Tố chức hệ thống số kế toán hợp lý chính là tố chức ghi chép các nghiệp vụ kinh tế tài chính phát sinh để góp phần nâng cao năng suất lao động của cán bộ kế toán, đảm bảo cung cấp đầy đủ, kịp thời thông tin cho lãnh đạo cũng như các cơ quan hữu quan. Thực tế cho thấy bệnh viện hiện nay đều tiến hành ghi số theo một trong các hình thức quy định tại chế độ kế toán. Tuy nhiên tác giả xin đưa ra một số ý kiến như sau:
Thứ nhất, cần thống nhất thành một loại hình thức ghi sổ kế toán, theo tôi hình thức kế toán nhật ký chung là hình thức kế toán được ưu tiên lựa chọn vì hình thức này có cách ghi chép đơn giản, thích hợp với mọi quy mô và đặc biệt thuận lợi khi ứng dụng công nghệ thông tin trong công tác kế toán và cũng là hình thức được các nước trên thế giới áp dụng phổ biến đó là điều kiện thuận lợi để nhanh chóng hòa nhập với kế toán quốc tế.
Thứ hai, cần bổ sung một số sổ kế toán chi tiết như sau:
Sổ chi tiết các khoản thu/chi SXKD (phụ lục 04): dùng để theo dõi các thu/chi liên quan đến hoạt động SXKD , doanh thu/chi phí bán hàng hóa và cung cấp dịch vụ cho bên ngoài.
theo dõi việc thanh toán với người bán (người mua) theo từng đối tượng, từng thời gian thanh toán
Thứ ba, hệ thống sổ sách kế toán cần được thiết kế khoa học, hợp lý, tiện cho việc kiểm tra, đối chiếu trên cơ sở áp dụng có hiệu quả CNTT. Để thực hiện được các yêu cầu trên, các đơn vị cần dựa trên phần mềm kế toán chung của toàn ngành, đầu tư kinh phí trang bị máy vi tính có cấu hình cao và tổ chức đào tạo nhân viên kế toán sử dụng thành thạo.