Trường trung học phổ thông là một đơn vị sự nghiệp có thu nên cơ chế quản lý NSNN của các trường trung học phổ thông sẽ được áp dụng như đối với các đơn vị sự nghiệp có thu, đó chính là cơ chế tự chủ tài chính.
Cơ chế tự chủ tài chính đối với các đơn vị sự nghiệp công lập có thểđược hiểu là cơ chế theo đó các đơn vị sự nghiệp công được trao quyền tự quyết định, tự chịu trách nhiệm về các khoản thu, khoản chi của đơn vị mình nhưng không vượt quá mức khung do Nhà nước quy định.
Hiện cơ chế tự chủ tài chính đối với các đơn vị sự nghiệp công đang được thực thi theo Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/04/2006 của Chính phủ, Thông tư số
71/2006/TT-BTC của Bộ Tài Chính ngày 09/08/2006 và Thông tư số 113/2007/TT-
BTC ngày 24/9/2007 của Bộ Tài chínhsửa đổi, bổ sung Thông tư số 71/2006/TT-BTC
hướng dẫn thực hiện nghị định số 43/2006/NĐ-CP. Ngoài ra còn có Nghị định số 115/2005/NĐ-CP của Chính phủ ngày 05/09/2005 quy định cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm của Tổ chức khoa học và công nghệ công lập, chỉ thị số 01/2006/CT-BXD
về tổ chức, biên chế và tài chính trong các cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp, Thông tư liên tịch số 02/2008/TTLT-BYT-BNV của Bộ Y tế và Bộ Nội vụ điều chỉnh một số điều của nghị định số 43/2006/NĐ-CP đối với đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực y tế, Thông tư liên tịch số 07/2009/TTLT-BGDĐT-BNV của Bộ Giáo dục và
Đào tạo và Bộ Nội vụ hướng dẫn thực hiện quyền tự chủ đối với đơn vị sự nghiệp công lập giáo dục và đào tạo….