Với hơn 30 năm hoạt động trong ngành, Công ty đã đạt được nhiều thành tựu đáng kể như ngày nay và tạo sự tín nhiệm của các khách hàng trên thị trường trong và ngoài nước. Tuy nhiên trong thời gian qua, đơn vị đã phải trải qua nhiều khó khăn và thách thức nhưng nhờ có chủ trương và chiến lược đúng đắn của ban lãnh đạo cũng như có sự phối hợp chặt chẽ của toàn thể nhân viên mà công ty đã vượt qua được những thử thách đó và vươn tới đỉnh cao hơn trong sự nghiệp. Quá trình hình thành và lịch sử phát triển của công ty có thể được tóm lược qua các mốc giai đoạn sau đây:
*Giai đoạn 1980 – 1983:
Tiền thân của Công ty Cổ phần Nông sản Thực phẩm Xuất khẩu Cần Thơ là Công ty hợp doanh sản xuất chế biến hàng xuất nhập khẩu Hậu Giang được ra đời vào năm 1980. Do sự thay đổi trong nước và có những yêu cầu mới được đặt ra nên công ty chỉ hoạt động với tên gọi này trong 3 năm.
*Giai đoạn 1983 – 1985:
Đến ngày 05/06/1983 căn cứ Quyết định 110/QĐ – UB của Ủy Ban Nhân Dân tỉnh Hậu Giang đã quyết định chuyển từ Công ty Hợp doanh sang loại hình Doanh nghiệp nhà nước với tên gọi Công ty sản xuất chế biến hàng xuất nhập khẩu. Trong giai đoạn này, Công ty chuyển sang loại hình kinh doanh mới nên cơ cấu có nhiều thay đổi, bộ máy quản lý chưa tích lũy được nhiều kinh nghiệm nên việc kinh doanh không gặp nhiều thuận lợi. Ngoài ra với sự tác động của các chính sách Nhà nước đã ràng buộc Công ty trong việc kinh doanh khiến hoạt động Công ty ở thế bị động và gặp nhiều khó khăn. Dù toàn thể nhân viên đã cố gắng nhưng lợi nhuận vẫn chưa đạt được kết quả cao.
* Giai đoạn 1986 – 1991:
Ngày 04/06/1986 Công ty lần nữa đổi tên thành Công ty Nông sản Thực phẩm Xuất khẩu Hậu Giang. Do có sự đổi mới đúng đắn của Chính phủ từ chế độ bao cấp sang hạch toán kinh doanh độc lậpnên Công ty hoạt động ngày càng hiệu quả. Đến năm 1988 Luật đầu tư trong nước ra đời, nắm được tình hình và được sự chỉ đạo của Ủy Ban Nhân Dân tỉnh, Công ty đã hợp tác với Công ty Viet – Sing (Hồng Công) với tỷ lệ vốn góp 45%. Từ đó, Công ty có hai nhiệm vụ chủ yếu là
sản xuất kinh doanh xuất nhập khẩu và tham gia liên kết với Hồng Kông để thành lập các xí nghiệp Meko với tổng số vốn là 3,1 triệu USD. Trong giai đoạn này, các xí nghiệp liên doanh của Công ty gồm có: Xí nghiệp (XN) Da Meko, XN Chế biến Thức ăn Gia súc Meko, XN may mặc Meko, XN Lông vũ Meko, XN Gia cầm Meko, XN Thủ công mỹ nghệ Meko, XN Liên doanh thuốc lá Vinasa.
*Giai đoạn 1992 – 1997:
Trong giai đoạn này vì sự chia tách tỉnh nên Công ty đổi lại thành tên hiện nay là Công ty Cổ phần Nông sản Thực phẩm Xuất khẩu Cần Thơ vào ngày 28/11/1992. Đến năm 1997 Công ty đã sáp nhập Xí nghiệp Chế biến Nông sản Thực phẩm Cần Thơ và XN thuộc da Tây Đô vào Công ty. Trong thời gian này, Công ty được công nhận là doanh nghiệp Nhà nước thuộc Sở Thương mại và Du lịch Cần Thơ tổ chức doanh nghiệp theohình thức quốc doanh, hạch toán kinh tế độc lập và được cấp giấy phép xuất khẩu trực tiếp.
*Giai đoạn 1998 đến nay:
Năm 1998 chính thức là thành viên trong Liên doanh dầu khí Mekong, Mekong Gas. Ngày 01/10/1998 tham gia góp vốn hình thành Công ty Liên doanh Giày da Tây Đô. Kể từ ngày 12/01/2004 khi Cần Thơ trở thành Thành phố trực thuộc Trung Ương thì Công ty một lần nữa đổi tên thành Công ty Nông sản Thực phẩm Xuất khẩu Thành phố Cần Thơ. Đến tháng 02/2004 sát nhập thêm Xí nghiệp may Meko và Xí nghiệp thức ăn gia súc Meko vào Công ty.
Từ năm 1986 đến năm 2004, Công ty đã nhiều lần đổi tên nhưng hình thức Doanh nghiệp Nhà nước vẫn được giữ nguyên. Cho đến ngày 20/07/2010 Công ty chuyển sang cổ phần hóa lấy tên là Công ty Cổ phần Nông sản Thực phẩm Xuất khẩu Cần Thơ theo Quyết định QĐ 3353/QĐ – UBND ban hành ngày 28/12/2008 của Ủy Ban Nhân Dân Thành phố Cần Thơ.
Công ty Cổ phần Nông sản Thực phẩm Xuất khẩu Cần Thơ là một trong các đơn vị xuất khẩu có uy tín của Thành phố Cần Thơ với kim ngạch xuất khẩu đạt từ 9.000.000 đến 10.000.000 USD/năm, trong đó gạo là mặt hàng chủ lực, trực tiếp và ủy thác xuất khẩu từ 30.000 đến 40.000 tấn/năm. Trải qua một quá trình phát triển với không ít những khó khăn thử thách, Công ty đã tích lũy được những kinh nghiệm quý giá và trên cơ sở đó ngày càng mở rộng quy mô rộng lớn, vươn ra đến tầm thế giới. Hiện nay, mạng lưới Công ty gồm có: XN bao bì Carton, Phân xưởng Chế biến gạo xuất khẩu An Bình, XN chế biến gạo xuất khẩu Thới Thạnh, Cụm kho Trà Nóc. Liên doanh với nước ngoài thì có XN Thủ công mỹ
nghệ Meko và liên doanh trong nước có Công ty Liên doanh sản xuất Giày da Tây Đô.