So với các giai đoạn trước, hệ thống cơ quan quản lý nhà nước về môi trường hiện nay đã hoàn thiện hơn. Cơ quan quản lý nhà nước chuyên trách về môi trường đã được tổ chức là một cơ quan độc lập. Việc Bộ Tài nguyên và Môi trường thống nhất quản lý các dạng tài nguyên như hiện nay sẽ góp phần giảm bớt tình trạng khai thác và sử dụng tài nguyên một cách ồ ạt, thiếu thống nhất, khai thác không tính đến khả năng phục hồi và tự điều chỉnh của các dạng tài nguyên nên đã gây ra những hậu quả tiêu cực đối với môi trường.
Hệ thống cơ quan quản lý nhà nước về môi trường đã được hình thành từ Trung ương tới địa phương. Theo đó nâng cao được trách nhiệm và hiệu quả quản lý nhà nước về môi trường theo yêu cầu của Nghị quyết số 41- NQ/TW của Bộ Chính trị ngày 15 tháng 11 năm 2004 về bảo vệ môi trường trong thời kỳ đẩy mạnh công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước.
Cơ cấu tổ chức của hệ thống cơ quan quản lý nhà nước về môi trường ngày càng được hoàn thiện, đáp ứng nhu cầu của công tác bảo vệ môi trường. Điều này thể hiện ở quá trình hợp nhất, tổ chức hoạt động và hoàn thiện các cơ quan quản lý nhà nước về môi trường. Cụ thể: việc thành lập Tổng cục Môi trường thuộc Bộ Tài nguyên và môi trường trên cơ sở hợp nhất 03 đầu mối là Vụ Môi trường, Vụ Thẩm định và Đánh giá tác động môi trường nhằm quản lý thống nhất, toàn diện, hiệu quả môi trường. Ngoài ra, trong cơ cấu của Bộ Tài nguyên và Môi trường còn có Tổng cục Biển và Hải đảo Việt
Nam, Tổng cục Quản lý đất đai, Cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam, Cục Quản lý tài nguyên nước, Cục Khí tượng Thuỷ văn và Biến đổi khí hậu là những cơ quan chuyên ngành trực tiếp chịu trách nhiệm quản lý tài nguyên thiên nhiên theo thẩm quyền và quản lý, theo dõi, giám sát việc thực thi các quy định của pháp luật về tài nguyên, môi trường. Việc thành lập những cơ quan này đồng thời phân định rõ nhiệm vụ, quyền hạn của từng cơ quan đã giúp cho các cơ quan chuyên môn có đủ điều kiện chuyên sâu vào lĩnh vực của mình, giảm bớt gánh nặng công việc, từ đó thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ của mình.
Tuy nhiên, hệ thống cơ quan quản lý nhà nước về môi trường vẫn còn tồn tại những hạn chế cần phải được khắc phục để có thể nâng cao hơn nữa hiệu quả của việc đảm bảo thực thi quyền con người về môi trường.
Thứ nhất, các cơ quan quản lý nhà nước chuyên trách về tài nguyên và môi trường vẫn chưa thực sự chú trọng việc phải đảm bảo một cách toàn diện các nội dung về quyền con người đối với môi trường. Mặc dù trong chức năng nhiệm vụ của các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành về tài nguyên môi trường có đề cập đến các nội dung về quản lý, bảo vệ tài nguyên thiên nhiên và xử lý các vi phạm đối với môi trường đất, nước, không khí… nhưng vẫn chưa có các quy định trực diện trong mối liên hệ với bảo vệ quyền con người.
Thứ hai, chưa có một cơ quan, đơn vị nào có chức năng chuyên trách bảo vệ quyền con người với môi trường. Các cơ quan chức năng hiện nay chỉ mới bảo đảm việc quản lý, sử dụng, bảo vệ môi trường và xử lý các hành vi vi phạm tới môi trường xuất phát từ việc có thiệt hại chứ chưa xuất phát từ việc quyền con người đối với môi trường đang bị xâm phạm. Kết quả của hoạt động xử phạt đối với các vi phạm về môi trường nói chung vẫn chưa được xác định là vi phạm về quyền con người mà mới chỉ dừng lại ở việc vi phạm tài nguyên thiên nhiên quốc gia và một số ảnh hưởng khác. Nếu xét đến cùng thì
những vi phạm đó trực tiếp hoặc gián tiếp đều có ảnh hưởng đến con người, đến những quyền về môi trường mà con người có liên quan đến môi trường bị vi phạm đó cần được bảo đảm.
Thứ ba, quá trình hoạt động của hệ thống cơ quan quản lý nhà nước về môi trường còn hạn chế, thể hiện ở một số mặt hoạt động sau: công tác kiểm tra, thanh tra, xử lý vi phạm trong lĩnh vực môi trường; tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật về môi trường; đầu tư cho công tác bảo vệ môi trường; xử lý các cơ sở gây ô nhiễm; hoạt động hợp tác quốc tế trong lĩnh vực môi trường… vẫn chưa đảm bảo được yêu cầu để có thể đưa đến quyền được đáp ứng những tiêu chuẩn cao nhất về môi trường cho con người.
Thứ tư, hiện nay khi có sự xâm phạm các quyền con người về môi trường thì cơ chế xử lý phổ biến nhất vẫn là xử phạm vi phạm hành chính do các cơ quan hành chính thực hiện, một số ít được xử lý theo cơ chế tư pháp. Tuy nhiên, như đã phân tích ở trên, các quy định của pháp luật vẫn còn nhiều kẽ hở, chưa đồng bộ, chưa thống nhất do đó các cơ quan khi tiến hành xử phạt vẫn còn lúng túng khi áp dụng các quy định của pháp luật; chủ yếu là xử phạt về kinh tế chứ ít xử lý hình sự. Ngoài ra chưa có cơ chế phối hợp giữa cơ quan quản lý tài nguyên và môi trường với Tòa án trong quá trình xử lý các vi phạm quyền con người về môi trường.