Thứ nhất, yêu cầu các bệnh viện phải thực hiện việc kiểm tra tài chính theo quyết định số 67/2004/QĐ-BTC của Bộ Tài chính ngày 13/08/2004 về việc ban hành “Quy chế về tự kiểm tra tài chính, kế toán tại các cơ quan, đơn vị có sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước”.
Thứ hai, yêu cầu các bệnh viện hạch toán kế toán, áp dụng chứng từ, sổ kế toán, báo cáo tài chính kế toán phải theo đúng quy định trong quyết định số 19/2006/QĐ-BTC ngày 30/3/2006.
Thứ ba, yêu cầu các bệnh viện phải mở đầy đủ sổ sách theo Quyết định 19/2006/QĐ-BTC chẳng hạn: mở sổ quản lý TSCĐ, cuối năm khi tiến hành kiểm kê tài sản của toàn bệnh viện phải đối chiếu giữa giá trị thực tế kiểm kê và giá trị trên báo cáo tài chính, tiến hành tính hao mòn, khấu hao TSCĐ theo Quyết định số 32/2008/QĐ-BTC. Mở thêm các sổ chi tiết ví dụ: sổ kế toán công nợ phải thu, phải trả theo từng đối tượng , sổ hoạt động kinh doanh, dịch vụ.
Thứ tư, thành lập bộ phận kiểm toán nội bộ để kiểm tra, kiểm soát hoạt động kế toán, tài chính của bệnh viện nhằm phát hiện, ngăn ngừa và khắc phục kịp thời những sai
phạm trong công tác kế toán của bệnh viện. Cập nhật và triển khai thường xuyên các văn bản quy định của nhà nước về lĩnh vực tổ chức công tác kế toán.
Thứ năm, các bệnh viện nên thuê kiểm toán độc lập để nhằm khẳng định mức độ trung thực của tài liệu, tính pháp lý của việc thực hiện các nghiệp vụ hay việc lập các báo cáo tài chính. Thông qua việc chỉ ra những sai sót, yếu kém của hệ thống kiểm soát nội bộ, công tác quản lý tài chính, kiểm toán viên gợi mở, đề xuất các biện pháp khắc phục hoàn thiện đối với các bệnh viện. Trong nhiều trường hợp, thông qua kiểm toán, các bệnh viện đã kịp thời chấn chỉnh hệ thống kiểm soát nội bộ, chế độ quản lý tài chính ở bệnh viện mình. Qua đó khai thác có hiệu quả hơn năng lực tài chính để phát triển bệnh viện.