Cơ cấu quy hoạch tập trung chủ yếu trên Đảo Côn Sơn như sau:
+ Khu trung tâm: Được xây dựng và phát triển thể hiện khung cảnh một đô thị mới nhưng không làm ảnh hưởng đến cảnh quan các khu di tích lịch sử. Khu vực trung tâm có địa hình thuận lợi để xây dựng và phát triển đô thị với khu dân cư, nghỉ mát, du lịch... về việc khoanh vùng bảo vệ khu di tích lịch sử cách mạng, Bộ Văn hóa đã có quyết định 66/VH/CP ngày 11-6-1984 yêu cầu không được xâm phạm và bảo vệ cảnh quan 8 trại giam, khu chuồng bò, nghĩa trang Hàng Dương, nhà Chúa Đảo, cầu tàu 914.
+ Khu Bến Đầm: Xây dựng cảng biển nước sâu (gồm cảng dịch vụ hàng hải, cảng địch vụ dầu khí, cảng xuất nhập hàng nội địa, cảng cá) và khu công nghiệp phù hợp với chức năng cảng.
+ Khu Cỏ Ống: mở rộng sân bay Cỏ Ống thành sân bay đón được các chuyến
bay quốc tế và được chọn để lập dự án khu du lịch tự do.
Ngoài ra, tại hòn Bảy cạnh và hòn Cau có một phần diện tích khoảng 20-25ha cũng thuận lợi để phát triển xây dựng.
Cùng một lúc Côn Đảo phải thực hiện hai nhiệm vụ mâu thuẫn với nhau là phát triển kinh tế đồng thời bảo vệ tài nguyên thiên nhiên và môi trường. Như vậy, sử dụng hợp lý tài nguyên thiên nhiên và hạn chế các nguyên nhân gây suy thoái môi trường trong tiến trình phát triển kinh tế nhằm mục đích phát triển bền vững trở thành nhiệm vụ chiến lược quan trọng nhất của Côn Đảo. Việc xây đựng một kế hoạch tổng thể về phát triển kinh tế xã hội đồng thời với bảo vệ môi trường là cần thiết, trong đó sự phát triển sản xuất và tăng trưởng dân cư không gây tác động xấu đến môi trường và tài nguyên thiên nhiên của Côn Đảo.
7.2 CÁC BIỆN PHÁP TỔNG HỢP BẢO VỆ MÔI TRƯỜNG
Các biện pháp bảo vệ môi trường nhằm giải quyết các vấn đề cơ bản sau: - Triển khai các dự án và biện pháp quản lý môi trường.
- Bảo vệ, phục hồi và phát triển tài nguyên rừng và tài nguyên sinh vật. - Phồng chống ô nhiễm môi trường do các hoạt động kinh tế gây ra.