Khu kinh tế Nhơn Hội bao gồm nhiều phân khu chức năng với những mục đích sản xuất kinh doanh khác nhau, nhưng vấn đề môi trường rất được quan tâm. Trong thời gian qua, tỉnh Bình Định đã kiên quyết từ chối những dự án có ảnh hưởng lớn đến môi trường như: sửa chữa tàu biển, nhà máy sản xuất xi măng, Ethanol,… nhằm bảo đảm hình thành một Khu kinh tế đô thị hợp lý, văn minh, hiện đại và bền vững.
Các Khu công nghiệp trong Khu kinh tế được xây dựng khu xử lý nước thải tập trung, nước thải của các nhà máy, xí nghiệp phải đạt tiêu chuẩn cấp độ B mới được thải ra Khu xử lý tập trung này. Sau đó, nước thải tiếp tục được xử lý đạt tiêu chuẩn an toàn cho phép trước khi thải ra môi trường.
Toàn Khu kinh tế, được quy hoạch một khu xử lý chất thải rắn tập trung tại xã Cát Nhơn, huyện Phù Cát (nằm ngoài Khu kinh tế), tất cả chất thải rắn trong Khu kinh tế được đưa về đây để xử lý, tránh tình trạng khó kiểm soát về môi trường.
Việc quy hoạch, định hướng ban đầu về vấn đề môi trường như trên, đã tạo điều kiện thuận lợi, giúp cho các cơ quan quản lý nhà nước về môi trường trong việc kiểm soát ô nhiễm và có biện pháp xử lý kịp thời đối với các hành vi gây ô nhiễm của doanh nghiệp trong quá trình sản xuất.
Như vậy, việc hình thành và phát triển Khu kinh tế Nhơn Hội đã và đang tạo ra bước đột phá trong quá trình phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh Bình Định, góp phần thúc đẩy quá trình chuyển dịch cơ cấu kinh tế, hình thành các trung tâm kinh tế gắn với phát triển đô thị, giải quyết việc làm, các
vấn đề xã hội và bảo vệ môi trường bền vững; đồng thời kéo theo sự phát triển các loại hình dịch vụ, đáp ứng nhu cầu hoạt động của các doanh nghiệp trong Khu kinh tế và cộng đồng dân cư.