Quyết định số 729/QĐ -TCT ngày 18 tháng 6 năm 2007 của Tổng Cục Thuế quy định: Cục thuế quận, huyện, tỉnh, thành phố trực thuộc tỉnh là tổ chức trực thuộc Cục Thuế, có chức năng tổ chức thực hiện công tác quản lý thuế, phí, lệ phí và các khoản thu kháccủa Ngân sách nhà nước trên địa bàn theo quy định của pháp luật.
Đối với Cục thuế Thừa Thiên Huế chức năng nhiệm vụ của các Phòng như sau: Phòng tuyên truyền hổ trợ pháp luật thuế: Thực hiện công tác tuyên truyền về chính sách pháp luật thuế; hỗ trợ người nộp thuế .
Phòng kiểm tra : Thực hiện công tác kiểm tra, giám sát kê khai thuế; chịu trách nhiệm thực hiện dự toán thu các doanh nghiệp thuộc phạm vi quản lý của Cục thuế; thực hiện công tác kiểm tra việc tuân thủ pháp luật tại Doanh nghiệp
Phòng Thanh Tra, phòng Kiểm tra nội bộ: Giải quyết tố cáo liên quan đến NNT
tính liêm chính của cơ quan thuế, công chức thuế; giải quyết khiếu nại tố cáo liên quan đến việc chấp hành công vụ và bảo vệ sự liêm chính của cơ quan thuế, công chức thuế
Phòng kê khai kế toán thuế: Thực hiện công tác đăng ký thuế, xử lý hồ sơ khai thuế, hoàn thuế, kế toán thuế, thống kê thuế nộp vào NSNN theo phân cấp quản lý;
Phòng Tin Học: Vận hành hệ thống trang thiết bị tin học; triễn khai, cài đặt, hướng dẫn sử dụng các phần mềm ứng dụng tin học phục vụ công tác quản lý thuế.
Phòng Quản lý nợ và cưỡng chế nợ thuế : T hực hiện công tác quản lý nợ thuế, cưỡng chế thu tiền thuế nợ, tiền phạt đối với người nộp thuế.
Phòng Nghiệp vụ - Dự toán : Hướng dẫn về nghiệp vụ QLT, chính sách, pháp luật thuế cho CBCC thuế ; xây dựng và tổ chức thực hiện dự toán thu NSNN được giao của Tổng cục thuế.
Phòng quản lý Đất: Quản lý thuế chuyển quyền sử dụng đất, tiền cấp quyền sử dụng đất, các khoản đấu giá về đất, tài sản, tiền thuê đất, thuế tài sản, phí, lệ phí và các khoản thu khác.
Phòng Hành chính- Tài vụ- Ấn chỉ: Thực hiện công tác hành chính; quản lý tài chính, quản trị; quản lý ấn chỉ.
Phòng Tổ chức cán bộ: Công tác quản lý nhân sự;