Báo cáo tài chính và báo cáo quyết toán ngân sách có vai trò quan trọng trong công tác đánh giá tình hình tài chính trong các đơn vị đặc biệt là các đơn vị thực hiện cơ chế tự chủ tài chính như các cơ sở y tế hiện nay. Thực tế cho thấy, bên cạnh những điểm tích cực, hệ thống báo cáo tài chính vẫn còn những điểm hạn chế cần thay đổi như sau:
Thứ nhất, bộ tài chính nên chuyển chế độ kế toán nhà nước từ kế toán trên cơ sở dồn tích có điều chỉnh sang kế toán dồn tích toàn bộ để từ đó có thể áp dụng việc lập BCĐKT tại các đơn vị. Dựa vào BCĐKT nhà quản lý mới xem xét quan hệ cân đối của từng bộ phận và nguồn vốn để từ đó có phương hướng và giải pháp đúng đắn, kịp thời.
Thứ hai, các bệnh viện cũng cần lập báo cáo LCTT để xác định các nguồn của những luồng tiền vào, ra, số dư tiền tại ngày kết thúc kỳ kế toán, đánh giá được những thay đổi trong tài sản thuần, cơ cấu tài chính, khả năng chuyển đổi tài sản thành tiền, khả năng thanh toán và khả năng của bệnh viện trong việc tạo ra các luồng tiền trong quá trình hoạt động.
Thứ ba, nâng cao chất lượng thông tin của thuyết minh báo cáo tài chính. Theo quy định hiện hành, thuyết minh báo cáo tài chính trình bày khái quát biên chế lao động, quỹ lương, tình hình thực hiện nhiệm vụ cơ bản, thường xuyên của đơn vị, tình hình kinh phí chưa quyết toán, tình hình nợ, tình hình sử dụng các quỹ và phân tích, đánh giá những nguyên nhân các biến động phát sinh không bình thường trong hoạt động của đơn vị đồng thời nêu ra các kiến nghị xử lý với cơ quan cấp trên. Như vậy nội dung thuyết minh báo cáo tài chính còn hạn chế, chưa thực hiện đúng, đủ chức năng giải thích và bổ sung thông tin trong kỳ mà các báo cáo tài chính khác chưa trình bày rõ ràng và chi tiết. Do đó thực
tế cho thấy nhiều đơn vị được khảo sát không quan tâm, chú ý đến thông tin trên báo cáo này. Các thông tin về hoạt động SXKD, hoạt động liên doanh, liên kết của đơn vị với các tổ chức, cá nhân khác cũng như kết quả các hoạt động chưa được phản ánh. Do đó theo tác giả, cần thiết phải bổ sung thêm một số thông tin trên thuyết minh báo cáo tài chính để làm phong phú thêm nội dung của báo cáo này.
Thứ tư, báo cáo tổng hợp tình hình kinh phí và quyết toán kinh phí đã sử dụng - phần II: kinh phí đã sử dụng đề nghị quyết toán (mẫu B02-H) (phụ lục 03) nên có thêm cột lũy kế từ đầu năm cho từng chỉ tiêu để thuận tiện trong việc tổng hợp, đối chiếu và phân tích số liệu tài chính. Báo cáo mẫu B03-H (phụ lục 06) với tên gọi báo cáo thu , chi hoạt động sự nghiệp và hoạt động sản xuất, kinh doanh nên bỏ đi cột hoạt động sự nghiệp thu phí, lệ phí vì phần này đã được thể hiện trong báo cáo báo cáo tổng hợp tình hình kinh phí và quyết toán kinh phí đã sử dụng - phần I: Tổng hợp tình hình kinh phí. Báo cáo này chỉ thể hiện kết quả hoạt động sản xuất, kinh doanh của bệnh viện.