Hệ thống tài khoản kế toán là bộ phận quan trọng của một hệ thống kế toán bởi nó định dạng hệ thống thông tin được xây dựng trong đơn vị. Hiện nay các cơ sở y tế của Việt nam đều thống nhất xây dựng hệ thống tài khoản kế toán trên cơ sở Quyết định 19/2006/QĐ-BTC ngày 30/3/2006 của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Tuy nhiên quá trình vận dụng các tài khoản kế toán và trong hạch toán thực tế tại các đơn vị đã nảy sinh một số vấn đề còn chưa hợp lý. Do đó để phản ánh đầy đủ và cung cấp những thông tin hữu ích hơn cho các đơn vị, hệ thống tài khoản và phương pháp ghi chép trên tài khoản cần sửa đổi, bổ sung một số nội dung như sau:
Thứ nhất, đảm bảo tính khoa học và linh hoạt trong vận dụng hệ thống tài khoản kế toán theo đúng tính chất và quy định của chế độ kế toán hiện hành. Các bệnh viện cần phân định rõ hai hoạt động chính: hoạt động sự nghiệp và hoạt động SXKD. Trong đó có
thể tổ chức khoán quản tại một số bộ phận độc lập như khu vực khám chữa bệnh tự nguyện (theo yêu cầu)... Trên cơ sở đó các đơn vị tổ chức hệ thống tài khoản phản ánh các khoản thu, chi và xác định kết quả tương ứng của từng loại hoạt động.
Thứ hai, những tài khoản như 511, 531, 312, 331, 334... cần phải mở các tài khoản chi tiết cho từng đối tượng để dễ kiểm tra, theo dõi , đối chiếu từ đó tổ chức dễ dàng hệ thống báo cáo , phân tích hiệu quả hoạt động của bệnh viện cũng như theo dõi được chính xác tình hình công nợ bên trong, bên ngoài bệnh viện... Ví dụ TK 334 - Phải trả cán bộ công chức nên mở thêm đối tượng chi tiết là :
- 334- lương ngân sách
- 334- lương tăng thêm
- 334- thưởng trong năm
- 334- lương dịch vụ...
Thứ ba, tên gọi của các tài khoản cần phải được thay đổi cho hợp lý. Tên gọi của nhóm tài khoản phải bao quát về nội dung cơ bản những tài khoản trong đó. Những tài khoản nào có số hiệu giống như tài khoản doanh nghiệp thì cần gọi tên tương tự như vậy để thống nhất, tránh nhầm lẫn. Ngoài ra việc sắp xếp các tài khoản cần hợp lý hơn ví dụ tài TK 4311- Quỹ khen thưởng, TK 4312- Quỹ phúc lợi, TK 4313- Quỹ ổn định thu nhập được xếp vào loại 4 là chưa hợp lý nên xếp vào loại 3 vì đây là một khoản nợ mà bệnh viện phải trả cho người lao động .
Thứ tư, cần có hướng dẫn nhất quán một số nghiệp vụ mới phát sinh trong các bệnh viện như phương pháp hạch toán các khoản góp vốn liên doanh, liên kết.
Thứ năm, nên trích khấu hao TSCĐ cho dù do nhà nước cấp hay bệnh viện tự mua sắm theo quy định của doanh nghiệp, hằng tháng tiến hành phân bổ vào tài khoản chi phí của bệnh viện để phản ánh đầy đủ và đúng kết quả hoạt động của bệnh viện (TK 661/ 631) thay vì chỉ đánh giá và tính hao mòn TSCĐ vào cuối năm rồi hạch toán vào TK 466- Nguồn kinh phí hình thành TSCĐ
Thứ sáu, nên từng bước áp dụng kế toán trên cơ sở dồn tích để khắc phục nhược điểm của kế toán trên cơ sở dồn tích có điều chỉnh. Theo nguyên tắc kế toán này các khoản thu nhập , chi phí được hạch toán ngay khi có cơ sở để xác định quyền và nghĩa vụ
tài chính của bệnh viện, việc hạch toán đó không phụ thuộc vào thời điểm thu tiền vào hay chi tiền ra từ quỹ bệnh viện. Như vậy tài sản nợ và tài sản có của bệnh viện sẽ được phản ánh đầy đủ hơn, có cơ sở chắc chắn hơn để xác định tính bền vững tài chính của bệnh viện.
Tuy nhiên tác giả cũng cho rằng những giải pháp trên đây chỉ mang tính thời điểm nhằm phản ánh đầy đủ các nghiệp vụ kinh tế phát sinh trong các đơn vị trên cơ sở tuân thủ hệ thống tài khoản kế toán hiện hành. Theo tác giả trong tương lai yêu cầu về việc xây dựng một hệ thống tài khoản kế toán đáp ứng nhu cầu phản ánh thông tin nhiều chiều, đa dạng cho quản lý các đơn vị sự nghiệp nói chung và các cơ sở y tế nói riêng là hết sức cần thiết. Hệ thống tài khoản này cần đảm bảo tính khoa học, hiện đại trong hệ thống hệ thống kế toán Nhà nước nói riêng và hệ thống kế toán Việt Nam nói chung nhằm hướng tới mục tiêu phù hợp với các chuẩn mực kế toán quốc tế trong thời đại hội nhập.