Thực trạng quản lý giải ngân vốn đầu tư XDCB được xem xét qua các khâu cơ bản gồm: đăng kí giải ngân, kiểm soát thanh toán vốn, quyết toán và tất toán. Thực trạng các khâu cụ thể như sau:
Một là, đăng ký và chuyển nguồn vốn để giải ngân. Chủ đầu tư sau khi nhận được thông báo kế hoạch vốn đầu tư XDCB hàng năm (đối với dự án TW) và quyết định phân bổ kế hoạch vốn năm (dự án địa phương) có trách nhiệm phân khai kế hoạch vốn đầu tư của dự án mình quản lý theo tính chất kinh tế kỷ thuật vốn bao gồm xây lắp, thiết bị và chi khác gửi cơ quan KBNN. Công việc này từ năm 2004 trở về trước trong quản lý ở địa phương được giao cho Sở Kế hoạch thông báo cơ cấu vốn đầu tư sau khi chủ đầu tư làm việc (trình các hồ sơ và công văn liên quan), nếu thay đổi cơ cấu vốn phải làm thêm một số thủ tục cần thiết khác với sở Kế hoạch. Từ năm 2005 đến nay, cải cách hành chính đó ba bước này mà giao cho chủ đầu tư phân khai và đăng ký vốn với KBNN, đồng thời quá trình thực hiện trong năm được phép điều chỉnh các đăng ký ban đầu trong phạm vi dự án và thông báo kế hoạch vốn để phù hợp với tình hình thực tế.
Tính chính xác của đăng ký kế hoạch thanh toán vốn cũng hạn chế (nhất là những tháng, quý đầu năm chỉ thực hiện được 50-60% so với kế hoạch đăng ký) do công tác xây dựng kế hoạch và tổ chức thực hiện của chủ đầu tư chưa chi tiết và chưa sát thực tế và tính khả thi thấp. Kế hoạch này thường bao gồm cả vấn đề thanh toán cho khối lượng hoàn thành và vốn cấp tạm ứng. Thế nhưng trong hướng dẫn chung
của Bộ Tài chính thiếu mất cả phần tạm ứng theo chế độ. Điều quan trọng nhất là trách nhiệm của chủ đầù tư chưa cao (chưa có chế tài) để góp phần vào thực hiện kế hoạch đầu tư XDCB trong đó có việc điều hành nguồn vốn để đáp ứng nhu cầu thanh toán.
KBNN sau khi nhận được đăng ký kế hoạch vốn theo quý từ chủ đầu tư, tổng hợp đăng ký vốn thanh toán cho đầu tư XDCB và chương trình mục tiêu với sở Tài chính (nếu là dự án địa phương quản lý); với KBNN TW(nếu là dự án TW quản lý) vào cuối quý trước. Tuy vậy do thực tế phát sinh (bổ sung kế hoạch thường xuyên của các dự án trong năm), KBNN cũng cứ đăng ký các đợt bổ sung theo nhu cầu phát sinh.
Việc thông báo chuyển mức hoặc chuyển vốn từ sở Tài chính, bộ Tài chính về KBNN sau khi nhận được báo cáo đăng ký nhu cầu thanh toán vốn từ các đơn vị Kho bạc và căn cứ vào dự toán ngân sách năm, phương án điều hành ngân sách quý được cải tiến.
Hai là, kiểm soát thanh toán vốn đầu tư XDCB và CTMT. Việc kiểm soát thanh toán vốn đầu tư cho các dự án cùng trình nằm trong phạm vi của kế hoạch đó giao của cấp có thẩm quyền; đó có nguồn cơ quan tài chính và KBNN cấp trên cho phép, đó đủ các điều kiện hồ sơ để cấp vốn tạm ứng hoặc thanh toán. Tuy nhiên lại phải tuân theo khá nhiều chế độ hiện hành khác nhau cho từng loại vốn: vốn XDCB tập trung; vốn CTMT; vốn ODA, vốn TPCP...
Ba là, quyết toán và tất toán vốn đầu tư XDCB và CTMT. Quyết toán vốn đầu tư XDCB NSNN có hai hình thức là các chủ thể đều phải liên quan: đó là quyết toán niên độ ở cơ quan kiểm soát thanh toán vốn (KBNN và cơ quan cho vay) và quyết toán vốn đầu tư XDCB công trình hoàn thành (ở chủ đầu tư).
Tình hình quyết toán các dự án hoàn thành thường chậm so với quy định (nhóm A 12 tháng; nhóm B 9 tháng; nhóm C 6 tháng sau khi hoàn thành bàn giao đưa vào sử dụng) nhất là các chủ đầu tư kiêm nhiệm, làm một mùa, thay đổi luân chuyển, năng lực yếu, trách nhiệm thấp, các dự án cấp tỉnh, làm chủ đầu tư, cấp huyện được uỷ quyền phê duyệt quyết toán (ví dụ các dự án, chương trình 135).
Tất toán tài khoản vốn đầu tư XDCB. Tất toán tài khoản là việc xoá tài khoản của dự án, công trình đó trong sổ kế toán KBNN sau khi đó hoàn thành sứ mệnh và
không tiếp tục hoạt động nữa, thông thường là sau khi dự án, công trình được quyết toán hoàn thành. Tuy nhiên, do lịch sử để lại, nhiều dự án không quyết toán được, không còn phát sinh nghiệp vụ kinh tế, không còn hoạt động nữa nhưng vẫn tồn đọng ngày một dài. Trước tình hình đó, Chính phủ cho phép tất toán các tài khoản tồn đọng này theo một hình thức mới. Cho phộp tất toán những tài khoản tồn đọng quá lâu (không quyết toán được) chủ đầu tư và các ngành chịu trách nhiệm các phát sinh sau tất toán. KBNN Quảng Trị đang phối hợp với chủ đầu tư, các ngành, cơ quan tài chính và chính quyền địa phương để xử lý từng bước thận trọng, bảo đảm quản lý an toàn và lưu trữ số liệu hồ sơ của dự án, công trình về lâu dài. Tuy vậy, có thể thấy tồn đọng quyết toán và tất toán đang là một kẽ hở của hệ thống quản lý đòi hỏi phải tăng cường các biện pháp về kinh tế, tổ chức, hành chính mới cải thiện được tình hình.