Luật Tài nguyên nước 1998 và Luật Tài nguyên nước 2012 đã xây dựng được hành lang pháp lý trong việc quản lý nguồn nước; tổ chức và điều phối hoạt động quản lý tài nguyên nước; phòng, chống ô nhiễm suy thoái, cạn kiệt và ứng phó, khắc phục sự cố ô nhiễm nguồn nước lưu vực sông; trách nhiệm, thẩm quyền quản lý nhà nước về lưu vực sông; sử dụng hợp lý nguồn nước.
Nghị định số 120/2008/NĐ-CP ngày 01/12/2008 của Thủ tướng Chính phủ về quản lý lưu vực sông; Nghị định số 201/2013/NĐ-CP ngày 27/11/2013 quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Tài nguyên nước đã quy định cụ thể về các biện pháp bảo vệ môi trường nước; phòng, chống, khắc phục hậu quả tác hại do nước gây ra trên lưu vực sông; kiểm soát các nguồn gây ô nhiễm và bảo vệ chất lượng nước trên lưu vực; kế hoạch phòng chống ô nhiễm môi trường nước và phục hồi các nguồn nước bị ô nhiễm trên lưu vực sông.
Bên cạnh các văn bản quy phạm pháp luật, nhà nước ta còn đưa ra các Chiến lược quốc gia về tài nguyên nước đến năm 2020; Chiến lược bảo vệ môi trường quốc gia đến năm 2020, tầm nhìn đến năm 2030; Chương trình mục tiêu quốc gia khắc phục ô nhiễm và cải thiện môi trường giai đoạn 2012- 2015 nhằm nâng cao hơn nữa công tác bảo vệ môi trường nước. Song song với việc ban hành các quy phạm pháp luật, hệ thống tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về chất lượng nước sông, hồ; quy chuẩn nước thải sinh hoạt, nước thải đối với các ngành công nghiệp... đã tạo cơ sở pháp lý cho việc đẩy mạnh công tác bảo vệ môi trường nước.
sách về tài nguyên nước bước đầu xây dựng được cơ sở pháp lý về bảo vệ và quản lý nguồn tài nguyên nước. Tuy nhiên vẫn còn những hạn chế nhất định:
Thứ nhất là các quy định của pháp luật về lĩnh vực tài nguyên nước còn chồng chéo. Theo chức năng nhiệm vụ được phân công, lĩnh vực bảo vệ môi trường nước và quản lý tài nguyên nước, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã được giao và tiến hành xây dựng, trình Quốc hội ban hành Luật Bảo vệ môi trường 2005 và Luật Tài nguyên nước 2012. Đến Luật Bảo vệ môi trường 2014, các nội dung về bảo vệ môi trường nước trong Luật Bảo vệ môi trường 2005 vẫn được đưa vào trong Chương VI. Là hai Luật có tính pháp lý ngang nhau nhưng lại cùng quy định về một lĩnh vực nước đã dẫn đến có một số nội dung quy định chồng chéo hoặc trùng lặp.
Thứ hai hệ thống các văn bản dưới luật cũng chưa đầy đủ và hoàn thiện. Luật Bảo vệ môi trường 2005 trước đây đã các nội dung về cách tiếp cận kiểm soát ô nhiễm và hệ thống liên quan đến kiểm soát ô nhiễm nước, tuy nhiên, các văn bản dưới Luật phần lớn lại chỉ tập trung cách tiếp cận bằng đánh giá tác động môi trường, thanh tra môi trường, xử phạt hành chính... và một phần cách tiếp cận bằng công cụ kinh tế (thu phí nước thải).
Luật Bảo vệ môi trường 2014 tiếp tục ghi nhận các nội dung trên liên quan đến kiểm soát và xử lý ô nhiễm môi trường nước lưu vực sông; bảo vệ môi trường nguồn nước hồ, ao, kênh, mương, rạch; bảo vệ môi trường hồ chứa nước phục vụ mục đích thủy lợi, thủy điện; bảo vệ môi trường nước dưới đất; quan trắc môi trường nước… Tuy nhiên hiện nay các văn bản dưới luật vẫn chưa được ban hành để hướng dẫn cụ thể về các nội dung này cho phù hợp với hiệu lực thi hành của hệ thống Luật Bảo vệ môi trường mới.
Một biện pháp kiểm soát ô nhiễm nguồn nước quan trọng đó là việc điều tra, thống kê, đánh giá nguồn thải lại chưa có văn bản nào hướng dẫn cụ thể. Đến nay, việc xây dựng quy hoạch bảo vệ môi trường cho các lưu vực
sông vẫn chưa được ban hành. Trong các văn bản quy phạm pháp luật liên quan đến bảo vệ môi trường nước còn thiếu các quy định về sự tham gia của cộng đồng, phổ biến thông tin trong quản lý và bảo vệ môi trường nước...
Thứ ba là việc áp dụng một số văn bản pháp luật trong thực tế còn nhiều bất hợp lý dẫn tới hiệu quả thấp. Ở các địa phương, công tác triển khai thi hành pháp luật về quản lý và bảo vệ môi trường nước còn chậm, có nhiều quy định cụ thể chưa được triển khai. Điển hình như những quy định về cấp phép, xử phạt vi phạm hành chính đối với môi trường nước...đã được ban hành, hướng dẫn cụ thể từ nhiều năm trước đây, nhưng do tổ chức bộ máy chưa hợp lý, nguồn lực hạn chế nên có một số địa phương gần gây mới bắt đầu thực hiện.