Nghiên cứu đặc điểm đa hình Nucleotide đơn SNPs của một số vùng DNA ty thể và nhiễm sắc thể Y ở người Mường và người Katu

Nghiên cứu đặc điểm đa hình Nucleotide đơn SNPs của một số vùng DNA ty thể và nhiễm sắc thể Y ở người Mường và người Katu Nghiên cứu đặc điểm đa hình Nucleotide đơn SNPs của một số vùng DNA ty thể và nhiễm sắc thể Y ở người Mường và người Katu luận văn tốt nghiệp thạc sĩ

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - Đỗ Mạnh Hƣng NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM ĐA HÌNH NUCLEOTIDE ĐƠN (SNPs) CỦA MỘT SỐ VÙNG DNA TY THỂ VÀ NHIỄM SẮC THỂ Y Ở NGƢỜI MƢỜNG VÀ NGƢỜI KATU LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội – Năm 2012 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - Đỗ Mạnh Hƣng NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM ĐA HÌNH NUCLEOTIDE ĐƠN (SNPs) CỦA MỘT SỐ VÙNG DNA TY THỂ VÀ NHIỄM SẮC THỂ Y Ở NGƢỜI MƢỜNG VÀ NGƢỜI KATU Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 60 42 30 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS TS NÔNG VĂN HẢI Hà Nội – Năm 2012 MỤC LỤC DANH MỤC CÁC HÌNH DANH MỤC CÁC BẢNG MỞ ĐẦU .1 Chƣơng TỔNG QUAN 1.1 NGHIÊN CỨU ĐA HÌNH NUCLEOTIDE ĐƠN (SNP) .3 1.1.1 Các dạng SNP .3 1.1.2 Ứng dụng tầm quan trọng 1.2 ĐẶC ĐIỂM ĐA HÌNH CỦA DNA TY THỂ .5 1.2.1 Cấu trúc DNA ty thể 1.2.2 Đặc điểm di truyền DNA ty thể ứng dụng nghiên cứu di truyền tiến hóa 1.2.3 Vùng điều khiển (D-loop) DNA ty thể 13 1.3 ĐẶC ĐIỂM ĐA HÌNH CỦA NHIỄM SẮC THỂ Y 17 1.3.1 Cấu trúc nhiễm sắc thể Y 17 1.3.2 Các loại thị nhiễm sắc thể Y .18 1.3.3 Đa hình nhiễm sắc thể Y ứng dụng nghiên cứu lịch sử di truyền tiến hóa lồi ngƣời 20 1.4 MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DÂN TỘC HỌC CỦA NGƢỜI MƢỜNG VÀ NGƢỜI KATU 24 1.4.1 Dân tộc Mƣờng .24 1.4.2 Dân tộc Katu .25 1.5 TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU QUAN HỆ DI TRUYỀN TIẾN HĨA Ở NGƢỜI VIỆT NAM TRÊN DNA TY THỂ VÀ NHIỄM SẮC THỂ Y .26 1.5.1 DNA ty thể .26 1.5.2 Nhiễm sắc thể Y .27 i Chƣơng ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 29 2.1 ĐỐI TƢỢNG NGHIÊN CỨU .29 2.2 HÓA CHẤT, THIẾT BỊ .30 2.3 PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 31 2.3.1 Tách chiết DNA tổng số từ máu .31 2.3.2 Nhân đoạn DNA quan tâm kỹ thuật PCR 32 2.3.3 Phƣơng pháp xác định trình tự DNA .33 Chƣơng KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 34 3.1 TÁCH CHIẾT VÀ TINH SẠCH DNA TỔNG SỐ TỪ CÁC MẪU MÁU 34 3.2 NHÂN VÙNG D-LOOP VÀ CÁC CHỈ THỊ TRÊN NHIỄM SẮC THỂ Y BẰNG KỸ THUẬT PCR 34 3.2.1 Nhân vùng D-loop 35 3.2.2 Nhân thị M175, P186, P191 M216 nhiễm sắc thể Y 35 3.3 PHÂN TÍCH VÀ XỬ LÝ SỐ LIỆU TRÌNH TỰ VÙNG D-LOOP CỦA DNA TY THỂ Ở CÁC MẪU NGHIÊN CỨU 37 3.3.1 Phân tích xử lý số liệu trình tự vùng D-loop DNA ty thể mẫu cá thể ngƣời Mƣờng 37 3.3.2 Phân tích xử lý số liệu trình tự vùng HV1 DNA ty thể mẫu cá thể ngƣời Katu .45 3.4 XÁC ĐỊNH CÁC CHỈ THỊ ĐA HÌNH NUCLEOTIDE (SNP) TRÊN NHIỄM SẮC THỂ Y .51 3.4.1 Lựa chọn thị SNP 51 3.4.2 Nhân đoạn mang thị SNP 52 3.5 CÁC ĐA HÌNH TRÊN DNA TY THỂ VÀ NHIỄM SẮC THỂ Y Ở CÁC CÁ THỂ NGƢỜI MƢỜNG VÀ NGƢỜI KATU 60 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 62 KẾT LUẬN 62 KIẾN NGHỊ 63 ii TÀI LIỆU THAM KHẢO 64 DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Sơ đồ cấu tạo DNA ty thể Hình 1.2 Cây phát sinh chủng loại DNA ty thể ngƣời từ vùng địa lý .10 Hình 1.3 Mơ hình tiến hóa di cƣ nhóm đơn bội DNA ty thể ngƣời 12 Hình 1.4 Cấu trúc vùng D-loop .14 Hình 1.5 Sơ đồ cấu trúc phân tử nhiễm sắc thể Y ngƣời 17 Hình 1.6 Bản đồ mơ tả tần số phân bố nhóm đơn bội theo nhiễm sắc thể Y ngƣời giới 22 Hình 3.1 Ảnh điện di DNA tổng số gel agarose 0,8% 34 Hình 3.2 Ảnh điện di sản phẩm PCR vùng D-loop số mẫu nghiên cứu sử dụng cặp mồi D-loop F D-loop R gel agarose 0,8% .35 Hình 3.3 Ảnh điện di sản phẩm PCR hai đoạn thị M175, M216, P191 P186 số mẫu nghiên cứu gel agarose 2% 36 Hình 3.4 Trình tự D-loop 38 mẫu cá thể ngƣời Mƣờng so với trình tự chuẩn 44 Hình 3.5 So sánh trình tự nucleotide đoạn HV1 DNA ty thể mẫu cá thể ngƣời Katu với với trình tự chuẩn 48 Hình 3.6 Cây phát sinh chủng loại cá thể ngƣời Mƣờng, ngƣời Katu dân tộc khu vực 50 Hình 3.7 So sánh trình tự thị SNP 53 Hình 3.8 Bản đồ phân bố nhóm đơn bội O giới 57 Hình 3.9 Bản đồ mơ tả thuyết di cƣ quần thể theo phụ hệ vào Đơng Á .59 Hình 3.10 Sự phân bố nhóm đơn bội Y Đơng Á khu vực xung quanh 60 iii DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1 Tên, kí hiệu số lƣợng mẫu nghiên cứu cá thể ngƣời Mƣờng ngƣời Katu 29 Bảng 3.1 Khoảng cách di truyền dân tộc dựa trình tự HV1 .49 Bảng 3.2 Các thị SNP, trình tự mồi dùng để nhân đoạn mang thị SNP thuộc nhóm đơn bội O C 52 Bảng 3.3 Đa hình thị SNP thuộc nhóm đơn bội O nhóm đơn bội C 68 mẫu cá thể nam ngƣời Mƣờng ngƣời Katu 56 iv DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT bp Cặp base (base pair) DNA Deoxyribonucleic acid ddNTP Dideoxynucleoside triphosphate DHPLC Denatured High Peformance Liquid Chromatography- Sắc ký lỏng cao áp có biến tính dNTP Deoxynucleoside triphosphate EDTA Ethylene diamine tetra-acetic acid EtBr Ethidium bromide EtOH Ethanol GWAS Genome wide association studies HV1 Hypervariable segment HV2 Hypervariable segment kb Kilobase Mb Megabase MSY Male Specific region Y – Vùng đặc hiệu nam nhiễm sắc thể Y NRY Non-recombining region Y – Vùng không trao đổi chéo nhiễm sắc thể Y NST Nhiễm sắc thể PAR1 Pseudoautosomal Region – vùng giả nhiễm sắc PAR2 Pseudoautosomal Region – vùng giả nhiễm sắc PCR Polymerase Chain Reaction rCRS Revised Cambridge Reference Sequence v RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism RNA Ribonucleic acid SDS Sodium Dodecyl Sulphate SNP Single Nucleotide polymorphism – Đa hình nucleotide đơn SRY Sex determining region Y – Vùng xác định giới tính nhiễm sắc thể Y STR Short Tandem repeat – đoạn lặp lại ngắn TE Tris - EDTA TAE Tris – acetate – EDTA Yq Long arm of Y chromosome – Cánh tay dài nhiễm sắc thể Y Yp Short arm of Y chromosome – Cánh tay ngắn nhiễm sắc thể Y vi Luận văn Đỗ Mạnh Hưng MỞ ĐẦU Sự kiện toàn hệ gen ngƣời đƣợc giải trình tự cơng bố tạp chí khoa học danh tiếng Nature, Anh [54] Science, Mỹ [79] vào tháng năm 2001 tạo cột mốc vô quan trọng sinh học Trình tự hệ gen sau đƣợc công khai để nhà khoa học khắp giới tiếp cận sử dụng tạo điều kiện mới, thuận lợi nhiều cho nghiên cứu sinh học, đặc biệt sinh học phân tử Tuy nhiên, để hiểu đƣợc hồn tồn cấu trúc, tổ chức, điều hịa chức chi tiết hệ gen ngƣời cơng việc lớn khó khăn Do đó, trình tự đƣợc xem “trình tự chuẩn” hay “trình tự tham chiếu” giúp tiếp tục đến với nghiên cứu sâu Kết quan trọng sau có đồ gen ngƣời cho thấy rằng, chủng tộc, cá thể ngƣời giống đến 99,9% khác tỷ lệ nhỏ (0,1%) cấu trúc hệ gen Tuy nhiên, phần khác biệt nhỏ lại có có ý nghĩa định đặc điểm nhân chủng học dân tộc, yếu tố di truyền liên quan đến sức khỏe dân tộc cá thể Trong 0.1% khác biệt hai ngƣời có đến 80% đa hình nucleotide đơn (SNP) Do đó, việc nghiên cứu SNP vơ quan trọng, cụ thể có nhiều SNP đƣợc sử dụng làm công cụ hữu ích lĩnh vực nhƣ y dƣợc học, hình sự, nghiên cứu di truyền tiến hóa… [85] Kể từ năm 80 kỷ trƣớc, SNP DNA ty thể nhiễm sắc thể Y đƣợc sử dụng nhiều lĩnh vực khác sinh học y học Chúng ta dễ dàng nhận thấy, với đặc tính nhƣ di truyền đơn dịng, trao đổi chéo, đồng thời lại lƣu giữ nhiều thị quạn trọng, SNP đặc biệt hữu ích việc nghiên cứu trình tiến hóa ngƣời Hơn nữa, số lƣợng lớn tế bào bị phân hủy theo thời gian DNA ty thể thích hợp cho việc nghiên cứu mẫu DNA cổ đại, gần hƣớng nghiên cứu liên quan đến nhiễm sắc thể Y phát triển Trong số công bố gần đây, nghiên cứu liên quan đến DNA ty thể nhiễm sắc thể Y cung cấp kiến thức hữu ích vấn đề chủ chốt q trình tiến hóa làm sáng Luận văn Đỗ Mạnh Hưng tỏ lịch sử di truyền quần thể ngƣời vùng địa lý bối cảnh khoảng thời gian khác [46] Việc nghiên cứu di truyền tiến hóa dân tộc Việt Nam thiết thực, nhiên việc tiến hành nghiên cứu vấn đề nƣớc ta chƣa có nhiều cơng trình đƣợc cơng bố Nhận thức rõ đƣợc tầm quan trọng việc nghiên cứu nguồn gốc tiến hóa tìm hiểu liệu di truyền dân tộc Việt Nam, định hƣớng nghiên cứu đặc điểm đa hình nucleotide đơn DNA ty thể nhiễm sắc thể Y Theo hƣớng nghiên cứu này, đề tài luận văn thạc sĩ: “Nghiên cứu đặc điểm đa hình nucleotide đơn (SNPs) số vùng DNA ty thể nhiễm sắc thể Y người Mường người Katu” đƣợc thực Các nội dung đề tài luận văn gồm: - Tách chiết DNA tổng số từ mẫu máu 108 cá thể ngƣời Việt thuộc hai dân tộc Mƣờng Katu Nhân vùng điều khiển D-loop DNA ty thể số thị nhiễm sắc thể Y - Xác định trình tự nucleotide trình tự đƣợc nhân từ mẫu nghiên cứu - Phân tích đa hình nucleotide đơn (SNP) trình tự mẫu nghiên cứu thuộc hai dân tộc Mƣờng Katu Luận văn Đỗ Mạnh Hưng KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ KẾT LUẬN Từ kết đạt đƣợc rút số kết luận sau đây: Đã tách chiết tinh đƣợc DNA tổng số từ mẫu máu 108 mẫu cá thể ngƣời Việt Nam thuộc hai dân tộc Mƣờng Katu sau nhân thành cơng vùng điều khiển D-loop (1121 bp) DNA ty thể thị M175 (178 bp), P186 (168 bp), P191 (177 bp) M216 (160 bp) nhiễm sắc thể Y kỹ thuật PCR, sử dụng cặp mồi tƣơng ứng Đã xác định đƣợc trình tự vùng điều khiển D-loop khoảng 1120 bp 38 mẫu cá thể ngƣời Mƣờng, trình tự vùng HV1 41 mẫu cá thể ngƣời Katu trình tự đoạn thị nhiễm sắc thể Y 68 mẫu nam ngƣời Mƣờng Katu Phân tích trình tự, chúng tơi phát thấy tổng cộng có 494 điểm sai khác vùng D-loop mẫu cá thể dân tộc Mƣờng 187 điểm sai khác vùng HV1 mẫu cá thể ngƣời dân tộc Katu Bƣớc đầu xác định đƣợc khoảng cách di truyền xây dựng phát sinh chủng loại dựa trình tự vùng HV1 DNA ty thể hai nhóm cá thể hai dân tộc Mƣờng Katu với dân tộc khu vực lân cận nhƣ ngƣời Thái Lan, ngƣời Campuchia, ngƣời Malaysia … Trong tổng số 68 mẫu nghiên cứu đa hình thị nhiễm sắc thể Y thuộc dân tộc Mƣờng Katu, xác định đƣợc 48 cá thể thuộc nhóm đơn bội O-M175 chiếm 70.59 %, 64 cá thể thuộc nhóm đơn bội O-P191 chiếm 94.12 % 66 cá thể thuộc nhóm đơn bội O-P186 chiếm 97.06 % Đối với nhóm đơn bội C – M216 xác định đƣợc đa hình chiếm tỷ lệ 1.47% 62 Luận văn Đỗ Mạnh Hưng KIẾN NGHỊ Để nghiên cứu sâu vùng điều khiển D-loop thị nhiễm sắc thể Y dân tộc Việt Nam cần tiếp tục tiến hành nghiên cứu với cỡ mẫu lớn bao gồm dân tộc số lƣợng thị nhiều 63 Luận văn Đỗ Mạnh Hưng TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt Ban đạo đại hội đại biểu dân tộc thiểu số Việt Nam (2010), Cộng đồng dân tộc Việt Nam, Nhà xuất giáo dục Việt Nam Đái Duy Ban, Lê Thanh Hòa, Nguyễn Văn Vũ, Hồng Minh Châu, Nguyễn Bích Nga, Đái Hằng Nga, Lê Kim Xuyến, Đồn Thanh Hƣơng, Phạm Cơng Hoạt, Phan Xn Đọc, Lê Trung Dũng, Lê Quang Huấn, Nguyễn Thanh Đạm, Nguyễn Bá Đức, Nguyễn Cơng Hồng (2003), “Bƣớc đầu nghiên cứu ung thƣ vú bệnh nhân Việt Nam phƣơng pháp sinh học phân tử sử dụng thị di truyền hệ gen ty thể đoạn D-Loop”, Những vấn đề nghiên cứu khoa học sống Báo cáo khoa học Hội nghị toàn quốc lần thứ 2, Nghiên cứu sinh học, nông nghiệp, y học, Huế 25-26/7/2003 Nhà xuất Khoa học kỹ thuật, Hà Nội, tr 825-829 Lê Quang Huấn, Trần Mỹ Linh, Vũ Thị Thƣ, Phan Minh Tuấn, Lê Trần Bình (2003), “Nghiên cứu giám định phả hệ kỹ thuật DNA”, Những vấn đề nghiên cứu khoa học sống, Báo cáo khoa học Hội nghị toàn quốc lần thứ 2, Nghiên cứu sinh học, nông nghiệp, y học, Huế 2526/7/2003, Nhà xuất Khoa học kỹ thuật Hà Nội, tr 917-919 Huỳnh Thị Thu Huệ, Hoàng Thị Thu Yến, Nguyễn Đăng Tơn, Lê Thị Thu Hiền, Nguyễn Đình Cƣờng, Phan Văn Chi, Nơng Văn Hải (2005), “Phân tích trình tự vùng điều khiển (D-loop) genome ty thể cá thể ngƣời Việt Nam”, Tạp chí Cơng nghệ Sinh học, 3(1), tr 31-38 Trần Thị Minh Nguyệt, Lê Thị Bích Thảo, Đỗ Quỳnh Hoa, Tống Quỳnh Mai, Nguyễn Thị Tỵ, Nguyễn Bích Nhi, Phan Văn Chi (2005), “Xác định trình tự gen 12S Rrna ty thể số cá thể ngƣời Việt Nam”, Tạp chí Cơng nghệ Sinh học 3(3), tr 287-292 Nguyễn Đăng Tôn, Nguyễn Thùy Dƣơng, Nông Văn Hải (2009), “Sự phân bố đa hình nucleotide đơn nhóm đơn bội O nhiễm sắc thể Y ngƣời Việt Nam”, Tạp chí Công nghệ Sinh học (3), tr 285-294 64 Luận văn Đỗ Mạnh Hưng Tiếng Anh Aitken, R J.,Marshall Graves, J A (2002), "The future of sex." Nature 415(6875), 963 Bao, W., Zhu, S., Pandya, A., Zerjal, T., Xu, J., Shu, Q., Du, R., Yang, H.,TylerSmith, C (2000), "MSY2: a slowly evolving minisatellite on the human Y chromosome which provides a useful polymorphic marker in Chinese populations." Gene 244(1-2), 29-33 Barreiro, L B., Laval, G., Quach, H., Patin, E.,Quintana-Murci, L (2008), "Natural selection has driven population differentiation in modern humans." Nat Genet 40(3), 340-345 10 Boles, R G., Luna, C.,Ito, M (2003), "Severe reversible cardiomyopathy in four unrelated infants associated with mitochondrial DNA D-loop heteroplasmy." Pediatr Cardiol 24(5), 484-487 11 Bowler, J M., Johnston, H., Olley, J M., Prescott, J R., Roberts, R G., Shawcross, W.,Spooner, N A (2003), "New ages for human occupation and climatic change at Lake Mungo, Australia." Nature 421(6925), 837-840 12 Brion, M., Sanchez, J J., Balogh, K., Thacker, C., Blanco-Verea, A., Borsting, C., Stradmann-Bellinghausen, B., Bogus, M., Syndercombe-Court, D., Schneider, P M., Carracedo, A.,Morling, N (2005), "Introduction of an single nucleodite polymorphism-based "Major Y-chromosome haplogroup typing kit" suitable for predicting the geographical origin of male lineages." Electrophoresis 26(23), 4411-4420 13 Brown, M D., Hosseini, S H., Torroni, A., Bandelt, H J., Allen, J C., Schurr, T G., Scozzari, R., Cruciani, F.,Wallace, D C (1998), "mtDNA haplogroup X: An ancient link between Europe/Western Asia and North America?", Am J Hum Genet 63(6), 1852-1861 14 Brown, W M., Prager, E M., Wang, A.,Wilson, A C (1982), "Mitochondrial DNA sequences of primates: tempo and mode of evolution." J Mol Evol 18(4), 225-239 65 Luận văn Đỗ Mạnh Hưng 15 Cann, R L., Stoneking, M.,Wilson, A C (1987), "Mitochondrial DNA and human evolution." Nature 325(6099), 31-36 16 Casanova, M., Leroy, P., Boucekkine, C., Weissenbach, J., Bishop, C., Fellous, M., Purrello, M., Fiori, G.,Siniscalco, M (1985), "A human Y-linked DNA polymorphism and its potential for estimating genetic and evolutionary distance." Science 230(4732), 1403-1406 17 Chen, M H., Lee, H M.,Tzen, C Y (2002), "Polymorphism and heteroplasmy of mitochondrial DNA in the D-loop region in Taiwanese." J Formos Med Assoc 101(4), 268-276 18 Collins, F S., Brooks, L D.,Chakravarti, A (1998), "A DNA polymorphism discovery resource for research on human genetic variation." Genome Res 8(12), 1229-1231 19 Collins, F S., Guyer, M S.,Charkravarti, A (1997), "Variations on a theme: cataloging human DNA sequence variation." Science 278(5343), 1580-1581 20 Denaro, M., Blanc, H., Johnson, M J., Chen, K H., Wilmsen, E., CavalliSforza, L L.,Wallace, D C (1981), "Ethnic variation in Hpa endonuclease cleavage patterns of human mitochondrial DNA." Proc Natl Acad Sci U S A 78(9), 5768-5772 21 Deng, W., Shi, B., He, X., Zhang, Z., Xu, J., Li, B., Yang, J., Ling, L., Dai, C., Qiang, B., Shen, Y.,Chen, R (2004), "Evolution and migration history of the Chinese population inferred from Chinese Y-chromosome evidence." J Hum Genet 49(7), 339-348 22 Fareed, M., Afzal, M (2012), "Single nucleotide polymorphism in genomewide association of human population: A tool for broad spectrum service." Egyptian Journal of Medical Human Genetics 23 Fernandes, S., Paracchini, S., Meyer, L H., Floridia, G., Tyler-Smith, C.,Vogt, P H (2004), "A large AZFc deletion removes DAZ3/DAZ4 and nearby genes from men in Y haplogroup N." Am J Hum Genet 74(1), 180-187 66 Luận văn Đỗ Mạnh Hưng 24 Fernandez-Moreno, M A., Bornstein, B., Petit, N.,Garesse, R (2000), "The pathophysiology of mitochondrial biogenesis: towards four decades of mitochondrial DNA research." Mol Genet Metab 71(3), 481-495 25 Finnila, S., Lehtonen, M S.,Majamaa, K (2001), "Phylogenetic network for European mtDNA." Am J Hum Genet 68(6), 1475-1484 26 Forster, P.,Matsumura, S (2005), "Evolution Did early humans go north or south?", Science 308(5724), 965-966 27 Giles, R E., Blanc, H., Cann, H M.,Wallace, D C (1980), "Maternal inheritance of human mitochondrial DNA." Proc Natl Acad Sci U S A 77(11), 6715-6719 28 Graves, J A (2006), "Sex chromosome specialization and degeneration in mammals." Cell 124(5), 901-914 29 Greenberg, B D., Newbold, J E.,Sugino, A (1983), "Intraspecific nucleotide sequence variability surrounding the origin of replication in human mitochondrial DNA." Gene 21(1-2), 33-49 30 Hammer, M F., Karafet, T M., Park, H., Omoto, K., Harihara, S., Stoneking, M.,Horai, S (2006), "Dual origins of the Japanese: Common ground for huntergatherer and farmer Y chromosomes." J Hum Genet 51, 47-58 31 Hammer, M F., Karafet, T M., Redd, A J., Jarjanazi, H., SantachiaraBenerecetti, S., Soodyall, H.,Zegura, S L (2001), "Hierarchical patterns of global human Y-chromosome diversity." Mol Biol Evol 18(7), 1189-1203 32 He, J D., Peng, M S., Quang, H H., Dang, K P., Trieu, A V., Wu, S F., Jin, J Q., Murphy, R W., Yao, Y G.,Zhang, Y P (2012), "Patrilineal perspective on the Austronesian diffusion in Mainland Southeast Asia." PLoS One 7(5), e36437 33 Herrnstadt, C., Elson, J L., Fahy, E., Preston, G., Turnbull, D M., Anderson, C., Ghosh, S S., Olefsky, J M., Beal, M F., Davis, R E.,Howell, N (2002), "Reduced-median-network analysis of complete mitochondrial DNA coding- 67 Luận văn Đỗ Mạnh Hưng region sequences for the major African, Asian, and European haplogroups." Am J Hum Genet 70(5), 1152-1171 34 Heyer, E., Puymirat, J., Dieltjes, P., Bakker, E.,de Knijff, P (1997), "Estimating Y chromosome specific microsatellite mutation frequencies using deep rooting pedigrees." Hum Mol Genet 6(5), 799-803 35 Horai, S., Hayasaka, K., Kondo, R., Tsugane, K.,Takahata, N (1995), "Recent African origin of modern humans revealed by complete sequences of hominoid mitochondrial DNAs." Proc Natl Acad Sci U S A 92(2), 532-536 36 Ingman, M.,Gyllensten, U (2001), "Analysis of the complete human mtDNA genome: methodology and inferences for human evolution." J Hered 92(6), 454-461 37 Ingman, M.,Gyllensten, U (2003), "Mitochondrial genome variation and evolutionary history of Australian and New Guinean aborigines." Genome Res 13(7), 1600-1606 38 Ingman, M., Kaessmann, H., Paabo, S.,Gyllensten, U (2000), "Mitochondrial genome variation and the origin of modern humans." Nature 408(6813), 708713 39 Ivanova, R., Astrinidis, A., Lepage, V., Djoulah, S., Wijnen, E., Vu-Trieu, A N., Hors, J.,Charron, D (1999), "Mitochondrial DNA polymorphism in the Vietnamese population." Eur J Immunogenet 26(6), 417-422 40 Jin, H J., Kwak, K D., Hammer, M F., Nakahori, Y., Shinka, T., Lee, J W., Jin, F., Jia, X., Tyler-Smith, C.,Kim, W (2003), "Y-chromosomal DNA haplogroups and their implications for the dual origins of the Koreans." Hum Genet 114(1), 27-35 41 Jobling, M A., Samara, V., Pandya, A., Fretwell, N., Bernasconi, B., Mitchell, R J., Gerelsaikhan, T., Dashnyam, B., Sajantila, A., Salo, P J., Nakahori, Y., Disteche, C M., Thangaraj, K., Singh, L., Crawford, M H.,Tyler-Smith, C (1996), "Recurrent duplication and deletion polymorphisms on the long arm of the Y chromosome in normal males." Hum Mol Genet 5(11), 1767-1775 68 Luận văn Đỗ Mạnh Hưng 42 Karafet, T., Xu, L., Du, R., Wang, W., Feng, S., Wells, R S., Redd, A J., Zegura, S L.,Hammer, M F (2001), "Paternal population history of East Asia: sources, patterns, and microevolutionary processes." Am J Hum Genet 69(3), 615-628 43 Karafet, T M., Mendez, F L., Meilerman, M B., Underhill, P A., Zegura, S L.,Hammer, M F (2008), "New binary polymorphisms reshape and increase resolution of the human Y chromosomal haplogroup tree." Genome Research 18(5), 830-838 44 Kayser, M., Brauer, S., Cordaux, R., Casto, A., Lao, O., Zhivotovsky, L A., Moyse-Faurie, C., Rutledge, R B., Schiefenhoevel, W., Gil, D., Lin, A A., Underhill, P A., Oefner, P J., Trent, R J.,Stoneking, M (2006), "Melanesian and Asian origins of Polynesians: mtDNA and Y chromosome gradients across the Pacific." Mol Biol Evol 23(11), 2234-2244 45 Kayser, M., Kittler, R., Erler, A., Hedman, M., Lee, A C., Mohyuddin, A., Mehdi, S Q., Rosser, Z., Stoneking, M., Jobling, M A., Sajantila, A.,TylerSmith, C (2004), "A comprehensive survey of human Y-chromosomal microsatellites." Am J Hum Genet 74(6), 1183-1197 46 lan C Gray, D A C a N K S (2000), "Single nucleotide polymorphisms as tools in human genetics." Human Molecular Genetics 9, 2403 - 2408 47 Lee, H C., Li, S H., Lin, J C., Wu, C C., Yeh, D C.,Wei, Y H (2004), "Somatic mutations in the D-loop and decrease in the copy number of mitochondrial DNA in human hepatocellular carcinoma." Mutat Res 547(1-2), 71-78 48 Li, H., Wen, B., Chen, S J., Su, B., Pramoonjago, P., Liu, Y., Pan, S., Qin, Z., Liu, W., Cheng, X., Yang, N., Li, X., Tran, D., Lu, D., Hsu, M T., Deka, R., Marzuki, S., Tan, C C.,Jin, L (2008), "Paternal genetic affinity between Western Austronesians and Daic populations." BMC Evol Biol 8, 146 49 Liou, C W., Lin, T K., Huang, F M., Chen, T L., Lee, C F., Chuang, Y C., Tan, T Y., Chang, K C.,Wei, Y H (2004), "Association of the mitochondrial 69 Luận văn Đỗ Mạnh Hưng DNA 16189 T to C variant with lacunar cerebral infarction: evidence from a hospital-based case-control study." Ann N Y Acad Sci 1011, 317-324 50 Lucotte, G.,Ngo, N Y (1985), "p49f, A highly polymorphic probe, that detects Taq1 RFLPs on the human Y chromosome." Nucleic Acids Res 13(22), 8285 51 Malik, S., Sudoyo, H., Pramoonjago, P., Suryadi, H., Sukarna, T., Njunting, M., Sahiratmadja, E.,Marzuki, S (2002), "Nuclear mitochondrial interplay in the modulation of the homopolymeric tract length heteroplasmy in the control (Dloop) region of the mitochondrial DNA." Hum Genet 110(5), 402-411 52 Malyarchuk, B A., Rogozin, I B., Berikov, V B.,Derenko, M V (2002), "Analysis of phylogenetically reconstructed mutational spectra in human mitochondrial DNA control region." Hum Genet 111(1), 46-53 53 Marjanovic, D., Fornarino, S., Montagna, S., Primorac, D., Hadziselimovic, R., Vidovic, S., Pojskic, N., Battaglia, V., Achilli, A., Drobnic, K., Andjelinovic, S., Torroni, A., Santachiara-Benerecetti, A S.,Semino, O (2005), "The peopling of modern Bosnia-Herzegovina: Y-chromosome haplogroups in the three main ethnic groups." Ann Hum Genet 69(Pt 6), 757-763 54 McPherson, J D., Marra, M., Hillier, L., Waterston, R H., Chinwalla, A., Wallis, J., Sekhon, M., Wylie, K., Mardis, E R., Wilson, R K., Fulton, R., Kucaba, T A., Wagner-McPherson, C., Barbazuk, W B., Gregory, S G., Humphray, S J., French, L., Evans, R S., Bethel, G., Whittaker, A., Holden, J L., McCann, O T., Dunham, A., Soderlund, C., Scott, C E., Bentley, D R., Schuler, G., Chen, H C., Jang, W., Green, E D., Idol, J R., Maduro, V V., Montgomery, K T., Lee, E., Miller, A., Emerling, S., Kucherlapati, Gibbs, R., Scherer, S., Gorrell, J H., Sodergren, E., Clerc-Blankenburg, K., Tabor, P., Naylor, S., Garcia, D., de Jong, P J., Catanese, J J., Nowak, N., Osoegawa, K., Qin, S., Rowen, L., Madan, A., Dors, M., Hood, L., Trask, B., Friedman, C., Massa, H., Cheung, V G., Kirsch, I R., Reid, T., Yonescu, R., Weissenbach, J., Bruls, T., Heilig, R., Branscomb, E., Olsen, A., Doggett, N., Cheng, J F., Hawkins, T., Myers, R M., Shang, J., Ramirez, L., Schmutz, J., Velasquez, O., 70 Luận văn Đỗ Mạnh Hưng Dixon, K., Stone, N E., Cox, D R., Haussler, D., Kent, W J., Furey, T., Rogic, S., Kennedy, S., Jones, S., Rosenthal, A., Wen, G., Schilhabel, M., Gloeckner, G., Nyakatura, G., Siebert, R., Schlegelberger, B., Korenberg, J., Chen, X N., Fujiyama, A., Hattori, M., Toyoda, A., Yada, T., Park, H S., Sakaki, Y., Shimizu, N., Asakawa, S., Kawasaki, K., Sasaki, T., Shintani, A., Shimizu, A., Shibuya, K., Kudoh, J., Minoshima, S., Ramser, J., Seranski, P., Hoff, C., Poustka, A., Reinhardt, R.,Lehrach, H (2001), "A physical map of the human genome." Nature 409(6822), 934-941 55 Nachman, M W.,Crowell, S L (2000), "Estimate of the mutation rate per nucleotide in humans." Genetics 156(1), 297-304 56 Oota, H., Kitano, T., Jin, F., Yuasa, I., Wang, L., Ueda, S., Saitou, N.,Stoneking, M (2002), "Extreme mtDNA homogeneity in continental Asian populations." Am J Phys Anthropol 118(2), 146-153 57 Pakendorf, B., Novgorodov, I N., Osakovskij, V L., Danilova, A P., Protod'jakonov, A P.,Stoneking, M (2006), "Investigating the effects of prehistoric migrations in Siberia: genetic variation and the origins of Yakuts." Hum Genet 120(3), 334-353 58 Peng, M S., Quang, H H., Dang, K P., Trieu, A V., Wang, H W., Yao, Y G., Kong, Q P.,Zhang, Y P (2010), "Tracing the Austronesian footprint in Mainland Southeast Asia: a perspective from mitochondrial DNA." Mol Biol Evol 27(10), 2417-2430 59 Repping, S., van Daalen, S K., Brown, L G., Korver, C M., Lange, J., Marszalek, J D., Pyntikova, T., van der Veen, F., Skaletsky, H., Page, D C.,Rozen, S (2006), "High mutation rates have driven extensive structural polymorphism among human Y chromosomes." Nat Genet 38(4), 463-467 60 Robin, E D.,Wong, R (1988), "Mitochondrial DNA molecules and virtual number of mitochondria per cell in mammalian cells." J Cell Physiol 136(3), 507-513 71 Luận văn Đỗ Mạnh Hưng 61 Sahoo, S., Singh, A., Himabindu, G., Banerjee, J., Sitalaximi, T., Gaikwad, S., Trivedi, R., Endicott, P., Kivisild, T., Metspalu, M., Villems, R.,Kashyap, V K (2006), "A prehistory of Indian Y chromosomes: evaluating demic diffusion scenarios." Proc Natl Acad Sci U S A 103(4), 843-848 62 Salas, A., Lareu, V., Calafell, F., Bertranpetit, J.,Carracedo, A (2000), "mtDNA hypervariable region II (HVII) sequences in human evolution studies." Eur J Hum Genet 8(12), 964-974 63 Sambrook J, R D (2001) Molecular Cloning A Laboratory Manual Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor NewYork 64 Scheinfeldt, L., Friedlaender, F., Friedlaender, J., Latham, K., Koki, G., Karafet, T., Hammer, M.,Lorenz, J (2006), "Unexpected NRY chromosome variation in Northern Island Melanesia." Mol Biol Evol 23(8), 1628-1641 65 Scozzari, R., Torroni, A., Semino, O., Sirugo, G., Brega, A.,SantachiaraBenerecetti, A S (1988), "Genetic studies on the Senegal population I Mitochondrial DNA polymorphisms." Am J Hum Genet 43(4), 534-544 66 Sherry, S T., Rogers, A R., Harpending, H., Soodyall, H., Jenkins, T.,Stoneking, M (1994), "Mismatch distributions of mtDNA reveal recent human population expansions." Hum Biol 66(5), 761-775 67 Singh, M S., Puneetpal; Juneja, Pawan Kumar; Singh, Surinder; Kaur, Taranpal (2010), "SNP–SNP interactions within APOE gene influence plasma lipids in postmenopausal osteoporosis." Rheumatology International 31(3), 421-423 68 Skaletsky, H., Kuroda-Kawaguchi, T., Minx, P J., Cordum, H S., Hillier, L., Brown, L G., Repping, S., Pyntikova, T., Ali, J., Bieri, T., Chinwalla, A., Delehaunty, A., Delehaunty, K., Du, H., Fewell, G., Fulton, L., Fulton, R., Graves, T., Hou, S F., Latrielle, P., Leonard, S., Mardis, E., Maupin, R., McPherson, J., Miner, T., Nash, W., Nguyen, C., Ozersky, P., Pepin, K., Rock, S., Rohlfing, T., Scott, K., Schultz, B., Strong, C., Tin-Wollam, A., Yang, S P., Waterston, R H., Wilson, R K., Rozen, S.,Page, D C (2003), "The male- 72 Luận văn Đỗ Mạnh Hưng specific region of the human Y chromosome is a mosaic of discrete sequence classes." Nature 423(6942), 825-837 69 Sorenson, M D.,Fleischer, R C (1996), "Multiple independent transpositions of mitochondrial DNA control region sequences to the nucleus." Proc Natl Acad Sci U S A 93(26), 15239-15243 70 Stenson, P D., Mort, M., Ball, E V., Howells, K., Phillips, A D., Thomas, N S.,Cooper, D N (2009), "The Human Gene Mutation Database: 2008 update." Genome Med 1(1), 13 71 Tanaka, M., Cabrera, V M., Gonzalez, A M., Larruga, J M., Takeyasu, T., Fuku, N., Guo, L J., Hirose, R., Fujita, Y., Kurata, M., Shinoda, K., Umetsu, K., Yamada, Y., Oshida, Y., Sato, Y., Hattori, N., Mizuno, Y., Arai, Y., Hirose, N., Ohta, S., Ogawa, O., Tanaka, Y., Kawamori, R., Shamoto-Nagai, M., Maruyama, W., Shimokata, H., Suzuki, R.,Shimodaira, H (2004), "Mitochondrial genome variation in eastern Asia and the peopling of Japan." Genome Res 14(10A), 1832-1850 72 Templeton, A R (1992), "Human origins and analysis of mitochondrial DNA sequences." Science 255(5045), 737 73 Thomson, R., Pritchard, J K., Shen, P., Oefner, P J.,Feldman, M W (2000), "Recent common ancestry of human Y chromosomes: evidence from DNA sequence data." Proc Natl Acad Sci U S A 97(13), 7360-7365 74 Torroni, A., Huoponen, K., Francalacci, P., Petrozzi, M., Morelli, L., Scozzari, R., Obinu, D., Savontaus, M L.,Wallace, D C (1996), "Classification of European mtDNAs from an analysis of three European populations." Genetics 144(4), 1835-1850 75 Tyler-Smith, C.,McVean, G (2003), "The comings and goings of a Y polymorphism." Nat Genet 35(3), 201-202 76 Underhill, P A., Passarino, G., Lin, A A., Shen, P., Mirazon Lahr, M., Foley, R A., Oefner, P J.,Cavalli-Sforza, L L (2001), "The phylogeography of Y 73 Luận văn Đỗ Mạnh Hưng chromosome binary haplotypes and the origins of modern human populations." Ann Hum Genet 65(Pt 1), 43-62 77 Underhill, P A., Shen, P., Lin, A A., Jin, L., Passarino, G., Yang, W H., Kauffman, E., Bonne-Tamir, B., Bertranpetit, J., Francalacci, P., Ibrahim, M., Jenkins, T., Kidd, J R., Mehdi, S Q., Seielstad, M T., Wells, R S., Piazza, A., Davis, R W., Feldman, M W., Cavalli-Sforza, L L.,Oefner, P J (2000), "Y chromosome sequence variation and the history of human populations." Nat Genet 26(3), 358-361 78 Vanecek, T., Vorel, F.,Sip, M (2004), "Mitochondrial DNA D-loop hypervariable regions: Czech population data." Int J Legal Med 118(1), 14-18 79 Venter, J C., Adams, M D., Myers, E W., Li, P W., Mural, R J., Sutton, G G., Smith, H O., Yandell, M., Evans, C A., Holt, R A., Gocayne, J D., Amanatides, P., Ballew, R M., Huson, D H., Wortman, J R., Zhang, Q., Kodira, C D., Zheng, X H., Chen, L., Skupski, M., Subramanian, G., Thomas, P D., Zhang, J., Gabor Miklos, G L., Nelson, C., Broder, S., Clark, A G., Nadeau, J., McKusick, V A., Zinder, N., Levine, A J., Roberts, R J., Simon, M., Slayman, C., Hunkapiller, M., Bolanos, R., Delcher, A., Dew, I., Fasulo, D., Flanigan, M., Florea, L., Halpern, A., Hannenhalli, S., Kravitz, S., Levy, S., Mobarry, C., Reinert, K., Remington, K., Abu-Threideh, J., Beasley, E., Biddick, K., Bonazzi, V., Brandon, R., Cargill, M., Chandramouliswaran, I., Charlab, R., Chaturvedi, K., Deng, Z., Di Francesco, V., Dunn, P., Eilbeck, K., Evangelista, C., Gabrielian, A E., Gan, W., Ge, W., Gong, F., Gu, Z., Guan, P., Heiman, T J., Higgins, M E., Ji, R R., Ke, Z., Ketchum, K A., Lai, Z., Lei, Y., Li, Z., Li, J., Liang, Y., Lin, X., Lu, F., Merkulov, G V., Milshina, N., Moore, H M., Naik, A K., Narayan, V A., Neelam, B., Nusskern, D., Rusch, D B., Salzberg, S., Shao, W., Shue, B., Sun, J., Wang, Z., Wang, A., Wang, X., Wang, J., Wei, M., Wides, R., Xiao, C., Yan, C., Yao, A., Ye, J., Zhan, M., Zhang, W., Zhang, H., Zhao, Q., Zheng, L., Zhong, F., Zhong, W., Zhu, S., Zhao, S., Gilbert, D., Baumhueter, S., Spier, G., Carter, C., Cravchik, A., 74 Luận văn Đỗ Mạnh Hưng Woodage, T., Ali, F., An, H., Awe, A., Baldwin, D., Baden, H., Barnstead, M., Barrow, I., Beeson, K., Busam, D., Carver, A., Center, A., Cheng, M L., Curry, L., Danaher, S., Davenport, L., Desilets, R., Dietz, S., Dodson, K., Doup, L., Ferriera, S., Garg, N., Gluecksmann, A., Hart, B., Haynes, J., Haynes, C., Heiner, C., Hladun, S., Hostin, D., Houck, J., Howland, T., Ibegwam, C., Johnson, J., Kalush, F., Kline, L., Koduru, S., Love, A., Mann, F., May, D., McCawley, S., McIntosh, T., McMullen, I., Moy, M., Moy, L., Murphy, B., Nelson, K., Pfannkoch, C., Pratts, E., Puri, V., Qureshi, H., Reardon, M., Rodriguez, R., Rogers, Y H., Romblad, D., Ruhfel, B., Scott, R., Sitter, C., Smallwood, M., Stewart, E., Strong, R., Suh, E., Thomas, R., Tint, N N., Tse, S., Vech, C., Wang, G., Wetter, J., Williams, S., Williams, M., Windsor, S., Winn-Deen, E., Wolfe, K., Zaveri, J., Zaveri, K., Abril, J F., Guigo, R., Campbell, M J., Sjolander, K V., Karlak, B., Kejariwal, A., Mi, H., Lazareva, B., Hatton, T., Narechania, A., Diemer, K., Muruganujan, A., Guo, N., Sato, S., Bafna, V., Istrail, S., Lippert, R., Schwartz, R., Walenz, B., Yooseph, S., Allen, D., Basu, A., Baxendale, J., Blick, L., Caminha, M., Carnes-Stine, J., Caulk, P., Chiang, Y H., Coyne, M., Dahlke, C., Mays, A., Dombroski, M., Donnelly, M., Ely, D., Esparham, S., Fosler, C., Gire, H., Glanowski, S., Glasser, K., Glodek, A., Gorokhov, M., Graham, K., Gropman, B., Harris, M., Heil, J., Henderson, S., Hoover, J., Jennings, D., Jordan, C., Jordan, J., Kasha, J., Kagan, L., Kraft, C., Levitsky, A., Lewis, M., Liu, X., Lopez, J., Ma, D., Majoros, W., McDaniel, J., Murphy, S., Newman, M., Nguyen, T., Nguyen, N., Nodell, M., Pan, S., Peck, J., Peterson, M., Rowe, W., Sanders, R., Scott, J., Simpson, M., Smith, T., Sprague, A., Stockwell, T., Turner, R., Venter, E., Wang, M., Wen, M., Wu, D., Wu, M., Xia, A., Zandieh, A.,Zhu, X (2001), "The sequence of the human genome." Science 291(5507), 1304-1351 80 Vogt, P H., Affara, N., Davey, P., Hammer, M., Jobling, M A., Lau, Y F., Mitchell, M., Schempp, W., Tyler-Smith, C., Williams, G., Yen, P.,Rappold, G A (1997), "Report of the Third International Workshop on Y Chromosome 75 Luận văn Đỗ Mạnh Hưng Mapping 1997 Heidelberg, Germany, April 13-16, 1997." Cytogenet Cell Genet 79(1-2), 1-20 81 Wallace, D C (2005), "A mitochondrial paradigm of metabolic and degenerative diseases, aging, and cancer: a dawn for evolutionary medicine." Annu Rev Genet 39, 359-407 82 Y Chromosome Consortium (2002), "A nomenclature system for the tree of human Y-chromosomal binary haplogroups." Genome Research 12(2), 339348 83 Yan, S., Wang, C C., Li, H., Li, S L.,Jin, L (2011), "An updated tree of Ychromosome Haplogroup O and revised phylogenetic positions of mutations P164 and PK4." Eur J Hum Genet 19(9), 1013-1015 Công cụ World Wide Web 85 http://www.sciencemag.org/content/291/5507/1218.full 86 http://www.nfstc.org/pdi/Subject09/images/pdi_s09_m02_01_a.1_large.jpg 87 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/pipermail/dbsnpannounce/2012q2/000123.html 88 http://www.mitomap.org 89 www.scs.uiuc.edu/~mcdonald/WorldHaplogroupsMaps.pdf 90 www.anthropology.net 91 http://en.wikipedia.org/wiki/Haplogroup_O-M175_%28Y-DNA%29 92 http://asia.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Index 93 http://www.genebase.com/learning/article/21 94 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore 76 ... NSTY1 NSTY10 NSTY12 NSTY13 NSTY14 NSTY16 NSTY17 NSTY19 NSTY2 NSTY20 NSTY22 NSTY23 NSTY24 NSTY25 NSTY26 NSTY27 NSTY28 NSTY29 NSTY3 NSTY31 NSTY33 NSTY34 NSTY35 NSTY36 NSTY37 NSTY4 NSTY41 NSTY42... NSTY10 NSTY12 NSTY13 NSTY14 NSTY16 NSTY17 NSTY19 NSTY2 NSTY20 NSTY22 NSTY23 NSTY24 NSTY25 NSTY26 NSTY27 NSTY28 NSTY29 NSTY3 NSTY31 NSTY33 NSTY34 NSTY35 NSTY36 NSTY37 NSTY4 NSTY41 NSTY42 NSTY43... NSTY23 NSTY24 NSTY25 NSTY26 NSTY27 NSTY28 NSTY29 NSTY3 NSTY31 NSTY33 NSTY34 NSTY35 NSTY36 NSTY37 NSTY4 NSTY41 NSTY42 NSTY43 NSTY44 NSTY45 NSTY47 NSTY49 NSTY50 NSTY6 NSTY7 NSTY8 NSTY9 130 140 150