Chức năng, nhiệm vụ, quyện hạn của UBND Huyện được quy định trong: Quyết định số 265/2007/QĐ-UBND ngày 19/3/2007 của UBND Huyện về việc ban hành Quy chế làm việc của UBND Huyện và thông báo số 531/TB-UBND ngày 28/9/2010 về việc phân công nhiệm vụ chỉ đạo, điều hành đối với Chủ tịch và các Phó chủ tịch UBND Huyện.
Theo đó: UBND Huyện thực hiện các nhiệm vụ trên các lĩnh vực như: kinh tế; lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, thủy lợi, đất đai; lĩnh vực xây dựng, giao thông vận tải; lĩnh vực công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp; lĩnh vực thương mại, dịch vụ và du lịch; lĩnh vực giáo dục, y tế, xã hội, văn hóa, thông tin; an ninh, quốc phòng; thực hiện chính sách dân tộc; thực thi pháp luật; xây dựng chính quyền và địa giới hành chính.
Để thực hiện chức năng trên thì cơ cấu tổ chức của UBND huyện Đông Anh được tổ chức như sau:
Lãnh đạo UBND Huyện gồm: Chủ tịch và 3 Phó chủ tịch Các phòng, ban chuyên môn gồm:
Văn phòng UBND Phòng Nội vụ
Phòng Tài chính kế hoạch Phòng Tài nguyên môi trường Phòng Kinh tế
Thanh tra
Văn hóa thông tin
Phòng Lao động thương binh xã hội Phòng Văn hóa, Giáo dục đào tạo Phòng Y tế
Phòng Quản lý đô thị Phòng Tư pháp.
Mỗi phòng ban được phân công từng nhiệm vụ cụ thể nhằm thực hiện các chức năng của UBND Huyện được thống nhất và liên tục, góp phần nâng cao hiệu quả tổ chức và hoạt động của UBND đồng thời góp phần vào phát triển kinh tế - xã hội trên địa bàn Huyện.