Các bệnh viện công lập là loại hình bệnh viện do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định thành lập và quản lý. Cơ chế quản lý căn cứ vào Nghị định 10/2002/NĐ-CP ngày 16/01/2002 của Chính phủ áp dụng đối với đơn vị sự nghiệp có thu và tiếp tục đổi mới thay thế bằng Nghị định 43/2006/NĐ-CP ngày 24/5/2006 quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập, tiếp đó là văn bản hướng dẫn của Nhà nước: Thông tư 71/2006/TT-BTC ngày 9/8/2006 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập. Các bệnh viện công lập được Nhà nước đầu tư cơ sở vật chất, đảm bảo chi phí hoạt động thường xuyên để thực hiện các nhiệm vụ chính trị, chuyên môn được giao. Nhà nước cho phép thu một số loại phí, lệ phí được tiến hành sản xuất cung ứng dịch vụ để bù đắp chi phí hoạt động, tăng thu nhập cho cán bộ, viên chức. Có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng.
Năm 2011 là năm thứ 5 các đơn vị sự nghiệp y tế thực hiện tự chủ tài chính theo Nghị định 43/2006/NĐ-CP và tình hình thực hiện giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm đối với các bệnh viện công lập trực thuộc Sở Y tế năm 2011 như sau:
a. Tổng số đơn vị sự nghiệp y tế công lập: 44 đơn vị.
b. Tổng số đơn vị sự nghiệp y tế công lập đã được giao tự chủ theo NĐ 43/2006/NĐ-CP: 43/44 đơn vị, gồm:
- 05 đơn vị tự đảm bảo toàn bộ kinh phí hoạt động: Trung tâm Kiểm dịch Y tế Quốc tế, Bệnh viện Mắt, Bệnh viện Từ Dũ, Bệnh viện Tai Mũi Họng, Bệnh viện Răng Hàm Mặt.
- 29 đơn vị tự đảm bảo một phần kinh phí hoạt động.
- 09 đơn vị do ngân sách đảm bảo toàn bộ kinh phí hoạt động: Khu Điều trị Phong Bến sắn, Bệnh viện Nhân Ái, Trung tâm Truyền thông Giáo dục Sức khỏe, Trung tâm
Pháp Y, Trung tâm Giám định Pháp y Tâm thần, Trung tâm Kiểm chuẩn Xét nghiệm, Trung tâm Giám định Y khoa, Trung tâm Xét nghiệm Y khoa, BV Nhi đồng thành phố.
Qua khảo sát thực tế cho thấy quy trình quản lý tài chính tại các bệnh viện công lập của Việt Nam bao gồm các bước như hình số 2.3 dưới đây:
Hình 2.3- Quy trình quản lý tài chính tại các bệnh viện của Việt Nam