Về thủ tục cấp GPKDLHQT trong thời gian qua cũng gây ảnh hưởng không nhỏ đến hoạt động du lịch. Những ảnh hưởng này chủ yếu xuất phát từ
việc chậm ban hành các văn bản hướng dẫn luật cũng như trong việc hướng dẫn, áp dụng pháp luật thiếu nhất quán của các cơ quan quản lý nhà nước về du lịch. Cụ thể, Luật Du lịch 2005 ban hành có hiệu lực thi hành từ 01/01/2006 có quy định cụ thể về hồ sơ, thủ tục cấp GPKDLHQT tại Điều 48, ngay sau khi luật có hiệu lực, cho dù chưa có Nghị định hướng dẫn luật nhưng Tổng cục Du lịch đã có Công văn số 82/TCDL-PC ngày 23/01/2006 chỉ đạo các Sở quản lý du lịch tiếp tục áp dụng các quy định cũ, nếu không trái với Luật Du lịch. Có thể khẳng định văn bản hướng dẫn này của Tổng cục Du lịch là rất đúng đắn nhằm làm cho hoạt động du lịch diễn ra bình thường và ổn định, không bị gián đoạn bởi sự chậm trễ trong việc ban hành Nghị định hướng dẫn luật. Tuy nhiên trên thực tế áp dụng pháp luật, sau khi Nghị định 92/2007/NĐ-CP ngày 01/6/2007 được ban hành và có hiệu lực thì từ đầu năm 2008 chính Tổng cục Du lịch lại tạo ra sự gián đoạn khi từ chối cấp phép cho nhiều doanh nghiệp mà không hề trả lời bằng văn bản. Sau khi các doanh nghiệp phản ảnh, Tổng cục Du lịch có Công văn số 324/TCDL-LH ngày 23/4/2008 thông báo tạm dừng cấp GPKDLHQT với lý do chờ Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch ban hành Thông tư hướng dẫn Nghị định 92/2007/NĐ- CP. Việc này vấp phải sự phản đối của chính các cơ quan quản lý du lịch địa phương là Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch do đây là các cơ quan tiếp nhận, thẩm định ban đầu hồ sơ xin cấp GPKDLHQT của doanh nghiệp và các doanh nghiệp đã gửi hồ sơ hoặc đã và đang hoàn thành các thủ tục thẩm định xin cấp phép tại thời điểm đó. Ngay sau đó, Tổng cục Du lịch đã phải ban hành văn bản số 345/TCDL-LH ngày 05/5/2008 thông báo tiếp tục cấp phép trở lại cho doanh nghiệp đủ điều kiện. Như vậy, chính cơ quan Tổng cục Du lịch đã thiếu nhất quán trong quá trình áp dụng pháp luật, gây ảnh hưởng không nhỏ đến việc kinh doanh của các doanh nghiệp kinh doanh lữ hành.