Môi trƣờng kinh doanh là một trong những nguyên nhân cơ bản cho các vấn đề về Logistics trong TMĐT tại Việt Nam. Thị trƣờng có quy mô nhỏ, nhu cầu và mức chi cho các hoạt động mua sắm trực tuyến thấp khiến các công ty rất hạn chế đầu tƣ sâu cho TMĐT, điều này dẫn tới việc các công ty hoạt động cầm chừng và khó để mở rộng quy mô đạt tới lợi ích về kinh tế.
Các nguyên nhân còn đến từ chính bản thân những doanh nghiệp về TMĐT. Đại đa số các công ty e-commerce Việt Nam vốn bắt nguồn từ các công ty CNTT đều không có nhiều kinh nghiệm và hạ tầng về mảng Logistics. Các doanh nghiệp tại Việt Nam cũng thƣờng có quy mô tƣơng đối nhỏ, không có điều kiện để áp dụng công nghệ theo chiều sâu, chủ yếu xử lý thủ công dẫn tới năng suất thấp và chất lƣợng thiếu ổn định.
Cách tiếp cận về TMĐT cũng là một trong những nguyên nhân lớn phải kể đến. Đa số các công ty thƣơng mại trẻ tìm đến TMĐT nhƣ một giải pháp đi tắt để tiếp cận khách hàng nhanh hơn với chi phí thấp hơn và bỏ qua phần lớn sự đầu tƣ nền tảng cho mô hình TMĐT. Kết quả là phần lớn các công ty không có tài sản gì ngoài Website bán hàng và không đảm bảo đƣợc những năng lực về Logistics, liên tục gặp những vấn đề về xử lý đơn hàng, về tồn kho, giao hàng, dịch vụ khách hàng… Bài học từ kinh nghiệm của những Công ty TMĐT lớn trên thế giới cho thấy, những công cụ bán hàng nhƣ Website, ứng dụng di động chỉ là một mắt xích nhỏ trong mô hình TMĐT, năng lực về Logistics là nền móng để các doanh nghiệp TMĐT mở rộng phạm vi phục vụ và thị trƣờng.