Tùy theo quy mô của bệnh viện mà Giám đốc sẽ tổ chức bộ máy kế toán theo hình thức tập trung hay phân tán hay hỗn hợp. Hầu hết các bệnh viện công lập trực thuộc Sở Y tế TP HCM đều có quy mô lớn nên có thể xây dựng bộ máy kế toán theo mô hình kết hợp vừa tập trung vừa phân tán theo phương án tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính. Hiện nay với sự hỗ trợ của công nghệ thông tin trong quản lý nói chung và trong tổ chức công tác kế toán nói riêng, việc áp dụng mô hình tổ chức bộ máy kế toán này là phù hợp và bộ máy kế toán ở các bệnh viện được tổ chức theo mô hình trên sẽ bao gồm:
- Phòng Kế toán của bệnh viện sẽ thực hiện công việc kiểm tra, hạch toán kế toán các hoạt động kinh tế tài chính có tính chất chung toàn đơn vị và các hoạt động kinh tế tài chính ở các bộ phận kế toán phụ thuộc, thực hiện tổng hợp số liệu từ các bộ phận kế toán phụ thuộc hoạt động phân tán ở các khoa và của toàn bệnh viện. Trên cơ sở đó phòng kế toán tổng hợp lập báo cáo cung cấp thông tin về toàn bộ công tác kế toán của đơn vị.
- Bộ phận kế toán của các bộ phận phụ thuộc hoạt động phân tán. Ở một số khoa thuộc nhóm các khoa cận lâm sàng như khoa chẩn đoán hình ảnh, khoa Xét nghiệm, khoa Dược, có nhiệm vụ theo dõi, tổng hợp các số liệu từ các khoa rồi báo cáo lên cho phòng kế toán của bệnh viện.
- Bộ phận kế toán viện phí sẽ thực hiện chức năng kiểm tra, xuất biên lai, hóa đơn và thu tiền viện phí, BHYT cuối ngày báo cáo số thu viện phí, BHYT cho phòng kế toán của bệnh viện và nộp tiền cho thủ quỹ.
Ngoài ra trong tương lai không xa việc chuyển đổi phương thức lập dự toán ngân sách trên cơ sở các yếu tố đầu vào sang căn cứ vào kết quả đầu ra sẽ được áp dụng rộng rãi trong các đơn vị sự nghiệp công lập nói chung và các cơ sơ y tế nói riêng. Bên cạnh đó áp lực cạnh tranh ngày càng lớn từ các cơ sở y tế ngoài công lập và các cơ sở y tế nước ngoài đòi hỏi các bệnh viện phải tổ chức thêm bộ máy kế toán làm công tác kế toán quản trị, phân tích hoạt động kinh tế là hết sức cần thiết. Kế toán quản trị là quy trình định dạng, đo lường, tổng hợp, phân tích, lập báo biểu, giải trình và thông đạt các số liệu tài
chính và phi tài chính cho lãnh đạo bệnh viện để lập kế hoạch, đánh giá, theo dõi việc thực hiện kế hoạch trong phạm vi nội bộ bệnh viện và đảm bảo cho việc sử dụng có hiệu quả các tài sản và quản lý chặt chẽ các tài sản đó.
Các bệnh viện phải rà soát lại bộ máy kế toán về năng lực, trình độ, phẩm chất đạo đức. Trên cơ sở đó tiến hành sắp xếp lại bộ máy kế toán theo hướng tinh gọn, chuyên trách, hoạt động hiệu quả. Hàng năm các cơ sở cần có kế hoạch đầu tư thích đáng, bố trí cho cán bộ nhân viên tham gia các lớp học cập nhật kiến thức về chế độ, chính sách mới, nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ để không ngừng cải thiện hiệu quả công việc của từng cá nhân.