Kết quả thu nợ thuế là một trong những chức năng cơ bản của ngành thuế nhằm đôn đốc những khoản thuế phát sinh đã quá hạn nộp vào ngân sách. Công tác này hiện nay còn gặp rất nhiều vướng mắc và khó khăn cần được hoàn thiện.
Hệ thống thu thuế và hệ thống quản lý nợ vẫn còn lỗi, khiến cho việc kết xuất số liệu nợ từ hệ thống quản lý thuế sang quản lý nợ chưa rõ ràng, còn tùy tiện, dẫn đến chương trình quản lý nợ hoạt độn g còn phụ thuộc và không thực hiện đúng thời điểm. Trong thời gian tới, cần hoàn thiện hơn quy trình quản lý nợ thuế để tránh tình trạng nợ chây ỳ, thất thoát nợ thuế và những sai sót trong quá trình quản lý nợ thuế đối với các doanh nghiệp.
Việc gửi các thông báo phạt nộp chậm đến các doanh nghiệp nợ thuế thường hay bị thất lạc, các doanh nghiệp không nhận được các giấy báo này. Do đó khi gửi các thông báo phạt nộp chậm nên gửi bằng fax nhanh hoặc gửi bằng thư bảo đảm để đảm bảo doanh nghiệp đã nhận được tận tay thông báo và cần có biện pháp để khắc phục. Sau khi phát hành thông báo nợ, nếu vẫn chưa đến ngày thứ 90, kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế, mà người nợ thuế vẫn chưa nộp tiền vào ngân sách nhà nước thì cơ quan thuế kết hợp với các ban ngành tư pháp, Ủy ban Nhân dân các cấp, hội đồng tư vấn thuế các cấp mời người nợ thuế lên làm việc tại trụ sở sở tại làm việc để nắm thông tin về tình hình sản xuất kinh doanh, tình hình tài chính và các nguyên nhân dẫn đến tình trạng chậm nộp tiền thuế. Sau khi làm việc, hai bên sẽ lập biên bản ghi nhận kết quả và cam kết nộp thuế trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày hết hạn nộp thuế. Đối với khoản nợ thuế trên 90 ngày, kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế và khoản nợ thuế đã quá thời hạn gia hạn nộp thuế, cơ quan thuế thực hiện cưỡng chế nợ thuế theo quy định.
Tăng cường hơn nữa sự phối kết hợp giữa ba đơn vị: Kho bạc, ngân hàng và cơ quan thuế trong đảm bảo việc luân chuyển các chứng từ nộp thuế của các doanh nghiệp được tiến hành nhanh chóng, kịp thời và chính xác, tránh tình trạng người nộp thuế đã nộp tiền vào NSNN nhưng vẫn nhận được giấy báo phạt nộp chậm bởi người nộp thuế nộp tiền vào NSNN bằng hình thức chuyển khoản qua ngân hàng nhưng các ngân hàng thực hiện chuyển tiền vào Kho bạc Nhà nước bằng lệnh chuyển Có. Cơ quan thuế chỉ nhận được lệnh chuyển Có từ Kho bạc, do đó không biết được doanh nghiệp nộp tiền thuế chậm hay ngân hàng lập lệnh chuyển chậm.
Tăng mức xử phạt 0,05%/ngày, 0,07% ngày đối với thời gian nộp chậm để răn đe, ngăn chặn các trường hợp vi phạm về sau.