Tổ chức tốt chứng từ kế toán sẽ tạo lập hệ thống thông tin hợp pháp cho việc thực hiện có hiệu quả công tác quản lý tài chính trong các bệnh viện đồng thời nâng cao tính pháp lý của công tác kế toán ngay từ giai đoạn đầu, để nâng cao hiệu quả giữa tổ chức hệ thống chứng từ kế toán gắn với nâng cao hiệu quả kiểm soát tình hình tài chính trong các bệnh viện thì cần tăng cường thực hiện các giải pháp sau:
Thứ nhất, các bệnh viện phải thực hiện lập chứng từ kế toán theo đúng mẫu chứng từ kế toán được Bộ Tài chính quy định tại Quyết định số 19/2006/QĐ-BTC ngày 30/3/2006; Thông tư số 185/2010/TT-BTC ngày 15/11/2010. Chứng từ kế toán lập nội dung phải rõ ràng, hợp lý, hợp lệ, đúng định mức, đúng mục đích sử dụng, chữ viết trên chứng từ phải rõ ràng, không được tẩy xoá, không viết tắt, số tiền bằng chữ phải khớp đúng với số tiền bằng số; chữ ký trên chứng từ kế toán phải có đầy đủ chữ ký theo các chức danh quy định trên chứng từ... Để hạn chế đến mức tối đa những sai sót về mặt chứng từ thì kế toán cần tăng cường kiểm tra đối với tất cả các loại nghiệp vụ kinh tế phát sinh kể cả thu và chi trong bệnh viện, chứng từ kế toán phát sinh liên quan đến bộ phận nào thì bộ phận đó phải có trách nhiệm kiểm tra và công việc kiểm tra phải được thực hiện một cách thường xuyên, liên tục và phải coi là một khâu bắt buộc trong khi lập và tiếp nhận chứng từ.
Thứ hai, việc bảo quản chứng từ kế toán tại các bệnh viện phải được chú trọng, phải phân loại hợp lý theo nội dung kinh tế của chứng từ để thuận lợi cho việc lưu trữ và sử
dụng lại chứng từ khi cần thiết. Chứng từ kế toán sau khi đã sử dụng xong phải đóng tập đưa vào lưu trữ, bảo quản theo chế độ quy định, không để tình trạng ẩm mốc hoặc mối mọt. Chứng từ bảo quản được xếp gọn gàng, khoa học theo thời gian và nội dung kinh tế như phân chứng từ tiền, vật tư, tài sản cố định, các khoản thanh toán… để dễ dàng tìm thấy khi cần thiết.
Thứ ba, các bệnh viện phải tổ chức kế hoạch luân chuyển chứng từ cho từng loại nghiệp vụ kinh tế phát sinh thường xuyên liên tục trong bệnh viện để có thể xác định quyền lợi cũng như trách nhiệm của các đối tượng có liên quan đến nghiệp vụ nhằm tăng hiệu quả kiểm tra kiểm soát chứng từ trong bệnh viện.
Thứ tư, trong điều kiện ứng dụng CNTT trong công tác kế toán, việc lập chứng từ kế toán trên máy vi tính cần được các đơn vị nghiên cứu và vận dụng để giảm bớt khối lượng công việc. Các bệnh viện cần xây dựng các mẫu chứng từ có sẵn trong máy cho từng loại nghiệp vụ theo hướng dẫn của Chế độ kế toán, đồng thời với quá trình này, việc bảo vệ chương trình để chống vius, chống sửa chữa và lưu trữ chứng từ trên máy tính cũng cần quan tâm để đảm bảo tính pháp lý của chứng từ. Hàng năm các bệnh viện nên lưu trữ toàn bộ thông tin trên chứng từ ra các thiết bị lưu trữ khác như đĩa CD- ROM, USB và thực hiện chế độ bảo quản.