Vốn đầu tư XDCB từ NSNN được quyết toán theo hai hình thức là quyết toán niên độ và quyết toán công trình, dự án hoàn thành.
Quyết toán niên độ NSNN: Do là vốn đầu tư từ NSNN việc quản lý phải theo chu trình ngân sách, trong chu trình đó có các giai đoạn lập, quyết định và phân bổ ngân sách, chấp hành ngân sách và quyết toán ngân sách nhà nước. Quyết toán niên độ vốn đầu tư NSNN là việc xác định, tổng hợp toàn bộ số thực chi trong năm ngân sách vào cuối năm ngân sách, thời gian tổng hợp số liệu từ 01/01 năm thực hiện cho đến hết 31/1 năm sau. Nội dung các báo cáo quyết toán theo đúng quy định của Bộ Tài chính, phù hợp với nội dung kế hoạch dự toán được duyệt, đối chiếu nguồn vốn cho từng công trình, dự án và theo đúng mục lục ngân sách nhà nước.
Yêu cầu quyết toán niên độ: Tất cả các khoản thuộc ngân sách năm trước nộp trong năm sau phải ghi vào ngân sách năm sau. Các khoản chi ngân sách năm trước chưa thực hiện chỉ được đưa vào kế hoạch năm sau khi được cơ quan có thẩm quyền quyết định. Mặt khác các khoản thu không đúng theo quy định của pháp luật phải được hoàn trả lại, những khoản phải thu nhưng chưa thu phải trưng thu đầy đủ cho NSNN. Những khoản chi không đúng quy định của pháp luật phải được thu hồi cho NSNN. Quyết toán này có ý nghĩa quan trọng trong điều hành NSNN cho hoạt động của Nhà nước và chỉ đạo điều hành quản lý vốn đầu tư XDCB NSNN.
Quyết toán công trình, dự án hoàn thành: Khi công trình, dự án hoàn thành bàn giao sử dụng, chủ đầu tư có trách nhiệm lập báo cáo quyết toán công trình hoàn thành trình cơ quan có thẩm quyền phê duyệt.
Yêu cầu quyết toán này: là xác định tính hợp pháp và rõ ràng, do vậy các khoản chi sai phải được xuất toán và thu hồi cho NSNN, công nợ phải rõ ràng, xác thực; số
liệu phản ánh hàng năm và luỹ kế có chứng từ hồ sơ hợp pháp hợp lệ kèm theo. Trách nhiệm báo cáo quyết toán hoàn thành do các chủ đầu tư đảm nhiệm, thời gian hoàn thành dài hay ngắn tuỳ theo nhóm dự án.
Ý nghĩa: Quy trình thẩm tra phê duyệt quyết toán loại trừ các chi phí không hợp pháp, hợp lệ.... cho NSNN. Sau quyết toán số liệu này là căn cứ để ghi chép hạch toán hình thành tài sản nhà nước đưa vào sử dụng đồng thời, giải quyết các vấn đề liên quan đến quy trình đầu tư một dự án như: thanh toán, tất toán tài khoản, xác định công nợ, báo cáo hoàn công trước cấp có thẩm quyền. Tạo điều kiện làm căn cứ cho việc đánh giá hiệu quả quá trình đầu tư và có giải pháp khai thác sử dụng dự án, công trình sau ngày hoàn thành.