Đàm phán gia nhập WTO là cả một quá trình cam go, phức tạp. Để đạt được những thỏa thuận thỏa đáng, công bằng, quân bình giữa quyền và nghĩa vụ thành viên, duy trì tốt nhất mục tiêu phát triển quốc gia đồng thời thực hiện
đầy đủ yêu cầu tất yếu của WTO về tự do hóa thương mại, mỗi quốc gia hay lãnh thổ hải quan thành viên (lãnh thổ hải quan trong WTO: Hongkong, Macao của Trung Quốc) đều phải năng động, linh hoạt trong đàm phán, đưa ra những cam kết thích hợp, thậm chí phải nhượng bộ, đánh đổi để dung hòa các lợi ích đối lập.
Về cơ bản, các thành viên khi tham gia WTO sẽ phải chấp nhận sự ràng buộc "cả gói" ngay tại thời điểm gia nhập đối với hệ thống các hiệp định đa phương. Tuy nhiên, trong khung pháp luật WTO về thương mại hàng hóa và bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ cũng cho phép các thành viên được tùy nghi lựa chọn một số cách thức điều chỉnh của pháp luật trong nước để đạt được tốt nhất mục tiêu phát triển của nước mình mà không bị xem là vi phạm các nguyên tắc hay cam kết với WTO.
Các cam kết với WTO phải được thực hiện phù hợp với các nguyên tắc có liên quan trực tiếp tới lĩnh vực Hải quan như sau:
a. Nguyên tắc Không phân biệt đối xử (biểu hiện bằng các chế độ: MFN, NT)
(1) Nguyên tắc MFN (đối xử Tối huệ quốc): Nội dung của nguyên tắc này là khi một nước mở cửa thị trường cho một thành viên thì phải mở cửa thị trường ngay lập tức và không điều kiện cho tất cả các thành viên khác mà không yêu cầu phải có sự đàm phán của tất cả các đối tác thương mại.
Ngoại lệ về ưu đãi của nguyên tắc này: liên quan đến hạn chế định lượng nhập khẩu, điều khoản được phép (hệ thống ưu đãi thuế quan phổ cập: giảm thuế đơn phương, không có đi có lại), các trường hợp miễn trừ, các biện pháp tự vệ - trợ cấp - đối kháng, hạn ngạch đối với nông sản - cấp hạn ngạch dệt may, mua sắm của Chính phủ.
Nguyên tắc này được thể hiện trong toàn bộ hệ thống các hiệp định WTO và quy định thành điều khoản cụ thể tại: Điều I.1 GATT 1947, Điều 4 TRIPs:
"… Bất kỳ một sự ưu đãi, ưu tiên, đặc quyền hay miễn trừ mà một bên ký kết dành cho bất kỳ sản phẩm nào có xuất xứ từ hoặc được giao đến bất kỳ nước nào khác thì ngay lập tức và không điều kiện phải được dành cho sản phẩm tương tự có xuất xứ từ hoặc được giao đến lãnh thổ của tất cả các bên ký kết khác" (Điều I GATT 1947).
"Đối với việc bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ, bất kỳ một sự ưu tiên, chiếu cố, đặc quyền hoặc miễn trừ nào được một Thành viên dành cho công dân của bất kỳ nước nào khác cũng phải được ngay lập tức và không điều kiện dành cho công dân của tất cả các Thành viên khác" (Điều 4 TRIPs).
(2) Nguyên tắc NT (Đối xử quốc gia): dành sự đối xử bình đẳng giữa hàng hóa sản xuất trong nước và hàng hóa nhập khẩu, giữa công dân hay công ty trong nước và công dân hay công ty nước ngoài, giữa bản quyền tác phẩm của các tác giả trong nước và của các tác giả nước ngoài, được ghi thành các điều khoản tại Điều III GATT, Điều 3 TRIPs.
b. Nguyên tắc Thương mại ngày càng tự do hơn thông qua đàm phán (hay còn gọi là thương mại tự do hơn)
Đối tượng của đàm phán là các biện pháp thuế quan và phi thuế quan đối với hàng hóa, thể hiện ở các nội dung:
- Loại bỏ các cản trở thương mại dưới dạng biện pháp phi thuế quan (hạn ngạch, trợ cấp), vì một số biện pháp trốn tránh được các định nghĩa pháp lý chính xác, khi đó sẽ trở thành rào cản trá hình đối với thương mại. Các rào cản thương mại xét theo tính chất chia làm hai nhóm:
+ Nhóm biện pháp áp đặt thường xuyên đối với hàng hóa nhập khẩu từ tất cả các thành viên WTO và không mang tính trừng phạt, bao gồm các yêu cầu kỹ thuật (nhãn mác, chất lượng, đóng gói…) hay các đòi hỏi về điều kiện vệ sinh dịch tễ;
+ Nhóm các biện pháp áp đặt theo vụ việc, mang tính trừng phạt, đối với nhóm hàng hóa cụ thể từ một số thành viên WTO nhất định, bao gồm biện pháp chống bán phá giá, chống trợ cấp và tự vệ.
c. Nguyên tắc đảm bảo tính minh bạch (Điều X GATT)
WTO yêu cầu các thành viên thực thi các biện pháp để đảm bảo tính minh bạch của các quy định pháp luật:
- Đưa ra các cam kết ràng buộc khi mở cửa thị trường (đưa ra mức trần của cam kết trong đàm phán mở cửa thị trường, không được tăng thuế vượt mức đó);
- Hạn chế áp dụng hạn ngạch, các biện pháp hạn chế định lượng và những biện pháp khác;
- Chính phủ các thành viên phải công bố công khai và phải đảm bảo công chúng cũng như các doanh nghiệp trong và ngoài nước có thể dễ dàng tiếp cận các chính sách, các quy định, luật lệ và thông tin liên quan đến ngoại thương;
- Thành lập các cơ quan có thẩm quyền để rà soát các quyết định hành chính có ảnh hưởng đến thương mại; xem xét các yêu cầu và kiến nghị của các thành viên khác;
- Đảm bảo sự phù hợp giữa luật lệ và chính sách của mình với các hiệp định của WTO. Đây là một nghĩa vụ pháp lý của các thành viên: "Mỗi thành viên phải bảo đảm sự phù hợp của các luật, các chính sách và thủ tục hành chính của mình với các nghĩa vụ được quy định tại các hiệp định ở phần phụ lục" (Điều XVI khoản 4 Hiệp định Marrakesh về thành lập WTO).
Ý nghĩa của nguyên tắc: tạo thuận lợi cho thương mại, bảo đảm cho doanh nghiệp, nói rộng hơn là cho các chủ thể tham gia quan hệ thương mại quốc tế quyền được tiếp cận các thay đổi của pháp luật, từ đó tạo ra khả năng chủ động trong các kế hoạch kinh doanh, giảm thiểu rủi ro và tối đa hóa lợi ích.