Xét xử sơ thẩm là giai đoạn trung tâm của tố tụng hành chính nhằm xác định bản chất của vụ án hành chính, giải quyết vấn đề quyết định hành chính, hành vi hành chính bị khiếu kiện hợp pháp hay không hợp pháp, và
vấn đề bồi thường thiệt hại cho đương sự. Tại phiên toà sơ thẩm, Toà án áp dụng mọi biện pháp do luật quy định để kiểm tra, đánh giá toàn bộ chứng cứ của vụ án đã thu được trước đây, cũng như mới được đệ trình tại phiên toà để rút ra những kết luận làm cơ sở cho các quyết định của bản án. Bản án của Toà án ghi nhận toàn bộ quá trình giải quyết vụ án, buộc các bên đương sự và các cơ quan, tổ chức có liên quan phải chấp hành. Xét xử sơ thẩm còn là cơ sở cho việc tiến hành các thủ tục tiếp theo phúc thẩm, giám đốc thẩm hoặc tái thẩm khi có kháng cáo, kháng nghị. Trong xét xử sơ thẩm, Toà án phải tuân thủ nguyên tắc chung: xét xử trực tiếp, liên tục và bằng lời. Phiên toà sơ thẩm thường được tiến hành công khai. Trong trường hợp, phiên toà xét xử kín theo yêu cầu chính đáng của đương sự thì về nguyên tắc việc tuyên án phải công khai. Thủ tục xét xử sơ thẩm vụ án hành chính quy định chi tiết tại chương VIII gồm các trình tự sau:
-Thủ tục bắt đầu phiên toà: bao gồm các hoạt động mang tính nghi thức tuân thủ quyết định của pháp luật tố tụng, ví dụ như kiểm tra căn cước của các đương sự, người làm chứng, giới thiệu thành phần tham gia phiên toà, giải thích quyền và nghĩa vụ của các bên đương sự, những người tiến hành tố tụng, tham gia tố tụng.
-Thủ tục xét hỏi tại phiên toà: thông qua việc xét hỏi để thẩm định công khai về sự thật của vụ án cũng như tính hợp pháp của quyết định hành chính, hành vi hành chính bị khiếu kiện. Điều 46 Pháp lệnh quy định cụ thể trình tự xét hỏi tại phiên toà. Việc xét hỏi tại phiên toà hành chính coi trọng việc tự xuất trình chứng cứ chứng minh của các bên, chứ không nặng về trả lời từng câu, từng ý như phiên toà dân sự, hình sự.
- Thủ tục tranh luận tại phiên toà được quy định tại Điều 47 của Pháp lệnh. Việc tranh luận tại phiên toà nhằm làm sáng tỏ các vấn đề của vụ án, giải quyết mâu thuẫn trong vụ án, đồng thời nắm vững được quan điểm của các bên về hướng giải quyết khiếu kiện. Hai bên có quyền đưa ra ý kiến, nêu căn cứ chứng minh bảo vệ quan điểm của mình, họ có quyền đưa ra các lý lẽ bác bỏ ý kiến của nhau, ý kiến của kiểm sát viên sẽ kết thúc phần tranh luận...
-Thủ tục nghị án và tuyên án: Trong phần nghị án, Hội đồng xét xử cần giải quyết được các vấn đề sau: đánh giá tính hợp pháp về thủ tục tố tụng của toàn bộ quá trình khởi kiện, thụ lý, xét xử vụ án hành chính, tư cách người tham gia tố tụng, người tiến hành tố tụng; xem xét, đánh giá những căn cứ pháp lý và tính hợp pháp về yêu cầu khởi kiện của người khởi kiện; xem xét, đánh giá tính hợp pháp của quyết định hành chính, hành vi hành chính; xem xét phần bồi thường thiệt hại theo pháp luật tố tụng dân sự và pháp luật dân sự nếu có; về án phí và người phải chịu án phí. Sau khi nghị án xong, toàn văn bản án sẽ được chủ toạ phiên toà thay mặt Hội đồng xét xử đọc công khai, rõ ràng tại phiên toà.
Trong thời hạn ba ngày, kể từ ngày tuyên án, các đương sự, người đại diện hoặc bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của họ được xem biên bản phiên toà, có quyền yêu cầu sửa chữa, bổ sung biên bản. Kết thúc phiên toà, các đương sự được Toà án cấp trích lục bản án hoặc quyết định về vụ án. Chậm nhất là 7 ngày từ ngày tuyên án, Toà án phải cấp cho đương sự và Viện Kiểm sát cùng cấp bản sao bản án hoặc quyết định để họ có thời gian nghiên cứu, xem xét khả năng kháng cáo hoặc kháng nghị bản án sơ thẩm.
Pháp lệnh cũng quy định thủ tục xét xử sơ thẩm rút gọn trong trường hợp vụ án hành chính có nội dung đã rõ ràng, có đủ chứng cứ được các bên thừa nhận và không có yêu cầu tham gia phiên toà, thì Toà án xét xử không cần sự có mặt của các đương sự và những người tham gia tố tụng khác (đoạn 2, Điều 7).