Trên cơ sở các số liệu báo cáo quyết toán, các bệnh viện có thể đánh giá hiệu quả hoạt động, đánh giá tình hình thực hiện kế hoạch đồng thời rút ra ưu, nhược điểm của từng bộ phận, làm cơ sở cho việc lập kế hoạch năm sau. Để có thể tiến hành quyết toán, các bệnh viện phải phản ánh đầy đủ, trung thực và chính xác các khoản thu, chi phát sinh trên hệ thống sổ kế toán vào các báo cáo tài chính. Cuối quý, cuối năm, các bệnh viện tiến hành lập báo cáo quyết toán tình hình thu chi theo mục lục NSNN gửi Sở Y tế TP HCM và KBNN để kiểm tra tính chính xác, đúng đắn của các báo cáo. Tuy nhiên việc thực hiện kế hoạch không phải bao giờ cũng đúng như dự kiến do vậy đòi hỏi phải có sự thanh tra, kiểm tra thường xuyên để phát hiện sai sót, uốn nắn và đưa công tác quản lý tài chính đi vào nề nếp.
Kết quả khảo sát cho thấy Giám đốc một số bệnh viện đã xây dựng nghiêm chỉnh qui định, nguyên tắc, phương pháp, kế hoạch tự kiểm tra thường xuyên và đột xuất về tài chính, kế toán tại đơn vị mình theo nội dung đã được qui định tại Quyết định số 67/2004/QĐ-BTC ngày 13 tháng 8 năm 2004 của Bộ Tài chính về việc ban hành quy chế về tự kiểm tra tài chính, kế toán tại các cơ quan, đơn vị có sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước và thực hiện công khai tài chính theo quy định tại Quyết định số 192/2004/QĐ-CP ngày 16 tháng 11 năm 2004 của Thủ tướng Chính phủ và Thông tư số 21/2005/TT-BTC ngày 22 tháng 3 năm 2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện quy chế công khai tài
chính đối với các đơn vị dự toán ngân sách và các tổ chức được ngân sách nhà nước hổ trợ (câu 73- phụ lục 08). Chẳng các bệnh viện đã thực hiện
Chi tiền lương, tiền công đúng theo Nghị định 204/2004/NĐ-CP ngày 14/12/2004 của Chính phủ về chế độ tiền lương đối với cán bộ, công chức, viên chức và lực lượng vũ trang.
Chi phụ cấp thường trực, phụ cấp thủ thuật, phẩu thuật theo Thông tư 09/2003/TTLT-BYT-BNV-BTC ngày 29/9/2003; Quyết định 2594/2004/QĐ-BYT ngày 30/7/2004 của Bộ Y tế về danh mục phân loại phẩu thuật theo Quyết định 155/2003/QĐ-TTg ngày 30/7/2003 của Thủ tướng Chính phủ (câu 64-phụ lục 08).
Chi tiền công tác phí, hội nghị theo Thông tư 97/2010/TT-BTC ngày 06/07/2010 của BTC quy định chế độ công tác phí, chế độ chi tổ chức các cuộc hội nghị đối với cơ quan nhà nước và đơn vị sự nghiệp (câu 63- phụ lục 08).
Hầu hết các bệnh viện hiện nay đều thuê kiểm toán độc lập để kiểm tra, soát xét lại tính hợp pháp, hợp lệ của các nghiệp vụ kinh tế và tính chính xác, đúng đắn của các báo cáo để đơn vị kịp thời chấn chỉnh lại công tác kế toán cũng như số liệu báo cáo quyết toán.
Hàng năm, Sở Y tế TP HCM cử cán bộ xuống các bệnh viện duyệt quyết toán năm nhằm tăng cường kiểm tra tính hợp pháp, hợp lệ của các nghiệp vụ kinh tế, đảm bảo việc hạch toán theo đúng chế độ kế toán và các quy định khác của Nhà nước ( câu 74- phụ lục 08). Thông qua kiểm tra Sở Y tế đã phát hiện ra những sai phạm và yêu cầu khắc phục tại một số bệnh viện như sau:
Hầu hết các bệnh viện đều thu viện phí chưa đúng theo giá thu của Thông tư 03/2006/TTLT-BYT-BTC-BLĐTB&XH và Thông tư số 14/TTLB (câu 58,59 - phụ lục 08). Chẳng hạn: tại Viện y dược học dân tộc thực hiện thu thêm tiền của bệnh nhân như sau:
Tên dịch vụ Bệnh viện thu Giá theo TT14, TT03 CT Scanner (không cản quang) 1.000.000 đ/lần < 1.000.000đ/lần CT Scanner (có thuốc cản quang) 1.200.000 đ/lần 1.000.000 đ/lần
Nội soi dạ dày 81.000 đ/lần 30.000 đ/lần Nội soi trực tràng 110.000 đ/lần 30.000 đ/lần
XQuang (kg cản quang)có 1 giá thu 25.000 đ/lần Tùy loại (<20.000đ) Công truyền dịch 15.000 đ/chai Không quy định
Tại BV 115 thu thêm, như: chi phí hồ sơ nhập viện 10.000 đồng/lần, chống nhiễm khuẩn: 10.000 đồng/ngày, công chính: 2.000 đồng/lần, công truyền: 10.000 đồng/lần, quần áo, drap, giây ba chạc, dây nối bơm tiêm điện, điện cực dán…
Tại BV đa khoa Sài Gòn mua một số tài sản mua về nhưng đến nay không đưa vào phục vụ bệnh nhân gây lãng phí cho nguồn vốn ngân sách như: máy đo điện tim gắng sức 425.000.000 đ (mua ngày 15/02/2007 từ nguồn vốn đầu tư thành phố); máy khoan xương điện 72.000.000 đ (mua ngày 15/05/2009 từ quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp); bàn mổ 297.000.000 đ (mua ngày 07/06/2010 từ nguồn vốn đầu tư thành phố).
Đơn vị chi các khoản như chi bồi dưỡng khám chữa bệnh theo yêu cầu, phẩu thuật theo yêu cầu, khám bệnh ngoài giờ, khoán công tác phí … bằng tiền mặt là chưa đúng theo chỉ thị số 20/2007/CT-TTg ngày 24/8/2007 của Thủ tướng chính phủ về việc trả lương qua tài khoản cho các đối tượng hưởng lương từ ngân sách nhà nước, công văn số 16675/BTC-KBNN ngày 06/12/2007 của Bộ tài chính, công văn số 66/UBND-TM ngày 07/01/2008 của Ủy ban nhân dân TP.HCM
Tại bệnh viện Từ Dũ, việc xây dựng, sửa chữa: đến hiện nay, một vài công trình còn thiếu văn bản thẩm tra phê duyệt quyết toán của Sở Tài chính: như cải tạo khu B: tổng giá trị công trình được duyệt theo QĐ số 47/QĐ-SXD-QLKTKT ngày 30/06/2010 của Sở Xây dựng là 1.160.941.000 đ. Công trình được nghiệm thu ngày 20/09/2010 với giá trị hợp đồng thi công ban đầu là 935.640.122 đ.
Bên cạnh việc thanh tra, kiểm tra, công tác đánh giá hiệu quả cũng rất quan trọng. Hiệu quả của bệnh viện thể hiện chủ yếu ở ba nội dung chính là chất lượng chuyên môn, hạch toán đúng chi phí bệnh viện và mức độ tiếp cận của bệnh nhân với các dịch vụ bệnh viện. Tuy nhiên do cách xác định các tiêu chí đánh giá hiện nay còn chưa thống nhất, nhu cầu khám chữa bệnh lớn, tình trạng quá tải tại các bệnh viện duy trì ở mức cao nên hầu hết các bệnh viện đều chưa quan tâm đến công tác đánh giá này.