Mặc dự cho đến nay, nội soi và tỏn sỏi niệu quản đó phỏt triển nhiều về kỹ thuật cũng nh- trang thiết bị, nhưng cỏc tai biến và biến chứng vẫn cú thể xảy ra. Tỷ lệ cỏc tai biến và biến chứng thay đổi tựy theo kinh nghiệm của phẫu thuật viờn từ 2% đến 20% [113]. Cỏc biến chứng nh- thủng niệu quản (4,6%), đứt niệu quản (0,6%), lạc đường, hẹp niệu quản (1,4%), nhiễm khuẩn tiết niệu và chảy mỏu…Thủng niệu quản và lạc đường cú thể xảy ra trong khi đặt ống soi và tỏn sỏi nội soi. Tai biến này gặp ở những bệnh nhõn dớnh sau mổ, niệu quản gấp khỳc, và cú biến đổi giải phẫu. Hẹp niệu quản là hậu quả của tổn thương niệu quản, thủng niệu quản. ẩng soi niệu quản kớch thước lớn (>10 F) dễ gõy nờn tổn thương và gõy hẹp niệu quản. Sử dụng ống soi cú đường kớnh nhỏ, ống soi mềm và đặt thụng niệu quản JJ, tỷ lệ thủng và hẹp niệu quản được giảm xuống (1,7% và 0,7%) [113].
Lộn niệu quản là tai biến hiếm khi xảy ra chiếm tỷ lệ 0,6%, tai biến nặng trong nội soi niệu quản [113]. Tai biến thường xảy ra khi soi niệu quản ở 1/3 trờn, dựng rọ lụi sỏi to trong niệu quản ra, để trỏnh tai biến này bằng cỏch tỏn sỏi nhỏ trước khi lấy sỏi ra.
Atilla Aridogan (2005) gặp biến chứng tổn thương niờm mạc niệu quản 3,5%, thủng niệu quản 1,7% và đứt lộn niệu quản 0,4%, nhiễm trựng tiết niệu 5%, đỏi mỏu 7,3% [59]. Abdel- Razzak O, Balgley DH (1993) gặp 1 bệnh nhõn thủng niệu quản trờn 65 bệnh nhõn [51].
Cú thể hạn chế cỏc biến chứng trong tỏn sỏi nội soi bằng cỏch lựa chọn và chuẩn bị tốt bệnh nhõn, chuẩn bị dụng cụ tốt, sử dụng dõy dẫn khi đặt ống soi, trong khi tỏn sỏi nếu khụng nhỡn rừ do mỏu chảy hoặc nước tiểu đục thỡ nờn đặt ống thụng niệu quản sau đú tỏn lại lần 2 [113].