Sở Tài chính sớm thẩm định và giao kinh phí chương trình mục tiêu để đơn vị có cơ sở và chủ động thực hiện các kế hoạch của năm đã đề ra.
Năm 2013, cho phép các cơ sở khám chữa bệnh công lập thành phố sớm được thực hiện giá thu viện phí mới theo Thông tư liên tịch 04/2011.
Cho phép các đơn vị sự nghiệp y tế có thu của thành phố tạm thời chưa chi chế độ phụ cấp thường trực, phụ cấp phẫu thuật, thủ thuật theo Quyết định 73/2011 (do nguồn kinh phí để chi trả phụ cấp này rất lớn ước khoản 200 tỷ đồng) cho đến khi giá thu viện phí được kết cấu chi phí này (hiện nay các Bộ cũng chưa có Thông tư hướng dẫn thực hiện).
Việc trích tối thiểu 35% số thu được để lại trích nguồn cải cách tiền lương: các đơn vị sau khi đã thanh toán đầy đủ cho việc tăng lương tối thiểu hàng năm, nếu còn số dư đề nghị cho phép được sử dụng số kinh phí còn lại này để bổ sung cho hoạt động của đơn vị. Giao quyền tự chủ cho các đơn vị (cả 3 nội dung) theo đúng Nghị định 43/2006/NĐ-CP ngày 25 tháng 4 năm 2006 của Chính Phủ quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập.
Chuyển một số bệnh viện có nguồn thu sự nghiệp và thu khác được để lại chiếm từ 90% nguồn kinh hoạt động thường xuyên sang loại I (tự chủ 100% kinh phí hoạt động).
Tăng đầu tư cơ sở vật chất, trang thiết bị cho các bệnh viện và các trung tâm y tế dự phòng tuyến quận, huyện, nhất là các trạm y tế từ nguồn ngân sách đầu tư của thành phố và quận, huyện.
Có hướng dẫn cụ thể các nội dung tự chủ về tổ chức bộ máy như thành lập, giải thể các khoa, phòng, về quản lý, sử dụng cán bộ viên chức như về tuyển dụng, bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức, nghỉ việc,…đã quy định trong Thông tư 02/2008/TTLT-BYT- BNV.
Kiến nghị BHXH Việt Nam xem xét lại việc hướng dẫn quỹ định suất giao cho cơ sở khám chữa bệnh phù hợp với Thông tư liên tịch 09/2009/TTLT-BYT-BTC của Bộ Y tế - Bộ Tài chính, xem xét lại quy định tạm ứng quỹ BHYT cho các đơn vị khám chữa bệnh BHYT...