết vụ án. Khi việc thụ lý đơn kiện không đúng quyết định của pháp luật thì phải đình chỉ việc giải quyết vụ án, nhưng vấn đề đặt ra ở đây là căn cứ vào quy định nào để ra quyết định đình chỉ việc giải quyết vụ án. Điều 41 Pháp lệnh không có quy định về các trường hợp phải đình chỉ việc giải quyết vụ án nêu trên.